瀏覽工具將PROTAC-DB中的數據歸納為兩類：“目標瀏覽”和“化合物瀏覽”。目標瀏覽將在“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類別選項卡下顯示目標蛋白質的名稱列表，點擊列表中選定的蛋白質將跳轉到與該蛋白質相對應的所有化合物的列表。化合物瀏覽主要用于可視化“PROTAC”、“彈頭”、“E3配體”和“Linker”類標簽下所有化合物的二維結構。此外，在“PROTAC”、“彈頭”和“E3配體”類標簽下還將展示生物活性。
可視化和過濾數據表中的結果查詢或瀏覽結果顯示為數據表，包含2D結構和其他信息，如化合物ID、目標蛋白質和生物活性(圖2)。 英拜生物致力于分子生物行業十余年。轉運RNA 課題潤色服務
二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導致基因組
為了確定ATM介導的PTEN磷酸化如何調節DDR，構建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補充圖3B)。構建人乳腺上皮細胞系(MCF10A)，穩定表達野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細胞中，內源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創建了PTEN空細胞，然后用野生型或突變型的蛋白質穩定轉導重組。在表達PTEN-wt和PTEN-398a的MCF10A細胞中，PTEN蛋白和磷酸化AKT水平相似(補充圖3A)，使這些細胞成為ATM磷酸化PTEN分子作用研究的合適替代模型。Pten+/+和Pten398A/398Amef在10gyIR作用下，通過測定每個細胞的γH2AX和53bp1病灶數量來評估其修復DNA損傷的能力。在Pten+/+mef中，我們觀察到在照射后4小時，每個細胞的病灶數量達到峰值，24小時后恢復到接近基線水平(圖2AC)。Pten+/+和Pten398A/398A在ir后4小時，每個細胞聚集的病灶數量相似。然而，Pten398A/398Amef在24小時時間點比Pten+/+mef保留了更多的病灶數，表明DNA修復能力降低(圖2C)。 NF-kB課題產學研合作英拜提供生物醫學課題外包服務。
既往研究表明，FBXW7/HIF-1α/ VEGF-A通路參與**血管生成。因此，我們假設miR-144的促血管生成功能是通過在*變過程中調節FBXW7/HIF-1α/VEGF-A通路實現的。在本研究中，我們首先在mRNA水平和蛋白水平檢測暴露于鼻咽*EVs的HUVECs中FBXW7和HIF-1α。而HUVECs上清中用酶聯免疫吸附試驗(ELISA)測定VEGF-A濃度(圖5I和5J)。結果顯示，暴露于miR-144模擬物的EVs中FBXW7的表達減少，而HUVECs上清液中HIF-1α和VEGFA的表達增加。miR-144抑制劑的引入導致EVs中FBXW7表達增加，HIF -1α表達減少，HUVECs上清VEGF-A濃度降低。此外， FBXW7過表達或HIF-1α沉默導致HUVECs上清中HIF-1α表達和VEGF-A濃度降低(圖5K和5L)。因此，miR-144可以靶向FBXW7，促進HIF-1α和VEGF-A的表達。
m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。
1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關
為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示，與正常肺相比，LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達下調，而結合Oncomine數據庫和Kaplan-Meier圖譜進一步分析，發現較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(圖1D)，這證實了YTHDC2與LUAD存在負相關的關系。 按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。
在**微環境（TME）細胞浸潤的單樣本基因集富集分析（ssGSEA）中，亞型2和亞型3的β系數（95%順式），亞型1作為對照組。FDR校正后，28種免疫類型中有27種在m6A亞型之間存在***差異，但記憶CD8 T細胞類型除外。亞型3的TME入滲程度比較低，亞型1的TME入滲程度比較高。因此，我們將亞型1定義為免疫亞型，亞型2定義為中間亞型，亞型3定義為**增殖亞型。
PCA生成的m6A信號在不同的m6A亞型中***不同。在校正年齡、性別、分期、**類型和可能的表達殘差（PEER）因素估計后，m6A信號水平越高，總體人群的總體生存率越差。此外，臨床晚期疾?。≒trend）患者的m6A特征明顯更高或****級。在不同的**類型中，較高的m6A信號與較短的MST***相關。我們檢查了在整個泛*人群中m6A信號與**突變負荷（TMB）評分之間的關聯。不出所料，它們與皮爾遜r=?總人口為0.53。m6A信號正相關，16種**類型的TMB評分。 有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者。結腸炎課題第三方實驗室
Pex調節HSC的ECM分泌。轉運RNA 課題潤色服務
此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達的患者的生存結局明顯較差(圖7F)。循環外泌體的隨訪數據也顯示了一致的結果。PDAC患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于健康對照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉移的患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環外泌體***表達(圖7H)。高循環外泌體表達CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發生肝轉移 (圖7I)。然而，高表達循環外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)?？傊?，我們的研究結果證實了CD44v6和C1QBP在組織源性EV和循環外泌體中的表達可以預測PDAC患者的預后和肝轉移。
結論：我們揭示了原代PDAC細胞和HSCs之間通過PDAC來源的外泌體進行遠距離的細胞通信。此外，Pex通過促進肝纖維化微環境的形成來指示肝特異性轉移。更重要的是，我們發現外泌體CD44v6/C1QBP復合物傳遞到HSC的質膜上誘導IGF-1信號通路的***。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物，也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。 轉運RNA 課題潤色服務
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗