中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所(國家生物信息中心)鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數據庫。數據庫相關文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發表于Nucleic Acids Research雜志(IF=11.501)。
Aging Atlas 目前的實現包括五個模塊:轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外,Aging Atlas Consortium 還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小鼠基因(GAAA)。GAAA 部分現在包含數百個人類和小鼠衰老相關基因,分為 10 個“基因集”和相應的 KEGG 通路。基因組具有成熟的老化特征,包括基因組不穩定性、端粒磨損、表觀遺傳改變、蛋白質穩態喪失、線粒體功能障礙、營養感知失調、細胞間通訊改變、細胞衰老和干細胞衰竭。Aging Atlas Consortium 的老年學**將 GAAA 中的每個基因都歸因于這些基因集。因此,GAAA 提供了 Aging Atlas 的基準部分,以幫助用戶更好地解釋這些與衰老相關的基因的生物學意義。 英拜提供春節回家探親車費補貼。肺動脈高壓科研省自然科學基金
為了檢測補充NAD + 是否可以糾正IFNα刺激的下游效應,用1 mM β-煙酰胺單核苷酸(NMN)培養CD8 + T細胞以恢復NAD +/NADH比值(圖6e)。然后,評估了用抗CD3/CD28再刺激后的氧化反應和細胞活力。補充NMN的NAD + 增加了OCR(圖6f),但未增加ECAR,表明線粒體能力增加。重要的是,通過NMN處理恢復NAD + 的可用性改善了IFNα延長和TCR刺激后的細胞活力(圖6 g),表明NAD途徑調節這些活化的人CD8 + T細胞中的線粒體適應性和細胞存活率。總之,這些數據表明,在人TCR刺激的CD8 + T細胞中,延長IFNα暴露增加了NAD + 的消耗,并降低了NAD +/NADH比值。這導致再刺激后線粒體呼吸缺陷和細胞活力降低。NAD + 前體NMN糾正了這些代謝變化,提高了CD8 + T細胞活力。細胞壞死科研分子生物學實驗大黃酸處理沒有改變乳酸菌尿酸的產生。
七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D,如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E,如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F,如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G,熱圖顯示YTHDF1, FZD7,(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I,三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J,胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K,顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。
與HuR的RRM3結合,中斷HuR-β-actinmRNA相互作用,抑制β-actin表達,抑制OPC遷移
為闡明lnc-PMIF如何與HuR相互作用調節β-actin表達和OPC遷移,首先通過生物信息學分析預測了lnc-PMIF的二級結構,并合成生物素化的全長lnc-PMIF(WT)和截短的lnc-PMIF突變體,分別為突變體A1(無5’莖環的正義)、突變體A2(有中心莖環和3’莖環的正義)和突變體A3(*有3’莖環的正義1100-1455bp),轉染MC3T3-E1細胞,并進行標記RNA鏈霉親和素下拉試驗。蛋白免疫印跡分析顯示,HuR存在于轉染WTlnc-PMIF、截短lnc-PMIF突變體A1或截短lnc-PMIF突變體A2的細胞的下拉部分中,但在轉染截短lnc-PMIF突變體A3的細胞的下拉部分中不存在。這些數據表明,lnc-PMIF的中心莖環足以實現lnc-PMIF和HuR之間的相互作用。 大黃酸處理改變腸道菌群組成。
我們觀察到簇1、簇2和簇4的可達性比較高,并逐漸向兩個分枝的頂端遞減。接下來,研究者使用chromVAR計算不同簇中可及性TF序列基序,沿著軌跡推斷確定的兩個分支,可觀察到譜系特異性造血TF基序的可及性的動態變化(如GATA1、TAL1、KLF1、HTF4、ID4、IRF8和TFE2),其中GATA1是紅系細胞、巨核細胞和肥大細胞分化的重要調節因子,且*在scRNA-seq數據集中的MEMP簇中表達;TAL1有兩種不同的結合基序,在胎兒造血過程中,這兩種基序在不同的造血祖細胞中均具有活性;CEBPD和IRF8的活性對髓系和樹突狀細胞的分化至關重要;ID4和HTF4參與淋巴系的建立;這與scRNA-seq數據中的觀察結果一致(圖3F 3H)。上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。沈陽腸道微生物組科研
嘌呤在細胞中執行許多重要的功能。肺動脈高壓科研省自然科學基金
進一步研究發現,膜損傷后形成了兩個不同的囊泡池。較大的囊泡較早從質膜形成, Rab5、EEA1(早期內吞作用)、肌動蛋白、Rab35 呈陽性, LC3 偶爾呈陽性。相比之下,后來形成的囊泡較小且 LC3 呈陽性,**終出現在靠近 Rab5 陽性囊泡的位置。
內化囊泡通過滲透作用在細胞質中收縮,與溶酶體融合GFP-Rab35、RFP-Rab5轉染MCF7,研究胞吞小體的“行動軌跡”。胞吞小體囊泡移動至細胞質,在細胞質中收縮成小囊泡,***與溶酶體融合。
巨胞飲由質膜完整性觸發實驗表明巨胞飲作用在損傷后被***,需要重組,從而保持質膜的完整性。此外,LC3囊泡形成是響應囊泡內化而觸發。
Rubicon定位于胞吞小體的界膜,是LC3積累所必需的 肺動脈高壓科研省自然科學基金
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗