新疆tiRNA國家自然科學基金

來源: 發布時間:2021-11-22

tRFs和tiRNAs作為sncRNA執行多種生物學功能。它們能夠作為miRNA行使RNA干擾;替換與mRNA結合的翻譯起始因子elF4G,直接抑制蛋白的翻譯過程;結合某些蛋白因子,例如YBX1,影響mRNA的穩定性;與細胞色素C相互作用,調控細胞凋亡-6;在應激條件下促進應激顆粒(StressGranules,SGs)的組裝;敏化細胞氧化應激誘導的p53***以及p53依賴的細胞死亡7;作為父**觀遺傳因子,改變子代基因轉錄級聯過程。tRFs具有許多microRNA的功能特性,例如,Dicer依賴的生物發生,與Argonaute蛋白形成RISC復合體以及RNA沉默。某些收錄的miRNA直接與tRFs匹配。tRNA上存在大量的轉錄后修飾,而且tRNA需與氨基酸形成氨酰基tRNA方可參與蛋白翻譯。新疆tiRNA國家自然科學基金

對下一代測序數據的深入分析揭示了許多具有不同功能的小分子非編碼RNA。近年來,來源于tRNA衍生的小分子RNA(ransfer-RNAderivedsmallRNAs,tsRNAs)引起***關注。其主要有2種類型,即tRNA源性應激誘導RNA(tRNA-derivedstress-inducedRNA,tiRNA)和tRNA源性片段(tRNA-derivedfragment,tRF)。它們根據在前體或成熟tRNA轉錄物的切割位置不同而產生。這些tRF&tiRNA分子的核苷酸組成、生物發生和功能上具有異質性。新的研究表明,tRF&tiRNA分子不僅是tRNA降解的碎片,而且在許多特定的生理和病理過程中起著調節作用。本文綜述了tRF&tiRNA分子的類型,提出了tRF&tiRNA分子的生物學功能和作用機制的新概念,重點介紹了tRF&tiRNA分子在人類疾病中的潛在應用,并提出了目前存在的問題和未來的研究方向。tiRNA贈送提供技術路線因此為了準確檢測tRFs&tiRNAs,這些修飾必須被有效的去除.

隨著RNA高通量測序技術的應用和發展,越來越多的tiRNA和tFs被發現。高通量測序方法能夠檢測更多類型的RNA,例如+RNA、rRNA、snoRNA和ScaRNA。由于TRFs和tiRNAs很小(14-50nt),如何區分真正的tRFs和隨機降解片段是首先需要認真考慮的問題。通過設計特異性擴增引物,可以利用定量逆轉錄聚合酶鏈反應(qRT-PCR)特異性地檢測TRFs和tiRNAsoNorthernblo也可以檢測到TRFs和tiRNAs的表達。**近亦有一種用于在短RNA-seq數據集中快速、確定和詳盡地識別TRF的方法和軟件包,線粒體和核TRF作圖(MINTmap),被開發出來。除了識別TRF之外,MINTmap還能夠明確地計算和報告所發現的TRF的原始豐度和標準化豐度。

tRFs長度約16-28nt,來源于成熟tRNA或前體tRNA,根據其在tRNA上的對應位置可進一步分為:(i) tRF-5,對應成熟tRNA的5’端,切割發生在D-loop;(ii) tRF-3,對應成熟tRNA的3’端,包含CCA部分,切割發生在T-loop;(iii) tRF-1,源自前體tRNA的3’尾部序列,3’末端含有多聚U序列;(iv) i-tRF,不屬于tRF-5,tRF-3或tRF-1,主要來自成熟tRNA的中間區域。tRF-1產生于前體tRNA的3’尾端序列。tRF-5,i-tRF和tRF-3分別起源自成熟tRNA的5’、內部、和3’端。當切割發生在成熟tRNA反密碼子環,將產生兩個半分子,tiRNAs,包括5’-tRFs和3’-tRFs。tiRNA測序采用tiRNA和tRF數據庫進行分析,并額外附送miRNA表達譜分析。

tRF&tiRNA實時定量PCR

實時熒光定量PCR技術是在普通PCR反應體系中加入熒光試劑,利用熒光信號實時檢測PCR進程,***通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。實時熒光定量PCR能夠專一、靈敏、快速、高重復性地精確定量起始模板濃度。tRF & tiRNA是由tRNA切割產生,長度約15-45個核苷酸的小RNA。由于tRF & tiRNA長度太短,且與tRNA序列完全重疊,不能通過傳統的實時定量PCR進行檢測。本公司通過在tRF & tiRNA兩端引入人工合成序列(adaptor),設計特殊的跨連接位點的定量PCR引物,可以精確檢測微量樣品中tRF & tiRNA表達水平。 此外,某些tRFs&tiRNAs的內部修飾比如m1A,m1G與m3C會嚴重阻礙反轉錄過程。內蒙古tiRNA實驗可參觀

tRFs&tiRNAs的組成和數量高度依賴于細胞類型和疾病狀態。新疆tiRNA國家自然科學基金

tRNA衍生片段(tRNA-derivedfragments,tRF&tiRNA)為近年來新發現的一類非編碼RNA(non-codingRNA.ncRNA),其在外周血循環中表達穩定.tRF&tiRNA通過調控基因表達與基因沉默調節細胞增殖與凋亡,調節翻譯等方式在人類**中發揮重要作用.tRF&tiRNA組織特異性,高度豐富且穩定***存在的特征使其在**領域的研究中具有明顯優勢,tRF&tiRNA的異常表達可能為**中潛在的診斷預后判斷的生物標志物或***靶點本文通過總結tRF&tiRNA不同亞型的來源結構,生物學特征及功能,探討其與**的潛在關系及作用機制以期為**的早期診斷及靶向***提供新思路.新疆tiRNA國家自然科學基金

公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。

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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗

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