長鏈非編碼RNA(lncRNA)可以順式或反式發揮多種功能,包括調節基因轉錄和RNA剪接、調節RNA和蛋白質的活性或豐度以及組織核結構域。它們***參與細胞命運編程/重編程、分化、發育,尤其是與人類疾病相關。盡管近年來高通量測序技術的快速發展已經鑒定了數十萬種人類lncRNA,但其中只有一小部分得到了很好的表征。
***我們來講一個關于lncRNA的數據——LncExpDB(./lncexpdb),該數據庫由中國國家生物信息中心和中國科學院北京基因組研究所團隊搭建,數據庫相關文章于2020年10月12日以“LncExpDB:anexpressiondatabaseofhumanlongnon-codingRNAs”為題在線發表于NucleicAcidsResearch雜志(IF=)。 Tempol減輕PCOS大鼠腸道微生物失調.西安非酒精性脂肪性肝炎標書
數據庫還可以分析現有的化學品和基因相關數據,根據自身需要檢索相關基因或者化學品。
該數據庫還將解剖學及其相關表型與環境化學物質聯系起來,使它們可計算用于薈萃分析,并使 CTD 中化學和表型景觀的解剖學視角成為可能。2020 年, CTD 利用醫學主題詞中“解剖學”分支的修改子集作為其受控詞匯源,其中包括 1799 個用于解剖結構和區域、生理系統、流體和組織、細胞和亞細胞成分的術語。 目前,CTD中超過247000種化學-表型相互作用使用了870個解剖學術語。 用戶可以通過選擇門戶圖標向下鉆取可導航層次結構或使用 CTD 關鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項,從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數據,允許用戶從解剖學角度探索交互;這可用于識別不同生理系統(例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統)獨有或共享的化學物質和表型,或發現例如影響影響的 1158 種化學物質 心臟中有 600 種表型。同樣,已經開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合,使環境健康科學家能夠調查暴露研究和組織和系統暴露化學應激誘導表型的細節。***,為了幫助提高數據庫的互操作性。 武漢非酒精性脂肪性肝炎標書PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。
表達PTENWT的細胞,在雙胸苷激酶阻斷和輻射釋放后被阻滯在S期,表現出低水平的CDK2磷酸化(圖5A)。相反,經過相同處理的PTEN-398A細胞有更高水平的磷酸化CDK2(圖5A),這與DNA損傷檢查點的缺陷***一致。與PTEN-WT細胞相比,PTEN-398細胞中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高(圖5B)。雖然p27Kip1與CDK2和CyclinE在照射過的PTEN-WT細胞中有效地共免疫沉淀,但在PTEN-398A細胞中這些相互作用減弱(圖5C,D)。與我們在MCF10A細胞中觀察到的結果一致,免疫印跡分析顯示PTEN398A/398A裂解物中磷酸化的AKT和磷酸化的p27Kip1水平更高;MMTVNeu**與Pten+/+;MMTVNeu對應**進行比較(圖5E-H)。總之,抑制ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***,反過來有利于CDK2/CyclinE復合物的活性,并驅動細胞周期進程。
2.TYRO3使**細胞對抗PD-1***耐藥
在同系BALB/c小鼠模型中比較了Tyro3過表達(Tyro3-OE)和4T1-P細胞對抗mPD-1***的反應。在荷4T1-P**的小鼠中,抗mPD-1******減少**的生長,并延長了生存期。這些結果表明,盡管4T1-P**對抗mPD-1***有反應,Tyro3的過表達促進了這些**的耐藥性。為進一步確定在4T1-R耐藥細胞中抗PD-1/PD-L1耐藥是否需要TYRO3,敲除4T1-R細胞(TYRO3–/–)中的TYRO3。荷瘤Tyro3敲低細胞的小鼠對抗mPD-1***敏感,**生長***減少,小鼠存活時間更長。這些結果證明TYRO3在抗PD-1/PD-L1耐藥中的重要作用。 血清代謝產物的豐度也發生了***變化.
三、SMARCA4調節AR靶基因的表達,參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中,雄***(A)下調的基因占大多數(~70%),而在前一組中,雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比,siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs),其中363個基因雄******調控(圖4b, c)。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達,例如,分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生,而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 腸道微生物群和循環代謝產物之間的聯系.武漢MCD誘導標書
研究了所有三組循環代謝產物豐度與腸道微生物群之間的聯系.西安非酒精性脂肪性肝炎標書
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰性。FTO是一種m6A去甲基酶,作為一種致*基因,促進白血病*基因介導的細胞轉化和白血病發生。因此為大家介紹于2021年3月發表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里,我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用,并通過靶向SsD的FTO來評估m6A去甲基化活性。SsD在體外和體內均能***抑制AML細胞增殖,促進細胞凋亡和細胞周期阻滯。機制上,SsD直接靶向FTO,從而增加了m6A RNA的甲基化,降低了下游基因轉錄本的穩定性,導致相關通路的抑制。重要的是,SsD還克服了FTO/m6A介導的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性??傊?,FTO依賴的m6A RNA甲基化介導了SsD的抗白血病作用,使SsD成為一種***白血病的藥物。西安非酒精性脂肪性肝炎標書
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗