七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。 高通量測序的后續成文服務。臨床醫學課題歡迎咨詢
在TYRO3-OE 4T1**細胞中，阻斷鐵死亡的基因上調（Slc40a1、Slc7a11、Slc3a2、Gpx4、Fth1和Blvrb），而增強鐵死亡的基因下調（Slc5a1、Tfrc）。在接受抗PD-1***的黑色素瘤患者中，阻止脂質過氧化和鐵死亡的分子SLC3A2與TYRO3***共表達。抗PD-1***后，Tyro3-OE CD45-**細胞的脂質ROS水平低于4T1-P CD45-**細胞，而加入抗PD-1***增加4T1-P**細胞的脂質ROS，但不增加Tyro3-OE**細胞的脂質ROS，表明Tyro3抑制抗PD-1誘導的**細胞鐵死亡。在體外用鐵死亡誘導劑erastin和鐵死亡抑制劑ferrostatin 1(Fer-1)處理4T1-P和Tyro3-OE 4T1細胞。與親代細胞相比，Tyro3過表達抑制了鐵死亡誘導劑誘導的細胞死亡。當Fer-1阻斷鐵死亡時，Tyro3過表達抑制誘導劑誘導的脂質ROS。Tyro3缺失增加了誘導劑誘導的細胞死亡和脂質過氧化，Fer-1消除了這些作用。這些結果表明TYRO3對于保護**細胞免受鐵死亡至關重要。常規課題贈送提供技術路線有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者。
四、FZD7是YTHDF1中真正的m6A修飾靶標
對于***腹肌Hippo或Wnt通路的13個轉錄本，我們采用了多步驟篩選策略(圖4A)。使用RIP結合qPCR驗證確定YTHDF1相互作用的轉錄本（4B）。Wnt途徑的FZD1、FZD7、CTBP2、MAPK9、MAP3K7等轉錄本，以及Hippo途徑的TP53BP1、PARD3、SMAD2、SMAD3等轉錄本均被YTHDF1抗體特異性免疫沉淀(4C)。YTHDF1基因敲除****降低了FZD7、MAPK9、SMAD2、SMAD3和PARD3的蛋白水平(圖4D)，但它們的mRNA未受影響。m6A免疫沉淀反應(m6A-IP)和YTHDF1 eCLIP和qPCR證實YTHDF1 對FZD7, MAPK9, SMAD2 SMAD3,和PARD3 mrna進行m6A修飾。FZD7的翻譯效率下調*****，而其他基因的翻譯效率均出現輕微的抑制(圖4G)。這些結果共同提示FZD7是YTHDF1在胃*中真正的直接靶點。
**近有報道稱，ALS/FTD中TDP-43的聚集可以隔離核孔蛋白、轉運蛋白和其他因子，表明TDP-43的聚集強烈破壞核質轉運(NCT)和核孔復合體。此外，在AD、ALS和亨廷頓氏病(HD)中NCT也被破壞，提示在這些神經退行性疾病中有一個共同的功能失調途徑。然而，TDP-43在反復顱腦損傷致神經退行性變中的病理機制尚不清楚。此報道之前曾證明，重復的創傷導致果蠅大腦中的泛素、p62和TDP-43包涵體以及應激顆粒病理。在這里，我們對果蠅的大腦進行了蛋白質組學分析，以確定創傷損傷后改變的分子通路。2021年5月，在Elife雜志上發表了文章“TraumaticinjurycompromisesnucleocytoplasmictransportandleadstoTDP-43pathology.”。此報道在體內，反復的創傷會上調核孔蛋白，改變核孔蛋白的穩定性，改變NCT蛋白，改變Ran***1和核孔蛋白的分布，改變NCT。此外，核輸出的藥理抑制可以防止tbi介導的致命性和NCT缺陷。有趣的是，在體內和體外，核孔蛋白的上調導致TDP-43定位錯誤、聚集、磷酸化和溶解性改變，并降低運動功能和壽命。對NUP62病理和CTE患者腦組織中NUP62濃度升高的研究結果表明NCT缺陷與創傷損傷有關，這可能介導了TDP-43的病理變化。上海英拜提供課題外包服務。
IGF2BP結合區域包含“GGAC”N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調節，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3/14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。這些數據表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。circNDUFB2過表后IGF2BPs的mRNA無***變化，蛋白質水平***降低。此外，circNDUFB2突變體不影響IGF2BPs的蛋白質水平。因此推測circNDUFB2可能通過相互作用使IGF2BP蛋白失穩。發現circNDUFB2的過度表達***降低了IGF2BP蛋白的水平，這可以通過MG132（蛋白酶抑制劑）恢復。circNDUFB2***增加了IGF2BPs的泛素化水平，但這種作用因其突變而受損。這些結果表明circNDUFB2通過促進泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩定性。高通量分子實驗的后續標書申請指導服務。基礎醫學課題實驗可參觀
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2、hUC-MSCs增加MRL/lpr小鼠脾CD4+T細胞的衰老通過Sirt1/p53信號
作者推測hUC-MSCs***MRL/lpr小鼠的潛在機制可能是通過增強CD4+T細胞的衰老來抑制其積累。為了驗證這一點，作者從脾細胞懸液中分離出單核細胞，然后純化CD4+T細胞用于RNA和蛋白質制備。測量了p21和p16水平作為早衰的標記物。結果顯示與WT對照組相比，p21和p16的mRNA和蛋白質水平在MRL/lpr小鼠中***降低，與此同時，與接受PBS處理的MRL/lpr小鼠相比，p21和p16的mRNA和蛋白表達在hUC-MSCs***組中***增加(圖2A-C)。研究還發現，與WT小鼠相比，MRL/lpr脾臟CD4+T細胞的Sirt1表達水平升高，在Lys-379位點的p53乙酰化水平降低，而hUC-MSCs***可以通過降低Sirt1水平、增加p53水平和p53乙酰化水平來逆轉這一變化(圖2C-E)。總之，上述結果提示，MRL/lpr小鼠脾臟CD4+T細胞的衰老可能是有缺陷的由于Sirt1/p53的信號改變導致，這可能導致CD4+T細胞的過度增殖。因此，hUC-MSCs的臨床作用可能與脾CD4+T細胞衰老通路的恢復有關。 臨床醫學課題歡迎咨詢
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