作者進(jìn)行了PAR-CLIP實(shí)驗(yàn)，以評(píng)估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結(jié)果表明，在H1299細(xì)胞中，通過(guò)過(guò)表達(dá)METTL3來(lái)提高m6A的甲基化水平，促進(jìn)YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結(jié)合(圖6D)。無(wú)論METTL3是否過(guò)表達(dá)，YTH結(jié)構(gòu)域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過(guò)SLC7A11 3’-UTR探針進(jìn)行RNA-pull down實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結(jié)合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結(jié)合m6A共識(shí)基元GGAC (圖6E)。通過(guò)在H1299和H1975細(xì)胞中進(jìn)行METTL3的功能增加和丟失實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平?jīng)Q定的(圖6F和G)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2優(yōu)先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結(jié)合。circNDUFB2可能在NSCLC的進(jìn)展中起***作用。細(xì)胞增殖標(biāo)書江蘇
***我們來(lái)講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個(gè)整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括四種主要類型的分子生物標(biāo)記（化學(xué)，蛋白質(zhì)，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標(biāo)記類別（診斷，預(yù)測(cè)，預(yù)后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標(biāo)志物名稱和同義詞，相關(guān)條件或病理，詳細(xì)的疾病描述，詳細(xì)的生物標(biāo)志物描述，生物標(biāo)志物特異性，敏感性和ROC曲線，標(biāo)準(zhǔn)參考值（對(duì)于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)志物），變體（對(duì)于SNP或遺傳標(biāo)志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質(zhì)標(biāo)記），分子結(jié)構(gòu)（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），組織或生物流體來(lái)源（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），染色**置和結(jié)構(gòu)（用于遺傳和核型標(biāo)記），臨床批準(zhǔn)狀態(tài)和相關(guān)文獻(xiàn)參考。細(xì)胞增殖標(biāo)書江蘇神經(jīng)絲(NF-200)是神經(jīng)元軸突中富含的細(xì)胞特異性蛋白。
有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細(xì)胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負(fù)表達(dá)。在相對(duì)轉(zhuǎn)移性細(xì)胞系MDA-MB-231中PGK1表達(dá)量比較高，LINC00926表達(dá)量比較低；而惡性程度較低的細(xì)胞系MCF-7中PGK1表達(dá)量較低，LINC00926表達(dá)量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***增加，而過(guò)表達(dá)LINC00926后，MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***降低(圖1H)。這些結(jié)果表明，LINC00926下調(diào)PGK1的表達(dá)，可能與PGK1介導(dǎo)的乳腺*發(fā)展呈負(fù)相關(guān)。
6）FOXO3A通過(guò)調(diào)控乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)抑制增殖、遷移和侵襲，抑制糖酵解
我們研究了FOXO3A是否通過(guò)LINC00926調(diào)節(jié)這些效應(yīng)。細(xì)胞增殖和集落形成分析顯示FOXO3A過(guò)表達(dá)抑制了乳腺*細(xì)胞的生長(zhǎng)，而LINC00926敲低則促進(jìn)了細(xì)胞的生長(zhǎng)(圖6A和6B)。重要的是，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控細(xì)胞增殖的能力，表明FOXO3A主要通過(guò)表達(dá)LINC00926來(lái)降低乳腺*細(xì)胞的增殖。接下來(lái)，我們通過(guò)LINC00926檢測(cè)FOXO3A是否抑制細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解。如預(yù)期，F(xiàn)OXO3A減少了乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲(圖6C和6D)。敲除LINC00926**削弱了FOXO3A抑制細(xì)胞遷移和侵襲的能力。FOXO3A過(guò)表達(dá)抑制葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成，降低ECAR和增加OCR。然而，敲除LINC00926極大地減弱了FOXO3A調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解的能力(圖6C-6G)。綜上所述，F(xiàn)OXO3A抑制乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲，以及糖酵解主要依賴于LINC00926。 環(huán)狀RNA（circRNA）是一類共價(jià)閉合的單鏈RNA.
特色lncRNA基因
LncExpDB 表征了在特定細(xì)胞系/組織中特異性表達(dá)、在**或病毒***背景下差異表達(dá)、在特定細(xì)胞器中富集、在細(xì)胞分化或胚胎/***發(fā)育過(guò)程中動(dòng)態(tài)表達(dá)或隨晝夜節(jié)律周期性表達(dá)的特征 lncRNA 基因韻律。基于大量RNA-seq數(shù)據(jù)，共鑒定出25191個(gè)特征lncRNA，其中***發(fā)育7922個(gè)，正常組織/細(xì)胞系7498個(gè)，亞細(xì)胞定位5292個(gè)，植入前胚胎4343個(gè)，*細(xì)胞系2907個(gè)，1740個(gè)晝夜節(jié)律，外泌體中為 1538，細(xì)胞分化中為 1232，病毒***中為 985。
LncRNA-mRNA相互作用
為了促進(jìn)對(duì)特征 lncRNA 分子機(jī)制的深入研究，LncExpDB 通過(guò)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè) lncRNA-mRNA 相互作用。LncExpDB 總共包含 28 443 865 個(gè)預(yù)測(cè)的 lncRNA-mRNA 相互作用；這些相互作用中的大多數(shù) (96.4%) 存在于一種生物環(huán)境中，并且在五種環(huán)境中發(fā)現(xiàn)了 12 種相互作用。 circSDHC是一個(gè)很有前景的RCC患者潛在的預(yù)后生物標(biāo)志物和***靶點(diǎn)。西安流式標(biāo)書
FMT處理可以改善脊髓損傷小鼠的運(yùn)動(dòng)恢復(fù)。細(xì)胞增殖標(biāo)書江蘇
在MAD1與未連接的動(dòng)點(diǎn)結(jié)合后，MAD2從開放的構(gòu)象狀態(tài)(O-MAD2)轉(zhuǎn)化為封閉的構(gòu)象狀態(tài)(C-MAD2)，SAC信號(hào)被緊密調(diào)控和放大。MAD2的構(gòu)象變化啟動(dòng)了它與CDC20的結(jié)合。為了直接測(cè)試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關(guān)聯(lián)，進(jìn)行了競(jìng)爭(zhēng)性pull-down實(shí)驗(yàn)來(lái)測(cè)試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/MAD1結(jié)合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結(jié)合肽1(MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2-rit1的結(jié)合。評(píng)估了RIT1與O-或c-狀態(tài)穩(wěn)定的MAD2突變體的結(jié)合(圖4C)。用過(guò)量的RIT1c端尾肽孵育MAD2蛋白，并用凝膠過(guò)濾分離(圖4D)。RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進(jìn)MCC拆卸的模型。用重組RIT1補(bǔ)充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細(xì)胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達(dá)加速了正常細(xì)胞生長(zhǎng)下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對(duì)CyclinB1降解的影響在藥理學(xué)誘導(dǎo)的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能抑制過(guò)度活躍的SAC反應(yīng)。細(xì)胞增殖標(biāo)書江蘇
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)