接下來,在低氧條件下,在HCCLM3和Hep3B細胞中敲低CFL1的表達(圖5A)。結果表明,CFL1敲除***逆轉了缺氧誘導的HCCLM3細胞增殖、細胞遷移和侵襲以及EMT(圖5A-D)。綜上所述,這些結果表明CFL1表達受HIF-1α的轉錄調控,介導缺氧誘導的HCC進展。
6、CFL1通過抑制泛素介導的PLD1降解來維持PLD1的表達為了進一步探索CFL1在HCC中致*作用的下游機制,利用KEGG數據庫篩選了受CFL1影響的通路。其中CFL1的高表達與細胞膜中細胞粘附分子和蛋白的定位密切相關(圖6A)。然后,基于蛋白質相互作用數據庫預測了CFL1和PLD1之間的潛在相互作用(圖6B)。CFL1敲低降低了HCCLM3細胞中PLD1的蛋白水平,而CFL1過表達增強了Hep3B細胞中PLD1蛋白表達(圖6C)。co-IP實驗表明,CFL1與PLD1相互作用,敲低CFL1可促進肝*細胞中PLD1的泛素化(圖6D-E)。用放線菌酮(CHX,2μg/mL)阻斷肝*細胞蛋白質合成。繪制蛋白降解曲線,表明CFL1敲低時PLD1蛋白降解更快(圖6F)。此外,蛋白酶體抑制劑MG132(25μM)處理可阻斷CFL1敲低誘導的HCC細胞中PLD1降解(圖6F)。因此,這些結果表明CFL1抑制肝*細胞中泛素介導的PLD1蛋白水解。 英拜生物對實驗可行性分析。動物模型構建服務
二、G4穩定性在基因區和非基因功能區之間存在差異
根據穩定性得分將G4基因座分為2組,高于19分的為“穩定G4基因座”(342778個),低于19分的為“不穩定G4基因座”(327298個),繪制穩定性得分分布圖:
三、G4功能受到不同基因區域的限制
HKT檢驗顯示,G4基因座的進化取決于它們位于哪個基因組件內。G4基因座在上游、下游基因區域、5'UTR、3'UTR的優勢比***大于1。位于增強子、復制起點以及在TAD邊界區域的G4基因座優勢比都很高,這一發現表明這三種區域的G4基因座是有功能的。
這項工作表明, G4 的覆蓋率、密度、預測穩定性和選擇壓力取決于它們所在的基因成分和非基因功能區域。自然選擇在基因組的某些功能區域中保持了高密度的 G4 位點和高穩定性的 G4 結構,以及在其他功能區中保持低密度和低穩定性。每個特定區域組的情況可能取決于維持功能性 G4 的選擇壓力與容納此類結構的成本之間的平衡。 磷酸化ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。
7.EVs介導的ELNAT1被HLECs內化以誘導淋巴管生成
共聚焦顯微鏡顯示HLECs中PKH67標記EVs孵育后的點狀熒光強度(Figure7A),表明HLECs內化了BCa分泌的EVs。此外,孵化UM-UC-3-EVELNAT1***上調HLECs中ELNAT1表達,而孵化T24-EVsi-ELNAT1,則T24細胞分泌的EVs中ELNAT1表達下調,則削弱了HLECs中EVs誘導ELNAT1過表達的能力(Figure7B,C)。
為了排除淋巴血管生成是由內源性ELNAT1***HLECs中誘導的可能性,構建了ELNAT1-KO HLECS ELNAT1(HLECsELNAT1-KO)模型(Figure 7 D, E)。與HLECsELNAT1-WT一致,我們觀察到,EVs介導的ELNAT1過表達增強了HLECsELNAT1-KO的管狀形成和遷移能力,而下調ELNAT1則抑制了BCa細胞分泌EVs誘導HLECsELNAT1-KO管狀形成和遷移的能力(Figure 7 F-H)。這表明BCa細胞分泌的EVs通過運輸EVs介導的ELNAT1促進淋巴管生成,而不是轉錄***內源性的ELNAT1。綜上所述,這些結果表明EVs介導的ELNAT1被HLECs內化誘導BCa淋巴管生成。
環狀RNA(circRNA)是動植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明,circRNA可以通過充當非編碼RNA或編碼RNA發揮多種生物學作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質是困難的,主要是因為circRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發表了題名為:TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章,該文章主要講述了circRNA翻譯預測和分析的數據庫——TransCirc。soRNA測序的 整套服務。
CRC中circPLCE1的特征及臨床意義
為了識別CRC中差異表達的circRNA,我們使用正常的人類腸道上皮細胞系和CRC細胞系進行了總RNA測序。我們確定研究對象為circPLCE1(hsa_circ_0019223,命名為circPLCE1)。我們分析了85對CRC樣本中的circPLCE1表達,證實了88.2%(75/85)的CRC患者中circPLCE1表達下調。進一步分析顯示,circPLCE1在晚期臨床期或T期患者中表達下調。使用qRT-PCR分析circPLCE1在正常人腸上皮細胞株和CRC細胞株中的表達水平差異,得到了相似的結果。circPLCE1由PLCE1外顯子2反向剪接而成。通過Sanger測序證實了circPLCE1的反向拼接連接。PLCE1的環狀轉錄本只能通過擴增引物在cDNA中擴增。circPLCE1還能抵抗RNaseR酶切。半衰期試驗進一步表明,circPLCE1比circPLCE1線性mRNA更穩定。通過核質量分離試驗和熒光原位雜交(FISH)檢測了circPLCE1的定位,結果顯示circPLCE1在CRC細胞的細胞質中富集。此外,circPLCE1在臨床晚期或T期患者中表達較低。KaplanMeier曲線結果顯示,CRC患者circPLCE1表達較低與較差的生存率相關。這些數據驗證了circPLCE1的特征和臨床意義。 可以推斷基因調控事件之間的關系。骨代謝
Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。動物模型構建服務
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此,我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達,發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中,我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。western blot分析顯示,加入Pex后,HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比,CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析,檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明,Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外,western blot檢測表明,敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時,在CD44v6- kd Pex或CD44v6抗體的作用下,Pex誘導的HSC活化(圖5E,F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用,我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而,過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明,CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。動物模型構建服務
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請:提供標書課題設計、撰寫,標書部分基礎實驗的開展,設計的標書均符合科研前沿熱點,中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持,探討科研前沿熱點研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關研究
4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗