HA-Rab7T22N是一個不定位于晚期核內體的顯性陰性突變體(補充圖3f)，它的表達也阻止了內源性INPP4B的募集(圖3e)，表明活性的gtp結合的Rab7是INPP4B亞細胞定位到晚期核內體所必需的。 GFP-INPP4B***提高了細胞內PI(3)P水平(1.8倍)(圖3f)，PI(3,4)P2也存在于早期和晚期核內體。表達INPP4B shrna的MCF-7細胞顯示出更明顯的細胞內PI(3,4)P2斑點，表明INPP4B缺失抑制PI(3,4)P2在核內體上的降解，導致其積累(圖3g)。GFP-INPP4B沒有改變PI(3) p陽性早期核內體的比例，但***增加了PI(3) p陽性晚期核內體的比例(1.7倍)(圖3h, i)。發現乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。克羅恩病科研省自然科學基金
二、改進標簽轉移和差異分析
研究了方法差異對下游生物學分析的影響
A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.
C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產生了更多具有高標記轉移評分的細胞.
D所有方法產生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型. 血清科研實驗可參觀大黃酸能緩解D。SS誘導的小鼠慢性結腸炎。
蛋白質生物標志物
MarkerDB中142個蛋白質生物標志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質生物標記物數據都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻中提取的，結構數據從蛋白質數據庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質標記都有一個或多個疾病關聯，以及MarkerDB ID、序列、結構、詳細的蛋白質描述、蛋白質名稱/同義詞、蛋白質理化數據、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻參考和其他在線數據庫的外部超鏈接。
三、SMARCA4調節AR靶基因的表達，參與細胞外基質組織和細胞粘附
使用RNA-seq研究了SMARCA4缺失對有DHT和沒有DHT的VCaP細胞基因表達的全基因組影響。后一組中，雄***(A)下調的基因占大多數(~70%)，而在前一組中，雄***(A)下調和上調的基因數量增加大致相等(圖4a) 。與具有DHT的siCTRL相比，siSMARCA4有931個差異表達基因(DEGs)，其中363個基因雄******調控(圖4b, c）。對差異雄***調節基因集進行metasscape分析。耗盡SMARCA4可增加雄***應答基因的表達，例如，分支結構的形態發生和參與分化的細胞形態發生，而耗盡SMARCA4可抑制嘌呤代謝和細胞對藥物的反應中富集的基因的表達(圖4d)。上述結果表明smarca4介導的染色質可及性變化促進了它們的表達。 乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發揮關鍵作用。
1）Pex誘導肝纖維化微環境，促進PDAC肝轉移
從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉移中的作用，我們首先進行了“教育”程序，并進一步通過脾內注射建立了PDAC肝轉移模型(圖1D)。在“教育”過程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F)。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉積。肝轉移模型顯示，與Npex組相比，Pex組肝轉移更多，肝質量更高(圖1J)。這些數據表明，Pex可以通過重構肝臟ECM來誘導肝纖維化微環境，促進PDAC肝轉移。 我們在人類胰腺*細胞系中過表達或敲除METTL14。上海腸道肌肉科研
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2）USP35敲除促進肺*細胞的鐵死亡
我們研究了shUSP35介導的**抑制是否可歸因于細胞死亡的誘導。如圖2A，B所示，用Nec-1，Z-VAD和CQ***以抑制壞死、凋亡和自噬并不影響細胞凋亡，表明可能涉及其他形式的細胞死亡。鐵死亡是一種新的調節性細胞死亡，它與包括肺*在內的**生長的發病機制有關。因此，我們使用兩種鐵死亡抑制劑，Fer-1和Lip-1，探索了鐵死亡是否導致USP35沉默后的肺細胞死亡。如圖2A，B所示，鐵死亡抑制阻斷了H460和H1299細胞中shUSP35介導的細胞死亡。在shUSP35***的細胞中，集落形成被抑制，但被Fer-1和Lip1破壞(圖2C)。 克羅恩病科研省自然科學基金
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗