單核細(xì)胞科研省自然科學(xué)基金

2021年6月，在Oncogene雜志上發(fā)表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報(bào)道通過運(yùn)用了一種強(qiáng)大的染色質(zhì)導(dǎo)向蛋白質(zhì)組學(xué)方法，稱為ChIP-SICAP，揭示去勢(shì)抗性前列腺*(CRPC)細(xì)胞中內(nèi)源性AR周圍染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò)(染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò))的組成。在CRPC細(xì)胞雄***信號(hào)通路的背景下，進(jìn)一步研究了與AR相關(guān)蛋白作用的染色質(zhì)重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq和功能實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)，揭示SMARCA4和AR在染色質(zhì)上***共存，SMARCA4缺失影響了一組AR靶基因的染色質(zhì)可及性和表達(dá)，也抑制了CRPC細(xì)胞的生長(zhǎng)，驗(yàn)證了SMARCA4在CRPC細(xì)胞中的功能。雖然SIM2的沉默同樣降低了染色質(zhì)的可及性，但它影響了更多的雄***調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。在雞胚絨膜尿囊膜實(shí)驗(yàn)中，SIM2沉默也降低了CRPC細(xì)胞的增殖和**的大小。總之，此研究鑒定的AR染色體是研究這一重要藥物靶點(diǎn)的重要資源。英拜的高通量測(cè)序服務(wù)質(zhì)量。單核細(xì)胞科研省自然科學(xué)基金

三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉(zhuǎn)錄本

對(duì)YTHDF1基因敲除MGC-803細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞進(jìn)行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管生成、細(xì)胞遷移、粘附和細(xì)胞生長(zhǎng)等方面富集;而定位于負(fù)調(diào)控**進(jìn)展的基因表達(dá)上調(diào)(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個(gè)結(jié)合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個(gè)基因，表明它們高度參與了**相關(guān)途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結(jié)合基因與YTHDF1未結(jié)合基因在轉(zhuǎn)錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結(jié)果一致，即YTHDF1主要調(diào)控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調(diào)控的m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。2365個(gè)轉(zhuǎn)錄本檢測(cè)到m6A修飾，主要發(fā)生在mrna中(98%;圖3 e;補(bǔ)充表S7)，優(yōu)先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測(cè)序結(jié)果一致，m6A峰在30UTR區(qū)域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(cè)(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集分析，發(fā)現(xiàn)Wnt和Hippo信號(hào)通路受到了***影響(圖3H）。假設(shè)YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(zhǎng)(圖3I)。 先天性免疫系統(tǒng)科研省自然科學(xué)基金英拜生物是國(guó)內(nèi)承接各類高通量測(cè)序科研項(xiàng)目以及一站式的測(cè)序文章發(fā)表服務(wù)的公司之一。

此外，流式細(xì)胞儀分析證實(shí)，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細(xì)胞顯著減少，這與免疫熒光數(shù)據(jù)一致。在總 CD11b +單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞中，成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細(xì)胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時(shí)胰腺巨噬細(xì)胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細(xì)胞表達(dá)更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細(xì)胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導(dǎo)致組織損傷。上述結(jié)果表明，ADM期胰腺巨噬細(xì)胞的耗竭（以M2樣表型為主），將觸發(fā)炎性單核細(xì)胞再次流入胰腺，從而在第7天造成組織損傷。

隸屬于隸屬于梭狀芽孢桿菌目丁酸生成菌在移植后早期的腸道中枯竭,而變形菌門和乳酸菌門(如腸球菌)豐度增加,可能由于缺乏丁酸時(shí)腸腔內(nèi)的氧氣水平增加和***素耐藥性所致。然而，到目前為止，HSCT患者的微生物群動(dòng)態(tài)主要在HSCT后的***個(gè)月進(jìn)行詳細(xì)監(jiān)測(cè)，而不是長(zhǎng)期監(jiān)測(cè)。因此，目前尚不清楚微生物群是否以及何時(shí)恢復(fù)到造血干細(xì)胞移植前類似微生物群落結(jié)構(gòu)。條件誘導(dǎo)的腸上皮通透性可促進(jìn)細(xì)菌易位和菌血癥，被認(rèn)為是急性移植物抗宿主病(aGvHD)發(fā)病機(jī)制的第一步。急性GvHD是同種異體造血干細(xì)胞移植的常見副作用，同種異體供體T細(xì)胞對(duì)宿主體內(nèi)健康組織(包括腸道上皮)表現(xiàn)出細(xì)胞毒性活性。根據(jù)受影響***的程度，急性GvHD的嚴(yán)重程度可分為四個(gè)等級(jí):0級(jí)I表現(xiàn)為無或輕度，II級(jí)IV表現(xiàn)為中度至重度aGvHD。**近，研究表明較低的腸道微生物群多樣性與aGvHD和aGvHD死亡率相關(guān)，并且某些細(xì)菌類群在HSCT后可能參與促進(jìn)aGvHD。然而，在HSCT之前的微生物群組成是否在預(yù)測(cè)可能的aGvHD嚴(yán)重程度方面具有預(yù)測(cè)價(jià)值尚未被檢驗(yàn)，本研究對(duì)此進(jìn)行了探討。大黃酸能緩解D。SS誘導(dǎo)的小鼠慢性結(jié)腸炎。

HoxBlinc在造血中的轉(zhuǎn)基因表達(dá)導(dǎo)致小鼠的AML樣致死疾病

已有研究表明，小鼠造血干細(xì)胞(HSCs)中人源化NPM1c+敲入等位基因(NPM1c/+)的***會(huì)導(dǎo)致Hox基因過度表達(dá)、增強(qiáng)self-real和骨髓增生擴(kuò)大，以及遲發(fā)性AML的發(fā)展。由于NPM1c+***HOXBLINC，而HOXBLINC對(duì)NPM1c+介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄程序和白血病發(fā)生至關(guān)重要，因此確定HOXBLINC的***是否足以導(dǎo)致異常造血和類似于NPM1c/+小鼠的髓系惡性**非常重要。HoxBlinc在長(zhǎng)期(LT)和短期(ST)造血干細(xì)胞中表達(dá)高，在祖細(xì)胞(MPP,CMP和GMP)中表達(dá)降低，除了B220+B細(xì)胞，在成熟細(xì)胞系中進(jìn)一步降低（圖2a）。HoxBlinc在造血中的表達(dá)模式提示該lncRNA可能在調(diào)控HSPC功能中發(fā)揮重要作用。為了研究HoxBlinc活化對(duì)體內(nèi)正常造血和白血病發(fā)生的影響，構(gòu)建了HoxBlinc轉(zhuǎn)基因(Tg)小鼠模型，在Vav1啟動(dòng)子和增強(qiáng)子(HS321/45-vav載體)的控制下，將全長(zhǎng)小鼠HoxBlinccDNA插入小鼠基因組，以確保轉(zhuǎn)基因在造血系統(tǒng)中的特異性表達(dá)(圖2b)。獲得2只HoxBlincTg小鼠。將該轉(zhuǎn)基因插入到Tg第1系18q染色體上Bin1基因的內(nèi)含子中(圖2c)。BM細(xì)胞中HoxBlincRNA的表達(dá)水平分別是TgLine#1和#2內(nèi)源性HoxBlinc表達(dá)水平的18倍和3倍(圖2d)。 上海英拜生物設(shè)有專業(yè)的武漢技術(shù)中心。小分子非編碼RNA 科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

總體生存率低與m6A水平增高***相關(guān)。單核細(xì)胞科研省自然科學(xué)基金

4）LINC00926通過增強(qiáng)STUB1介導(dǎo)的泛素-蛋白酶體途徑調(diào)節(jié)PGK1蛋白的穩(wěn)定性

亞細(xì)胞定位結(jié)果顯示，LINC00926主要定位于細(xì)胞質(zhì)，F(xiàn)ISH實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)了這一點(diǎn)(圖4A和4B)。結(jié)合LINC00926沒有改變PGK1mRNA水平的事實(shí)，我們推測(cè)LINC00926在轉(zhuǎn)錄后水平下調(diào)了PGK1的表達(dá)。事實(shí)上，蛋白酶體抑制劑MG132的加入阻斷了LINC00926過表達(dá)介導(dǎo)的PGK1降解，這表明泛素-蛋白酶體途徑參與了LINC00926對(duì)PGK1蛋白穩(wěn)定性的調(diào)節(jié)(圖4C)。LINC00926過表達(dá)增加PGK1泛素化(圖4D)。下調(diào)LINC00926基因后，PGK1蛋白水平升高，泛素化水平降低(圖4E)。為了尋找負(fù)責(zé)LINC00926調(diào)控PGK1蛋白穩(wěn)定性的E3泛素連接酶STUB1，我們接下來通過RNA下拉實(shí)驗(yàn)確定了LINC00926在乳腺*細(xì)胞中的蛋白伴侶。質(zhì)譜分析結(jié)果顯示了特異性差異表達(dá)譜帶。 單核細(xì)胞科研省自然科學(xué)基金

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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

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