六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉變過程中染色質可及性的變化。VCAM1和TPM1轉錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區域染色質可及性增加相關(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉錄降低(圖6c)與染色質可及性降低相關(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉錄因子的活性，我們發現了可能調節近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質區域，該區域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調控VCAM1表達提供了實驗證據。 大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。河北科研服務兩年
3.Tempol可改善PCOS大鼠全身和腸道的氧化應激
DHEA+PBS組大鼠血清MDA水平明顯高于油+PBS組，血清T-AOC水平明顯低于oil+PBS組。給藥Tempol可***降低PCOS大鼠血清MDA水平，提高血清T-AOC水平(圖3A-B)。研究發現，DHEA聯合或不聯合tempol對血清3’-NT和AGEs水平均無影響(圖3C-D)。作者測定卵巢中氧化應激生物標志物的水平，PCOS大鼠卵巢MDA、3-NT、AGEs水平高于對照組，但差異無統計學意義(圖3E-G)，PCOS大鼠卵巢T-AOC水平未見明顯下降(圖3H)；然而，這些大鼠的SOD活性降低(圖3I)。WB分析顯示，PCOS大鼠卵巢中SOD1表達下降，而SOD2表達未發生變化(圖3J)。Tempol對PCOS大鼠這些氧化應激標志物的水平沒有明顯影響，甚至進一步降低了卵巢SOD活性(圖3E-I)，這表明Tempol對卵巢氧化應激沒有直接影響。 西藏科研實驗外包降低腸上皮細胞尿酸的產生。
4）miR-337-3p/miR-137在子宮內膜*組織中表達較低，miR-337-3p/miR-137是MIR210HG的靶點
qPCR結果顯示，**組織中miR-337-3p和miR-137的表達明顯下調(圖4A)。此外，采用Pearson等級相關法分析miR-337-3p、miR-137與MIR210HG表達的相關性(圖4B)。隨后，我們分析了HMGA2與miR-337-3p/137表達的關系(圖4C)。我們進行了熒光素酶實驗，以確定MIR210HG是否可以直接靶向miR-337-3p和miR-137在預測的結合位點(圖4D)。為了確定MIR210HG是否與miRNA核糖**白復合物結合，我們使用抗AGO2抗體進行RIP實驗。與對照免疫球蛋白G免疫沉淀相比，lncRNAMIR210HG和miR-337-3p/miR-137在含AGO2的免疫沉淀中***富集(圖4E)。當MIR210HG在Ishikawa和HEC-1A細胞中過表達時，miR-337-3p和miR-137表達水平降低。相比之下，轉染sh-MIR210HG后，細胞中miR-337-3p和miR-137的表達水平***升高，說明MIR210HG可以調控miR-337-3p和miR-137的表達(圖4F)。隨后，我們研究了miR-337-3p和miR-137是否負調控MIR210HG的表達，發現過表達miR-337-3p/137會下調MIR210HG的表達，而敲除miR-337-3p/137會上調MIR210HG的表達(圖4G)。
3）FTO是SsD的直接靶點
基于基因芯片數據，SsD介導的白血病發生抑制主要是由于m6A通路，我們假設SsD可能調節白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發生中起作用。為了驗證SsD與FTO的直接結合，我們首先基于已發表的FTO晶體結構進行分子對接分析。SsD的比較好結合位點表現出與底物結合位點互補的特殊形狀，占據了整個結合口袋(圖3A-B)。4個氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發揮了關鍵作用。在NB4和Kas-1AML細胞中，SsD與FTO蛋白的結合導致了明顯的熱轉移，表明對熱降解有保護作用(圖3D)。接著，我們利用NMR進一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結果表明，FTO干擾了SsD的狀態。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細胞對SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細胞中，SsD在0.05-0.14nmol/百萬細胞中檢測到。HPLC顯示SsD對體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細胞系統中，斑點印跡試驗證實了SsD介導的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述，FTO是SsD的直接靶點，可能是SsD誘導的白血病細胞生長抑制作用的主要介質。 大黃酸導致嘌呤代謝正?；湍c道尿酸水平的降低。
CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在 committed cluster 中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA, CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committed cluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed 亞型中，免疫反應通路如干擾素- γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C, D, Supplementary Figs. 16, 18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發揮關鍵作用。重慶科研技術指導
Th1/Th2細胞失衡也是結腸炎的一個重要特征。河北科研服務兩年
接著作者為了進一步證明YTHDC2與LUAD的關系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到YTHDC2 mRNA和蛋白的***下調(圖1E-G)，組織芯片檢測(TMA)評估cohort #1中YTHDC2的表達，結果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達下調(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達下調與更大的**直徑和更晚期的分期相關(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進LUAD的**進展。
2.過表達YTHDC2抑制細胞活力和**發生為了探索YTHDC2在體內的m6A解讀器功能，作者構建AAV5表達系統(KPYWT、KPYΔYTH和對照KPE)(圖2A)。與KPE小鼠***25周后的**相比，KPYWT和KPYΔYTH小鼠的**證實了YTHDC2持續上調(圖2B)，這表明AAV5表達系統具有持久的效率。雖然YTHDC2不能阻止**的發生，但**發生時間延遲，**負荷明顯受到抑制，KPYWT小鼠的生存時間比KPE小鼠和KPYΔYTH小鼠更長(圖2C-F)。 河北科研服務兩年
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