3）FTO是SsD的直接靶點
基于基因芯片數據，SsD介導的白血病發生抑制主要是由于m6A通路，我們假設SsD可能調節白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發生中起作用。為了驗證SsD與FTO的直接結合，我們首先基于已發表的FTO晶體結構進行分子對接分析。SsD的比較好結合位點表現出與底物結合位點互補的特殊形狀，占據了整個結合口袋(圖3A-B)。4個氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發揮了關鍵作用。在NB4和Kas-1AML細胞中，SsD與FTO蛋白的結合導致了明顯的熱轉移，表明對熱降解有保護作用(圖3D)。接著，我們利用NMR進一步研究了FTO和SsD之間的相互作用，在滴定過程中觀察到信號的劑量依賴性衰減(圖3E)。這些結果表明，FTO干擾了SsD的狀態。接下來，我們使用LC-MS/MS定量分析了細胞對SsD的攝取(圖3F)。在NB4和Kas-1細胞中，SsD在0.05-0.14nmol/百萬細胞中檢測到。HPLC顯示SsD對體外FTO去甲基化的抑制活性(圖3G)。此外，在無細胞系統中，斑點印跡試驗證實了SsD介導的FTO活性競爭性抑制(圖3H)。綜上所述，FTO是SsD的直接靶點，可能是SsD誘導的白血病細胞生長抑制作用的主要介質。 英拜提供分子生物學以及免疫病理相關實驗。黑龍江科研贈送提供技術路線
TFAP2B也有類似的模式，它調節遠端腎單位的發育30。TFAP2B轉錄因子活性在粗升肢和遠端曲小管中增加(圖3b,motif活性)，TFAP2B染色質可及性增加(圖3b，基因活性)，TFAP2B轉錄增加(圖3b，基因表達)。我們對遠曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細胞(PC)進行了偽時間排序，這些細胞在snRNA和snATAC數據集中都形成了一組不同的轉錄相關細胞類型。在HNF4A中，觀察到近曲小管中有一個CCAN，在啟動子、基因體和遠端區域的差異開放區域(圖3c，紅框)之間有多個連接(紅色或藍色弧線)(圖3c)。江蘇科研贈送提供技術路線N6甲基腺苷（m6A）是一種常見的真核細胞mRNA修飾。
ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS)是-種準確、高效、經濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區域,并進行Bisulfite測序,同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關。RRBS作為-種高性價比的甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中具有***的應用前景。技術優勢精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區域更有針對性,數據利用率更高。研究結果充分證明"了RRBS技術的可靠性。RRBS可作為--種更高效經濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區域DNA甲基化狀態。
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達上調。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過表達Caspase-11促進脂肪性肝炎。英拜專注高通量測序行業的整體服務。
應用ssGSEA計算了2236條典型路徑在基因組中的富集分數。FDR校正后，共有949條通路（42.4%）與m6A信號***相關，表明m6A修飾與***的生物學過程相關，大多數**類型的結果一致。還發現了一些與*****相關的經典途徑，如FOXM1途徑、細胞周期調控、polo樣激酶1（PLK1）相關途徑和Aurora A/B途徑。
與m6A修飾相互作用的潛在靶點
我們在至少10種PFDR**亞型中鑒定出114個與該特征相關的新基因<?0.05。在105個有可用**評分的基因中，78個基因（74.3%）通過了建議的閾值（**評分>?21.09），明顯高于**評分系統中隨機選擇*基因的比例（35%）。 上海英拜生物的動物建模實驗。自噬醫學相關科研中標率高
大黃酸能緩解D。SS誘導的小鼠慢性結腸炎。黑龍江科研贈送提供技術路線
采用Pearson’s秩相關法分析MIR210HG與HMGA2表達的相關性，發現HMGA2的表達與MIR210HG呈正相關(圖3 J和K)。這些結果表明MIR210HG可能參與了新的MIR210HG-miR-337-3p/137-HMGA2調控網絡。
miR-337-3p/miR-137在子宮內膜*組織中表達較低，miR-337-3p/miR-137是MIR210HG的靶點
qPCR結果顯示，**組織中miR-337-3p和miR-137的表達明顯下調(圖4A)。此外，采用Pearson等級相關法分析miR-337-3p、miR-137與MIR210HG表達的相關性(圖4B)。隨后，我們分析了HMGA2與miR-337-3p/137表達的關系(圖4C)。我們進行了熒光素酶實驗，以確定MIR210HG是否可以直接靶向miR-337-3p和miR-137在預測的結合位點(圖4D)。為了確定MIR210HG是否與miRNA核糖**白復合物結合，我們使用抗AGO2抗體進行RIP實驗。與對照免疫球蛋白G免疫沉淀相比，lncRNAMIR210HG和miR-337-3p/miR-137在含AGO2的免疫沉淀中***富集(圖4E)。當MIR210HG在Ishikawa和HEC-1A細胞中過表達時，miR-337-3p和miR-137表達水平降低。相比之下，轉染sh-MIR210HG后，細胞中miR-337-3p和miR-137的表達水平***升高，說明MIR210HG可以調控miR-337-3p和miR-137的表達(圖4F)。 黑龍江科研贈送提供技術路線
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗