piRNA是一類長度為26~31nt單鏈的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表達具有組織特異性,只存在于具有全能性的動物細胞,如生殖細胞、**細胞和干細胞等。piRNA通過與Piwi亞家族蛋白結合形成piRNA復合物(piRC)來發揮生物學功能(沉默轉錄基因過程,維持生殖系和干細胞功能,調節翻譯和mRNA的穩定性)。此外，piRNA在一些痘癥細胞中存在異常表達的現象,提示piRNA可能參與**的發生,并可作為**診斷和***中的潛在生物標記物。PiRNA的沉默機制主要利用(1)通過轉錄自與轉座元件(TE)加工而成piRNA,并結合互補結合TE抑制其轉錄;(2)通過編碼蛋白基因區轉錄加工成piRNA,與AGO3,AUB蛋白形成復合體抑制靶基因:(3)由基因3'UTR轉錄生成piRNA，并結合與PIW1,抑制靶基因:(4)從piRNA簇生成piRNA,并與AUB等蛋白相互作用起到抑制靶基因的目的。(5)另外,piRNA也被報道有起到高甲基化調控的協同調控行為。piRNA的生成加工過程途徑(BiogenesisPathway)主要分為二大類:(a)轉錄自TE轉錄元件或piRNA簇的反義鏈經過加工,加載到蛋白AUB或PIWI上形成功能piRNA。通常piRNA介導的piRISC復合體起到引發第二種生成加工途徑的激發作用。(b)通過AUB和AGO3蛋白的剪接體翠功能發生piRNA擴增效應。為在基因組范圍內快速研究任一物種已知的snoRNA的表達情況提供了強有力的技術工具。上海測序贈送提供技術路線
-.標準信息分析數據產出統計，對原始測序數據去接頭污染,去低質量reads;18~30nt小RNA測序結果的長度分布;樣品間的公共序列和特異序列的分析;.小RNA在選定的參考基因組上的分布;小RNA與rRNA.tRNA、snRNA.snoRNA的比對信息;小RNA與重復序列的比對信息;小RNA與外顯子或內含子的比對信息;小RNA與miRBase中指定范圍的已知的miRNA的比對;按照優先級將小RNA進行分類注釋;利用Mireap對沒有注釋的smallRNA進行預測,預測新的miRNA,繪制新的miRNA的二級結構圖;已知miRNA的表達譜構建;已知miRNA的家族分析。二、高級信息分析(基于標準分析)已知miRNA和novelmiRNA的靶基因預測;已知miRNA和NovelmiRNA靶基因GO注釋和KEGG;已知miRNA的堿基編輯分析;已知miRNA差異分析和聚類分析;NovelmiRNA差異分析(2個或2個以上樣品)和聚類分析;差異miRNA靶基因預測;差異miRNA靶基因GO注釋和KEGG通路分析。上海測序贈送提供技術路線利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。
三案例分析1.通過RNA測序分析帕金森病中白血球的長鏈非編碼RNA及選擇性剪接的調控背景:人類壽命的延長伴隨著神經退行性疾病的發病幾率的增加,因而價格不貴的血液診斷的發展迫在眉睫。通過RNA-seq分析血液細胞的轉錄本是發現新的生物標志物的非常高效的途徑。目的:利Ilumina測序平臺對帕金森病人白血球中IncRNAs進行分析,探討其對mRNA選擇性剪接的調控機制。結果:通過對帕金森病人的RNA-seq結果分析發現,在白血球中有6000個以上IncRNAS,其中13個IncRNAS較對照組表達變化***,例如U1剪接體IncRNA,RP11-462G22.1等。同時,在帕金森病人的大腦中表達7000多種IncRNAS,其中有3495種與白血球是共表達的。該研究為帕金森及其他神經退行性疾病的轉錄調控的研究提供了新的思路。
利用序列捕獲技術將全基因組外顯子區域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略，外顯子測序相對于基因組重測序成本較低,對研究已知基因的SNP、Indel等具有較大的優勢。簡介:全外顯子組(Exome)是指基因組中全部外顯子區域的總和,人類的外顯子組約占基因組的1%~2%,包含了蛋白質合成的重要信息,是基因行使功能**直接的體現。絕大部分疾病或性狀相關的變異位于外顯子區域，與全基因組重測序相比，全外顯子組測序*針對外顯子區域內部和邊界區域的DNA進行測序,覆蓋度更深,數據準確性更高,可更加經濟、高效地發現與疾病或表型相關的個體速傳變異及罕見突變。人全外顯子組測序技術已逐步應用到單基因致病基因和復雜疾病易感基因研究中。18~30nt小RNA測序結果的長度分布;
三、鏈特異性轉錄組(需提供參考基因序列、參考基因組序列)鏈特異性技術,也稱strand-specificRNAsequencingmethod,是一種能夠區分正義鏈或反義鏈信息的方法,其對于轉錄組的功能分析具有十分重要的意義。1.標準信息分析1)正負鏈信息;2)反義鏈表達;3)其他(分析內容同常規轉錄組)。2.定制化信息分析可結合客戶的需求,協商確定定制化信息分析內容。四、均一化文庫分析內容同常規轉錄組。五非編碼RNA測分析(需提供參考基因序列、參考基因組序列及基因注釋結果)定制化信息分析:可結合客戶的需求,協商確定定制化信啟分析內容。轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和,主要包括mRNA和非編碼RNA。醫學科研測序創新服務
對原始測序數據去接頭污染,去低質量reads;上海測序贈送提供技術路線
技術優勢通量高:-次測序得到500萬條以上的序列;●分辨率高:可以檢測小RNA單個堿基的差異;。精細度高:從幾個到數十萬個拷貝精確計數;●不依賴已知信息:既能鑒定已知小RNA.又能發現新小RNA;●可重復性高:深度測序保證了抽樣隨機性,重復性非常好,無需重復實驗。研究內容基于lluminaHiSeqTM2000高通量測序技術的小RNA數字化分析,采用邊合成邊測序的方法可減少二級結構造成的區域缺失。該技術可以對高質量序列進行序列長度分布的統計及樣品間公共序列統計，將篩選后的高質量序列分類注釋,從而獲得樣品中包含的各組分及表達量信息,并對所有小RN**段進行注釋,對新的miRNA則進行靶基因預測。上海測序贈送提供技術路線
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗