三、放線菌和鏈球菌的不同譜系臨時區分口腔微生物群
tree-based sparse LDA在口腔中識別出了10個分支，共71個asv，沿***軸的時間點分離樣本比較好(圖3B)。asv的兩個比較大的區分組隸屬于放線菌科和鏈球菌科(圖3B)。放線菌ASV 18(放線菌ASV 18)和鏈球菌ASV 28 (Streptococcus ASV 28)的ASV數量**多，且其16S rRNA部分基因序列分別與粘放線菌(放線菌)和鏈球菌(Streptococcus mitis)類群具有較高的序列相似性。另一種鑒別asv分別隸屬于普雷沃菌科(Prevotellaceae)和桿菌科(Bacillales Family XI) (Gemella spp.)。**豐富和**常觀察的ASV是黑色素原性普雷沃氏菌(ASV 42)和血Gemella sanguis (ASV 208)。同意相對豐富家庭動力學,這些演化支共享的模式損耗從HSCT的天或周+ 1起(二期),直到他們的豐度從+ 3月開始恢復(第三階段)(圖3 a、C)大量類似HSCT之前,作為Ruminococcaceae和腸道Lachnospiraceae觀察。另一項PCA分析也支持這些發現(圖3D)。例如，放線菌科、普雷沃氏菌科和桿菌科XI在第I期和第III期的樣本中比第II期的樣本更為豐富(圖3D)。 大黃酸處理沒有改變乳酸菌尿酸的產生。深圳科研
五、SIM2對ar介導的基因表達有***影響
利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對基因表達的影響。沉默SIM2使dht調控的基因數量增加了一倍多，2394個基因受到雄***調控，而只有180個基因受到雄***調控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導致6867個deg，其中2937個deg受到雄***調控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對AR表達的抑制(補充圖S20)。根據RT-qPCR的評估，ARNT沉默實質上再現了SIM2對選定AR靶基因和DEGs的影響(補充圖S21a, b)。對雄***調節基因集的meta分析顯示，通過SIM2沉默，幾種途徑***富集。A_up/ siSIM2_up基因組和A_up/siSIM2_dn基因組中富集的**上面的通路分別是膜運輸和細胞對外界刺激的反應(圖8e）。 江蘇椎間盤退變DDD科研英拜生物提供生物科學內的專業的技術咨詢，技術合作。
PGE2 增強 IL4Rα 信號以增強巨噬細胞的 M2 ***
巨噬細胞能夠響應可變的局部微環境信號從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經典的信號級聯（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細胞還可以整合由細胞外刺激觸發的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動態表達。COX1 和 COX2 是產生前列腺素的兩種關鍵酶。在這里我們發現Ptgs2 (COX2)的表達在第 3 天達到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎水平。一致地，免疫熒光分析顯示 PGE2 在第 3 天升高，并在第 5 天迅速恢復到基礎水平。值得注意的是，PGE2在第 3 天主要與導管樣細胞（CK19 +細胞）共表達，以及部分與巨噬細胞（F4/80 +細胞）共表達。此外，根據我們的 RNA-seq 數據和流式細胞術分析，我們發現巨噬細胞中 COX2 的表達也在第 3 天達到峰值。更有趣的是，與 IL4Rα -巨噬細胞和單核細胞相比，IL4Rα +巨噬細胞表達了更高水平的 COX2。
五、NF-κB調節表達VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細胞，VCAM1的表達和染色質可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(圖5a)。我們的單細胞研究估計PT_VCAM1占總細胞數的2%，近端小管上皮細胞數的6%。我們還證實，在LTL+ PT細胞中，VCAM1+小管細胞占4.19 1.58%，而在腎皮質的UMOD+ TAL細胞中，VCAM1+細胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達，但我們*通過AQP1對腎臟切片進行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(圖5c)。這些數據表明，VCAM1+小管細胞大部分位于皮質內近端小管內。與VCAM1+ PT細胞相比，有少數dTL小管表達VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細胞亞群表達CD24或CD133(圖5d)。 英拜生物提供專業的編輯潤色團隊保證服務到文章接收為止。
一、腦損傷改變了果蠅的大腦蛋白質組，擾亂了NCT蛋白和Nup蛋白水平
為了研究創傷性腦損傷的機制，我們使用了一個具有良好特征的創傷性腦損傷果蠅模型，該模型顯示了強大的表型，如TDP-43同源物(Tbph)、p62、應激顆粒和泛素病理，以識別和研究創傷性腦損傷后大腦蛋白質組的變化(圖1A)。對暴露于重復TBI的三齡果蠅幼蟲大腦中的2000個蛋白質進行了無偏性蛋白質組學分析(w1118)，發現361個蛋白質在創傷損傷后發生了***變化(p 0.05，學生t檢驗)。基于基因本體論(GO)的復雜網絡分析在BiNGO (Cytoscape 3)中對tbi相關腦蛋白質組與非tbi對照進行了關聯分析，確定了不同類別的改變蛋白，其中大多數上調(圖1B和C;圖1圖補充1A-E;補充文件1和3)。TBI后上調的比較高類別是微管細胞骨架、蛋白質折疊和蛋白酶體。此外，我們還鑒定了涉及**白復合體和剪接體的蛋白質。核孔復合體(NPC)和NCT通路的組成部分是tbi后上調的主要蛋白子集(圖1圖補充1F)。 這些數據表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強。野生型科研分子生物學實驗
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中國科學院動物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數據庫。數據庫相關文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發表于Nucleic Acids Research雜志（IF=11.501）。
Aging Atlas 目前的實現包括五個模塊：轉錄組學、單細胞轉錄組學、表觀基因組學、蛋白質組學和藥物基因組學。此外，Aging Atlas Consortium 還手動管理了一系列與衰老相關的人類和小鼠基因(GAAA)。GAAA 部分現在包含數百個人類和小鼠衰老相關基因，分為 10 個“基因集”和相應的 KEGG 通路。基因組具有成熟的老化特征，包括基因組不穩定性、端粒磨損、表觀遺傳改變、蛋白質穩態喪失、線粒體功能障礙、營養感知失調、細胞間通訊改變、細胞衰老和干細胞衰竭。Aging Atlas Consortium 的老年學專家將 GAAA 中的每個基因都歸因于這些基因集。因此，GAAA 提供了 Aging Atlas 的基準部分，以幫助用戶更好地解釋這些與衰老相關的基因的生物學意義。 深圳科研
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗