DREIMT整合了來(lái)自LINCS L1000 數(shù)據(jù)集的 4,694 個(gè)藥物概況和來(lái)自多種資源的 2,687 個(gè)免疫基因表達(dá)特征，以生成藥物——免疫特征關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)庫(kù)。除此以外，DREIMT 還可以根據(jù)用戶提供的免疫特征對(duì)藥物關(guān)聯(lián)進(jìn)行優(yōu)先排序。
該模塊可以查詢特定的基因，也可以上傳數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。如果使用基因列表進(jìn)行查詢，則需要輸入15-200個(gè)與DREIMdb藥物譜基因匹配的基因名。結(jié)果圖、表可以進(jìn)行下載。tau＞90且FDR＜0.05的基因?yàn)楸容^好候選基因。
該模塊是通過(guò)測(cè)試用戶提供的基因表達(dá)特征和DREIMTdb特征之間是否存在顯著的基因重疊來(lái)探索**相似的藥物關(guān)聯(lián)。
在該模塊可以根據(jù)細(xì)胞類型、藥物作用、藥物名稱等信息查詢?cè)摂?shù)據(jù)庫(kù)中相關(guān)信息。結(jié)果頁(yè)面中，可以點(diǎn)擊相關(guān)列跳轉(zhuǎn)至參考文獻(xiàn)等頁(yè)面。 TIMEOR用于推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。外泌體課題分子生物學(xué)
3）RIC8A與circPDE4B相互作用，參與OA
為了鑒別與circPDE4B相互作用的蛋白，我們采用RPD-MS(圖3A)，共鑒定出112個(gè)與circPDE4B相互作用的蛋白(圖3B)，確定了RIC8A。HCs中的RNA-蛋白共定位也證實(shí)了RIC8A和circPDE4B之間的相互作用(圖3C)。RPD實(shí)驗(yàn)表明，體外線性轉(zhuǎn)錄的circPDE4B能夠拉下重組RIC8A(圖3D)。然后，我們使用catRAPID工具預(yù)測(cè)circPDE4B和RIC8A的相互作用區(qū)域(圖3E)。為了識(shí)別預(yù)測(cè)的結(jié)合位點(diǎn)，我們將FLcircPDE4B截短為3個(gè)片段。根據(jù)預(yù)測(cè)，RIP結(jié)果顯示只有FL和S3被RIC8A拉下(圖3F)。有綜合來(lái)看，這些結(jié)果表明circPDE4B在HCs中與RIC8A相互作用。 壞死課題協(xié)同創(chuàng)作解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。
進(jìn)一步使用E8聚類分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細(xì)胞樣類型(EndICLT)轉(zhuǎn)變，但沒(méi)有達(dá)到完全分化的免疫細(xì)胞狀態(tài)(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個(gè)標(biāo)記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質(zhì)可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動(dòng)子區(qū)域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數(shù)據(jù)的小提琴圖中可以看出，E8中相應(yīng)基因的表達(dá)量增加，進(jìn)一步證實(shí)了這一結(jié)果(圖3E)。
如圖4所示，與LS相比，慢性O(shè)S降低了KLF2和KLF4的表達(dá)，同時(shí)誘導(dǎo)了EndMT標(biāo)記物(SNAI1和TAGLN)。重要的是，慢性O(shè)S誘導(dǎo)了兩個(gè)巨噬細(xì)胞標(biāo)記基因(C1QC和C5AR1)的表達(dá)，直接證明了OS可以在體外誘導(dǎo)EndICLT。此外，我們利用小鼠PCL模型進(jìn)行了一項(xiàng)en - face共免疫染色研究，以確定體內(nèi)CDH5+ ECs中是否表達(dá)巨噬細(xì)胞標(biāo)記蛋白。如圖4A-4D所示，C1QA和LYZ在LCA ECs中明顯被誘導(dǎo)，而在rca中沒(méi)有，這為血流誘導(dǎo)的eniclt提供了更有力的證據(jù)。我們分析了由基因本體結(jié)果確定的d-flow條件***的致***通路(圖2E)。
在Fth- KO小鼠中， TBI后褪黑素對(duì)神經(jīng)的保護(hù)作用被**取消
為了進(jìn)一步探索神經(jīng)元Fth的喪失是否影響褪黑素對(duì)TBI誘導(dǎo)的鐵死亡的影響，測(cè)量了鐵死亡的幾種假定的生物標(biāo)志物。發(fā)現(xiàn)***KO小鼠上皮層非血紅素鐵的水平?jīng)]有影響。令人驚訝的是，盡管褪黑素***的和未***的Fth -KO小鼠的Tfr1 mRNA和蛋白表達(dá)水平?jīng)]有顯著差異，但是在褪黑素***的小鼠中，觀察到Fpn mRNA和蛋白表達(dá)水平顯著增加Fth- KO小鼠。值得注意的是，與未***的Fth- KO小鼠相比，用褪黑素***Fth- KO小鼠未能顯著改變mRNA（Slc7a11，Ptgs2）和蛋白質(zhì)（xCT，Cox2、4HNE）的表達(dá)。另外，用褪黑素***Fth- KO小鼠并沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)上降低GSH和MDA以及4HNE的水平，和FJB陽(yáng)性細(xì)胞的數(shù)目。這些結(jié)果表明褪黑素沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)上減少TBI引起的鐵死亡和神經(jīng)元變性。 外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。
盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過(guò)去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對(duì)混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來(lái)糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。網(wǎng)站首頁(yè)如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁(yè)**終會(huì)給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖第一步：上傳表達(dá)文件表達(dá)文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對(duì)探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。第二步：上傳分組文件分組文件***列文樣本名，第二列為分組。“1”表示來(lái)自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。巨噬細(xì)胞課題
阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。外泌體課題分子生物學(xué)
***，分析了MAOA基因表達(dá)水平與幾種**病人臨床預(yù)后的關(guān)系，結(jié)果顯示瘤內(nèi)MAOA基因與卵巢*，淋巴*和乳腺*患者的臨床總生存率呈現(xiàn)負(fù)相關(guān)關(guān)系（圖6o-q）。此外，黑色素瘤患者**內(nèi)高水平的MAOA表達(dá)很大程度上抵消了PD-1***提供的生存好處，提示MAO-A阻斷***與PD-1/PD-L1阻斷***聯(lián)合可能通過(guò)調(diào)節(jié)TAM極化，從而改變免疫抑制TME，提高抗**免疫能力，提供協(xié)同***好處（圖6r）。綜上所述，人類TAM和臨床相關(guān)性研究證實(shí)了MAO-A作為人類TAM中一個(gè)有前途的藥物靶點(diǎn)，并支持了MAO-A通過(guò)靶向TAM重編程阻斷**免疫***的翻譯潛力。外泌體課題分子生物學(xué)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)