使用測(cè)量細(xì)胞一致性的活細(xì)胞成像作為細(xì)胞生長(zhǎng)和擴(kuò)散的代理，來(lái)測(cè)試SMARCA4消耗的影響是否轉(zhuǎn)化為VCaP細(xì)胞生長(zhǎng)的改變。如圖5所示，在沒(méi)有雄***的情況下，SMARCA4刪除并不影響細(xì)胞的生長(zhǎng)，而在有雄***的情況下，它降低了細(xì)胞的相對(duì)融合，盡管程度低于去除AR。SMARCA4刪除同樣會(huì)降低LNCaP細(xì)胞的相對(duì)融合。
四、SIM2沉默改變了arb亞群的染色質(zhì)可及性
M2沉默降低了2434個(gè)arb染色質(zhì)可及性，三分之二受siSIM2影響的arb在雄***暴露前可及(圖6a c中可獲得)，而其余在雄***暴露后可及(圖6a c中重新獲得)。根據(jù)ChIP-SICAP數(shù)據(jù)，siim2受影響的位點(diǎn)中**富集的motif是ARE，盡管其在這些位點(diǎn)的富集程度低于未受siim2影響的位點(diǎn)(NC位點(diǎn)，圖6d）。AR、FOXA1、ERG和HOXB13在sisim2影響的位點(diǎn)的標(biāo)簽密度與NC位點(diǎn)相比均呈上升趨勢(shì)(圖6e)，表明SIM2是一種與AR協(xié)同的TF。 也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。丁酸
此外，抑制Warburg 效應(yīng)（紫草素）顯著降低了外泌體濃度和外泌體 circ_0072083 水平，但促進(jìn) Warburg 效應(yīng)（TNF-α）起到了相反的作用。此外，外泌體濃度與葡萄糖濃度和 Warburg 效應(yīng)水平呈正相關(guān)。先前的報(bào)告表明，表皮生長(zhǎng)因子 (EGF) 和齊墩果酸 (OA) 可以增強(qiáng)或抑制外泌體分泌。在這里，發(fā)現(xiàn)了EGF和OA促進(jìn)或抑制U251 / TR和U87 / TR細(xì)胞Warburg效應(yīng)。此外，EGF 介導(dǎo)的外泌體分泌促進(jìn)通過(guò)抑制 Warburg 效應(yīng)（紫草素）而減輕；和 OA 介導(dǎo)的外泌體分泌抑制通過(guò)促進(jìn) Warburg 效應(yīng)（TNF-α）被逆轉(zhuǎn)。這些數(shù)據(jù)表明，在 TMZ 抗性神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中外泌體 circ_0072083 的釋放取決于 Warburg 效應(yīng)。抗細(xì)菌反應(yīng)高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。
1.核糖體印跡與多聚核糖體分析證據(jù)mRNA的翻譯是由核糖體進(jìn)行的，它可以在主動(dòng)翻譯的mRNA中形成多聚核糖體（Polysome）。因此，與核糖體/多核糖體的結(jié)合可以作為可翻譯circRNA潛力的強(qiáng)有力的預(yù)測(cè)證據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)整合了已發(fā)表的核糖體印跡（RibosomeProfiling）分析數(shù)據(jù)和多聚核糖體分析（PolysomeProfiling）數(shù)據(jù)，挖掘分析circRNA與核糖體的關(guān)聯(lián)。
2.翻譯啟動(dòng)站點(diǎn)（TIS）GTI-seq已實(shí)現(xiàn)了接近單核苷酸分辨率的翻譯起始密碼子的全景圖，揭示了整個(gè)人類轉(zhuǎn)錄組中數(shù)千個(gè)TIS密碼子的明確**。數(shù)據(jù)庫(kù)基于GTI-seq的TISdb數(shù)據(jù)用作支持circRNAs翻譯的間接證據(jù)，這也與潛在的ORF相關(guān)。
外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMCs)梯度離心純化是研究人體免疫健康和疾病的臨床相關(guān)細(xì)胞的主要來(lái)源。像大多數(shù)其他人體組織一樣，PBMC是一種復(fù)雜的、異構(gòu)的細(xì)胞類型混合物，來(lái)源于共同的干細(xì)胞祖細(xì)胞。盡管不同的PBMC細(xì)胞類型之間的基因組大部分是不變的，但每種免疫細(xì)胞類型執(zhí)行重要的和不同的功能。理解控制細(xì)胞系規(guī)范、細(xì)胞成熟、***狀態(tài)和響應(yīng)細(xì)胞內(nèi)外信號(hào)的功能多樣性的基因組調(diào)控景觀，是理解健康和疾病中的免疫系統(tǒng)的關(guān)鍵。
**近單細(xì)胞基因組方法的改進(jìn)使復(fù)雜細(xì)胞類型混合物的調(diào)控染色質(zhì)景觀的輪廓成為可能。特別是，基于液滴的單核或單細(xì)胞轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)分析(snATAC-seq, scATAC-seq, dscATAC-seq, mtscATAC-seq)允許在單細(xì)胞分辨率下分析開放染色質(zhì)。有前景的新方法將scATAC-seq與同時(shí)測(cè)量核mRNA或與細(xì)胞表面表位結(jié)合。 soRNA測(cè)序的 整套服務(wù)。
人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達(dá)為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對(duì)PTC*組織和*旁組間，用于高通量測(cè)序，其結(jié)果比對(duì)至tRNAlibraryGtRNAdb文庫(kù)，并從中去除線粒體tRNA。**終累計(jì)獲得1723個(gè)tRN**段，其中594個(gè)片段只存在于**組織，136個(gè)只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數(shù)量遠(yuǎn)超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）。火山圖可以看出5個(gè)在**組織中***上調(diào)的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來(lái)源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。使用motif和CHIP-seq預(yù)測(cè)影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子。晝夜節(jié)律芯片
英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。丁酸
2021年6月，***一篇發(fā)表在Curr Biol（IF=9.601）的文章（The RAS GTPase RIT1 compromises mitotic fidelity through spindle assembly checkpoint suppression.）從共生功能體視點(diǎn)的角度對(duì)29名接受同種異體造血干細(xì)胞移植的兒童的腸道、口腔和鼻腔微生物群進(jìn)行了綜合宿主微生物群分析。***揭示了RIT1直接與SAC**組件MAD2和p31conmet相互作用；CDK1在有絲分裂過(guò)程中磷酸化RIT1并抑制其與SAC的相互作用；RIT1是細(xì)胞有絲分裂及時(shí)進(jìn)展所必需的；RIT1致病水平促進(jìn)染色體分離錯(cuò)誤。丁酸
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)