1）DRD2通過啟動子甲基化在轉(zhuǎn)錄上下調(diào)
為了研究新的潛在TSGs，采用BrCa組織和正常組織進行RNA-seq篩選。與正常乳腺組織相比，BrCa組織中DRD2mRNA表達明顯下調(diào)(圖1A)。免疫組化染色發(fā)現(xiàn)，與BrCa組織相比，正常乳腺組織中DRD2蛋白水平也較高(圖1B)。同樣，基于TCGA，在BrCa中也觀察到DRD2mRNA的下調(diào)，并且在BrCa中DRD2啟動子甲基化也更頻繁(圖1C)。根據(jù)Kmplot，DRD2的高表達促進了BrCa患者的更長的生存期，這也在HER2陽性基因型患者中可見。但這一優(yōu)勢在LuminalA患者中未見(圖1D)。根據(jù)RT-PCR和MSP結(jié)果，幾乎所有的BrCa細胞系與永凍的正常乳腺細胞系相比，都可以看到DRD2mRNA表達下調(diào)或缺失以及啟動子甲基化(圖1E)。因此，DRD2的高甲基化頻率可能有助于其下調(diào)BrCa。Aza藥物去甲基化恢復(fù)了兩種沉默的BrCa細胞系MDA-MB231和BT549中DRD2的表達(圖1F)。 上海英拜生物提供可靠可信可參觀的實驗平臺。智力障礙拷貝數(shù)科研
奧沙利鉑耐藥是結(jié)直腸*(CRC)患者***中的一個挑戰(zhàn)。調(diào)節(jié)性T細胞(Treg)以其免疫抑制作用而聞名，靶向Treg是提高化療敏感性的有效途徑。Treg是一種提高化學(xué)敏感性的有效方法。外泌體遞送的miRNA被用作預(yù)測化療敏感性的潛在生物標志物。然而，Treg和外泌體miRNAs之間的關(guān)系仍然很大程度上是未知的。本研究結(jié)果表明，**分泌的miR-208b通過靶向PDCD4促進Treg擴增，這可能與CRC中奧沙利鉑化療敏感性的降低有關(guān)本。這些發(fā)現(xiàn)突出了外泌體miR-208b作為奧沙利鉑***反應(yīng)的預(yù)測生物標志物的潛在作用，并且它們是免疫***的新靶點。本研究于2021年4月發(fā)表于《Molecular Therapy》IF: 8.986期刊上。湖北ampk信號通路芯片科研英拜的員工福利待遇很好。
4.篩選關(guān)鍵模塊（hubmodule）并進行富集分析分析發(fā)現(xiàn)，棕色模塊與CD8+T細胞***相關(guān)（R2=-0.05，P=9e-05），因此選擇棕色模塊為hubmodule進行富集分析。
5.在hubmodule中篩選出關(guān)鍵基因（hubgene）并驗證為了研究與樞紐模塊中CD8+T細胞浸潤相關(guān)的潛在樞紐基因，構(gòu)建了蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）網(wǎng)絡(luò)[臨界標準：reliability>0.7andconnectivity>15(node/edge)]將hubmodule中的基因識別為中心節(jié)點，并通過Cytoscape對其進行可視化;對hubmodule中所有基因進行基于TCGA數(shù)據(jù)的預(yù)后分析，八個基因（CLCN2，ERLIN2，F(xiàn)5，F(xiàn)AM107B，GFM1，HSPB3，METTL8和SYT3）與LSCC患者的預(yù)后相關(guān)，接下來對這8個基因進行差異表達分析，六個基因（GFM1，HSPB3，SYT3，ERLIN2，METTL8和CLCN2）在LSCC組織中顯著差異表達。
4、miR-208b直接靶向和抑制CD4+T細胞中PDCD4的表達
為了進一步探究miR-208b的分子機制，探究了其下游靶基因機制，使用生信預(yù)測了其靶基因，**終挑選到PDCD4（圖5A）。熒光素酶進一步證實了miR-208b和PDCD4之間的結(jié)合（圖5C-D）。研究發(fā)現(xiàn)，T細胞中PDCD4的表達在SW480外泌體處理組***下降，而這個抑制作用在SW480-OXA組更加明顯，PCD表達在miR-208b缺失組則***升高（圖5E）。此外，加入miR-208bmimics后，PDCD4蛋白***降低，而抑制miR-208b后，PDCD4蛋白的表達相對增強,此外，PDCD4在mRNA水平的表達沒有明顯變化（圖5F）。然后，評估了miR-208b對CD4+T細胞擴增的影響。研究表明，轉(zhuǎn)染miR-208bmimics***增強了Treg的擴增，而抑制miR-208b水平則抑制了Treg的擴增（圖5G-H）。這些結(jié)果表明miR-208b直接靶向抑制PDCD4的表達，導(dǎo)致Treg分化。
5、確認PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用
隨后探究了PDCD4在調(diào)節(jié)Treg擴增中的作用。如圖A-C所示，成功構(gòu)建了PDCD4的過表達和干擾表達細胞系。與對照組相比，PDCD4過表達***降低了Treg細胞的擴增率，而干擾其表達則***提高了Treg細胞的擴增率。表明PDCD4是負調(diào)節(jié)Treg細胞擴增的關(guān)鍵基因。 大黃酸處理沒有改變?nèi)樗峋蛩岬漠a(chǎn)生。
APCmRNA上的METTL3依賴性m6A上調(diào)抑制APC表達為了確定METTL3依賴的m6A調(diào)控對APC表達的影響，構(gòu)建了一個熒光素酶報告基因，熒光素酶分析顯示，METTL3缺失**增加了WTAPC的熒光素酶活性，而突變的APC提高了熒光素酶活性并使該活性抵抗METTL3缺失的調(diào)節(jié)。相反，METTL3過表達抑制了WT-APC的熒光素酶活性，但沒有突變的APC。這些結(jié)果表明METTL3介導(dǎo)的m6A水平的APCmRNA上調(diào)抑制了APC的表達。與這一發(fā)現(xiàn)一致，METTL3缺失增加了APCmRNA和蛋白質(zhì)表達（，并且這些增加被KYSE450細胞中rMETTL3的重組表達所消除。此外，METTL3的過表達降低了KYSE450細胞中APC的表達，四環(huán)素劑量依賴性增加的METTL3表達水平與APC水平呈負相關(guān)。相反，METTL3非活性突變體與WT對應(yīng)物不同，未能調(diào)節(jié)APC表達。值得注意的是，ESCC細胞中的METTL14缺失消除了METTL3的過度表達降低了APC的表達。這些結(jié)果表明，在ESCC細胞中，METTL3與METTL14共同介導(dǎo)的APCmRNAm6A上調(diào)抑制了APCmRNA和蛋白的表達。結(jié)腸炎也會導(dǎo)致促炎細胞因子或趨化因子的增加。湖北克羅恩病科研
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然后利用SCENIC通過分化軌跡識別出HSPCs和成熟血細胞中162個調(diào)節(jié)子，其中HLF和HOXA9是HSCs/MPPs中的主要調(diào)節(jié)子，且HSC/MPPs簇在轉(zhuǎn)錄上為高度未成熟的細胞群(圖2D)。鑒定了一個增殖的MEMPs- cycle群體，92%的MEMPs處于G2M/S期，而65%的MEMPs處于G2M/S期(圖2E)。此外，研究者對HSCs/MPPs- cycle和HSCs/MPPs進行DE分析，結(jié)果顯示HSCs/MPPs- cycle增加了糖酵解相關(guān)基因的表達，除了HSCs/MPPS-Cycle簇中存在轉(zhuǎn)錄啟動外，HSCs/MPPs和HSCs/MPPs-Cycle之間沒有其它轉(zhuǎn)錄差異。智力障礙拷貝數(shù)科研
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