1）DRD2通過(guò)啟動(dòng)子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進(jìn)行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達(dá)明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動(dòng)子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達(dá)促進(jìn)了BrCa患者的更長(zhǎng)的生存期，這也在HER2陽(yáng)性基因型患者中可見(jiàn)。但這一優(yōu)勢(shì)在LuminalA患者中未見(jiàn)(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細(xì)胞系與永凍的正常乳腺細(xì)胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達(dá)下調(diào)或缺失以及啟動(dòng)子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細(xì)胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(dá)(圖1F)。 英拜提供一年三節(jié)的購(gòu)物卡津貼。腦白質(zhì)損傷WMI科研省自然科學(xué)基金
褪黑素可減輕TBI引起的鐵死亡
為了確定褪黑素是否可以挽救TBI引起的鐵死亡，在相應(yīng)的高峰表達(dá)（例如1天和3天）進(jìn)行了與鐵死亡相關(guān)蛋白的蛋白質(zhì)印跡分析。發(fā)現(xiàn)褪黑素給藥在TBI后1天抑制了TBI誘導(dǎo)的xCT，Cox2，Tfr1，F(xiàn)pn和Nox2蛋白表達(dá)的上調(diào)。同樣，褪黑素***在TBI后3天阻止了Fth，F(xiàn)tl和4HNE蛋白的表達(dá)。用促鐵蛋白抑制劑liproxstatin-1（Lip-1）也獲得了相似的結(jié)果。此外，免疫組化染色顯示，與對(duì)照組相比在TBI后第7天，褪黑素和Lip-1的處理減少了神經(jīng)元中4HNE陽(yáng)性細(xì)胞的數(shù)量，表明褪黑素對(duì)TBI誘導(dǎo)的脂質(zhì)具有神經(jīng)保護(hù)作用過(guò)氧化。褪黑素和Lip-1均抑制TBI誘導(dǎo)的皮質(zhì)GSH水平降低。褪黑素和Lip-1抑制TBI誘導(dǎo)3天后損傷皮層中MDA含量的上調(diào)。這些數(shù)據(jù)表明，TBI導(dǎo)致了與鐵死亡相關(guān)蛋白表達(dá)的時(shí)間變化，以及同側(cè)皮層中某些受推定的鐵死亡生物標(biāo)志物的變化，但是用褪黑素有效地挽救了TBI誘導(dǎo)的鐵死亡。 小鼠腸道科研國(guó)家自然科學(xué)基金巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。
質(zhì)膜塑造并保護(hù)真核細(xì)胞免受周?chē)h(huán)境的影響，對(duì)細(xì)胞生命至關(guān)重要。盡管重新密封受損膜的初始修復(fù)機(jī)制已經(jīng)很好地建立，但關(guān)于細(xì)胞如何在重建受損膜后恢復(fù)體內(nèi)平衡知之甚少。今年7月發(fā)表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細(xì)胞通過(guò)***與巨胞飲作用相關(guān)的蛋白質(zhì)來(lái)響應(yīng)質(zhì)膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細(xì)胞形成源自修復(fù)部位的、LC3B蛋白陽(yáng)性的胞吞小體。此過(guò)程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內(nèi)化的胞吞小體在細(xì)胞質(zhì)中收縮，可能是通過(guò)滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經(jīng)典自噬相結(jié)合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 LC3 相關(guān)巨胞飲作用 (LAM)，其功能是從質(zhì)膜上去除受損物質(zhì)并在損傷時(shí)恢復(fù)膜的完整性。接下來(lái)我們來(lái)看一下具體研究方法及結(jié)果：
中國(guó)科學(xué)院動(dòng)物研究所劉光慧研究組、曲靜研究組和北京基因組研究所（國(guó)家生物信息中心）鮑一明研究組、張維綺研究組合作建立了Aging Atlas數(shù)據(jù)庫(kù)。數(shù)據(jù)庫(kù)相關(guān)文章于2020年10月29日以“Aging Atlas: a multi-omics database for aging biology”為題在線發(fā)表于Nucleic Acids Research雜志（IF=11.501）。
Aging Atlas 目前的實(shí)現(xiàn)包括五個(gè)模塊：轉(zhuǎn)錄組學(xué)、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和藥物基因組學(xué)。此外，Aging Atlas Consortium 還手動(dòng)管理了一系列與衰老相關(guān)的人類和小鼠基因(GAAA)。GAAA 部分現(xiàn)在包含數(shù)百個(gè)人類和小鼠衰老相關(guān)基因，分為 10 個(gè)“基因集”和相應(yīng)的 KEGG 通路。基因組具有成熟的老化特征，包括基因組不穩(wěn)定性、端粒磨損、表觀遺傳改變、蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)喪失、線粒體功能障礙、營(yíng)養(yǎng)感知失調(diào)、細(xì)胞間通訊改變、細(xì)胞衰老和干細(xì)胞衰竭。Aging Atlas Consortium 的老年學(xué)專家將 GAAA 中的每個(gè)基因都?xì)w因于這些基因集。因此，GAAA 提供了 Aging Atlas 的基準(zhǔn)部分，以幫助用戶更好地解釋這些與衰老相關(guān)的基因的生物學(xué)意義。 大黃酸可以改變腸道菌群組成。
2）LINC00926通過(guò)抑制乳腺*細(xì)胞中PGK1的表達(dá)來(lái)抑制增殖、遷移和侵襲
為了研究LINC00926在乳腺*細(xì)胞中的生物學(xué)功能，我們用LINC00926***細(xì)胞，對(duì)其進(jìn)行細(xì)胞生長(zhǎng)、遷移和侵襲分析。細(xì)胞增殖和集落形成實(shí)驗(yàn)顯示，過(guò)表達(dá)LINC00926可降低MDA-MB-231和MCF-7細(xì)胞的增殖(圖2A和2B)。在LINC00926轉(zhuǎn)染的細(xì)胞系中，PGK1的表達(dá)可逆轉(zhuǎn)上述作用。過(guò)表達(dá)LINC00926也顯示出遷移和侵襲能力下降(圖2C和2D)。同樣，PGK1在LINC00926轉(zhuǎn)染的細(xì)胞中重新表達(dá)逆轉(zhuǎn)了這些作用。此外，敲除PGK1還可以抑制LINC00926調(diào)控乳腺*細(xì)胞增殖、遷移和侵襲的能力(圖2E-2H)，表示LINC00926通過(guò)抑制PGK1的表達(dá)來(lái)抑制乳腺*細(xì)胞的增殖、遷移和侵襲。 METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。浙江細(xì)胞凋亡基因芯片科研
FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。腦白質(zhì)損傷WMI科研省自然科學(xué)基金
在整個(gè)細(xì)胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒(méi)有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細(xì)胞基本沒(méi)有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發(fā)現(xiàn)SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數(shù)量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數(shù)量進(jìn)一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細(xì)胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時(shí)為17%)(圖1D)對(duì)2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個(gè)樣本的序列reads使用R軟件包進(jìn)行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個(gè)細(xì)胞群，它們以流量和時(shí)間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過(guò)Signac將scATAC-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因活性指數(shù)，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標(biāo)記基因確定細(xì)胞身份。在13個(gè)簇中，8個(gè)是內(nèi)皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細(xì)胞、dc、T細(xì)胞和未定義(ND)(圖1G)。腦白質(zhì)損傷WMI科研省自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書(shū)奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)