三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 circNDUFB2可通過破壞CARDs與其解旋酶結構域之間的分子內相互作用。流式標書中標率高
因此，我們使用了競爭結合試驗，其中滴定MAD2野生型(WT)或R133E/Q134A(RQ)，一個二聚體和p31結合缺陷的突變體，未能抑制rit1-p31conmet結合(圖1E)。由于RIT1g結構域與其他Ras-GTPases，特別是它的鄰域RIT2之間的相似性，假設RIT1s的n端或c端延伸可能介導與MAD2和p31conmet的相互作用(圖1F)。隨后分析了RIT1N-或c-末端缺失突變體，證明了c-末端結構域對于MAD2和p31conmet星結合是必要和充分的(圖1G、1H和S1J)。
在間期，RIT1 s c端尾部介導質膜(PM)結合然而，在分析有絲分裂細胞時，我們觀察到RIT1在細胞進入有絲分裂和進入中期并在后期快速易位到PM時的彌漫性胞質分布(圖2A和2B)。同樣，在有絲分裂細胞裂解物中檢測到內源性RIT1的主要胞質分布(圖2C)。(S209D/E)磷酸化，而非(S209A)缺磷，突變破壞了RIT1-MAD2/p31conmet結合(圖2D)。RIT1磷酸化在有絲分裂過程中**為豐富(圖2E)。抑制CDK1***降低了重組RIT1的磷酸化(圖2F)。免疫印跡檢測和質譜證實CDK1/CyclinB1磷酸化RIT1 S209，(圖2G和2H)。 TOLL標書國家自然科學基金采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。
五、急性GvHD的嚴重程度可以在造血干細胞移植之前通過口腔微生物群的組成來預測
A.相對豐度:隨著時間的推移，在0級aGvHD患者的口腔中12個**豐富的家族。B.svmLinear模型識別出的前20名口腔預測ASV的重要性圖，重要性分數表示剔除該ASV后，預測精度平均下降。**終的交叉驗證svmLinear模型從口服ASVspreHSCT的豐度中預測了aGvHD(0IvsIIIV)，準確率為92%(95%CI:73~99%)。通過Boruta特征選擇確認的asv用星號表示。C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數回歸識別為有意義的分裂節點用于aGvHD預測。沿分枝的數目表明變異的分裂值穩定了細菌豐度。終端節點顯示來自aGvHD分級為0IvsIIIV患者的樣本比例(n=**樣本數量)。
PTEN是一種**抑制因子，調節多種細胞功能，包括***，PI3K/AKT信號通路是PTEN通過其磷酸酶活性靶向的**重要通路之一。因此，推測PI3K/AKT信號通路可能參與CRC細胞來源的外泌體miR-934誘導M2巨噬細胞極化。WB結果顯示過表達PTEN可以部分減弱miR-934和HCT-8細胞源外泌體對p-AKT和p-PI3K表達的增強作用，而沉默PTEN則相反（Fig. 5k）。更重要的是，當與HCT-8細胞來源的外泌體和PI3K抑制劑(LY294002)共培養時，PMA處理的THP-1細胞中p-AKT和M2標記物(CD206、arginase-1和CD163)的表達下調（Fig. 5l, m）。綜上所述，CRC細胞來源的外泌體miR-934可以通過下調PTEN表達和***PI3K/AKT信號通路誘導M2巨噬細胞極化。評估了丙酸丁酸和異丁酸的含量是否與運動恢復或腸道完整性相關。
二、胎兒造血過程中分化軌跡的推斷
接下來，研究者使用力導向圖繪制算法推斷了人類胚胎發育期間造血細胞的分化軌跡。結果顯示HSCs/MPPs位于軌跡頂端，并且在HSCs/MPPs下游，研究者鑒定了三個高度增殖的寡能祖細胞群，即MEMPs（紅系細胞、MKs和肥大細胞）；GPs（粒細胞）；LMPs（淋巴樣細胞、單核細胞和樹突狀細胞）(圖2A和2B）。并使用Scanpy的paga_path函數顯示了沿三條分化途徑（MEMPs、GPs和LMPs）的譜系特異性基因動態表達(圖2C）。MEMPs將hsc / mpp與MKs、紅細胞和肥大細胞連接起來。與此一致的是，HSC/MPP向MEMPs轉化的差異調控基因包括MK/紅系/肥大細胞譜系特異性基因，如GATA1、ITGA2B、PLEK、KLF1、HDC和MS4A3(圖2C)。 circSDHC來源于第1染色體上的SDHC基因.VEGF標書省自然科學基金
檢測circNDUFB2是否作為miRNA海綿調節NSCLC的靶標.流式標書中標率高
乳腺*細胞外泌體增加TPH-1細胞中miR-138-5p的表達但抑制KDM6B的表達，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉染miR-138-5pmimic的乳腺*細胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達miR-138-5p的乳腺*細胞外泌體增加了miR-138-5p水平，抑制了THP-1細胞中KDM6B的表達（圖3I-J）。總之，這些結果表明，*細胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細胞中，并抑制KDM6B。
4、外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調節巨噬細胞極化
隨后，作者研究了在不同培養條件下TPH-1的表達譜。首先，和**細胞共培養抑制了M1相關基因的表達，IL-6，TNF-α，和IL-1β，但是增加了M2相關基因的表達CD163，Arg-1，IL-10,TGF-β和VEGFA。過表達KDM6B部分抑制了上述表現改變（圖4A-B）。流式檢測顯示乳腺*細胞和TPH-1的共培養增加了CD163陽性細胞數比例，但是過表達KDM6N可以抑制這種效果（圖6C）。類似的，過表達KDM6B抑制了miR-138-5p誘導的M2極化（圖4D-F）。 流式標書中標率高
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗