驗證LIR基序突變影響自噬
在HEK293T細胞中進行co-IP，結果表明STBD1LIR基序W203C是影響基因互作的重要結構。進一步研究發(fā)現(xiàn)，STBD中W203C突變影響其與GABARAPL1的結合，進而影響自噬指標的表達。
5. 在臨床樣本中檢測STBD1的表達
在*組織、*旁中檢測STBD1的表達水平，結果表明STBD1在*組織中***下調(diào)，與之前的預測結果一致。
6.細胞實驗研究STBD1的功能
在多種*細胞中進行細胞功能實驗，STBD1抑制*細胞生長，突變W203C會部分回復STBD1的抑制作用。
7.動物實驗驗證STBD1的功能
裸鼠成瘤實驗表明，STBD1抑制**生長。
8.轉錄組、代謝組分析
在細胞中干擾STBD1，然后進行轉錄組測序，分析表達水平***改變的基因，并進行通路富集分析。分析發(fā)現(xiàn)，STBD1抑制**生長可能是通過改變基因轉錄和重塑糖酵解/糖異生途徑。
為了進一步驗證STBD1是否重塑代謝，進行代謝組分析。結果表明，STBD1敲除后糖酵解增強。
9.構建LIRCP調(diào)節(jié)網(wǎng)絡
將LAMs對應蛋白、自噬相關基因按照生物學功能聚類，構建調(diào)節(jié)網(wǎng)絡，將自噬與**聯(lián)系起來。 FMT處理導致緊密連接蛋白表達上調(diào)并促進SCI后的腸道屏障完整性的維持。山西標書服務價格
人類乳腺*患者中LINC00926和PGK1表達的相關性及LINC00926與葡萄糖攝取的相關性我們通過IHC和FISH檢測109例人乳腺*樣本中PGK1和LINC00926的表達情況。與培養(yǎng)細胞中LINC00926***PGK1的結果一致，LINC00926的表達與PGK1的表達呈負相關，與FOXO3A呈正相關(圖8A)。通過18FDGPET掃描評估葡萄糖攝取增加的乳腺**患者顯示LINC00926和FOXO3A表達降低，而PGK1表達增加(圖8B)。綜上所述，這些數(shù)據(jù)表明了LINC00926/PGK1軸在乳腺*中的重要病理作用。
我們的研究***證實了LINC00926通過***糖酵解關鍵酶PGK1的表達來***糖酵解，從而在體內(nèi)外***乳腺*細胞的增殖、侵襲和轉移。在乳腺*患者中，F(xiàn)OXO3A調(diào)控的LINC00926與PGK1表達呈負相關。這些發(fā)現(xiàn)概述了FOXO3A/LINC00926/PGK1軸在Warburg效應和乳腺**發(fā)生進展中的重要性。因此，上調(diào)LINC00926可能是***PGK1過表達的乳腺*患者的一種有前途的方法 山西標書服務價格circSDHC是一個很有前景的RCC患者潛在的預后生物標志物和***靶點。
研究了方法差異對下游生物學分析的影響A.B.去除中性粒細胞**提高了在細胞核和細胞的均勻流形近似和投影(UMAP)投影中分離各種細胞類型的能力.C使用這些工具，中性粒細胞的去除提高了標記轉移評分，與核基方法相比，滲透性細胞產(chǎn)生了更多具有高標記轉移評分的細胞.D所有方法產(chǎn)生的CD16+單核細胞均少于流式細胞術觀察到的CD16+單核細胞，這表明無論是使用核或通透細胞的scATAC-seq過程中，CD16+單核細胞可能丟失，或者標簽轉移方法不利于識別這種細胞類型.
2、白樺素下調(diào)SREBP靶基因，降低細胞脂質水平
由于SREBP-2是其自身的直接靶標，因此白樺素將其表達下調(diào)40％（圖3A）。與SREBP-2是膽固醇生物合成的主要轉錄因子這一觀點一致，膽固醇合成途徑中的10個被測基因，例如HMGCR，HMG-CoA合酶（HMGCS）和角鯊烯環(huán)氧酶（SE），都被白樺素處理抑制了（圖3A）。類似地，與脂肪酸和甘油三酸酯合成有關的所有9個基因，例如SREBP-1c，脂肪酸合酶（FAS）和乙酰輔酶A羧化酶α（ACC），都被白樺素顯著下調(diào)（圖3B）。與早期觀察結果一致（圖1A），包括ABCG5和ABCG8在內(nèi)的LXR靶基因不受白樺素的影響（圖3C）。 circSDHC在ccRCC中過表達且其過表達與低存活率相關.
接著作者為了進一步證明YTHDC2與LUAD的關系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到YTHDC2 mRNA和蛋白的***下調(diào)(圖1E-G)，組織芯片檢測(TMA)評估cohort #1中YTHDC2的表達，結果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達下調(diào)(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達下調(diào)與更大的**直徑和更晚期的分期相關(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進LUAD的**進展。
2.過表達YTHDC2抑制細胞活力和**發(fā)生
為了探索YTHDC2在體內(nèi)的m6A解讀器功能，作者構建AAV5表達系統(tǒng)(KPYWT、KPYΔYTH和對照KPE)(圖2A)。與KPE小鼠***25周后的**相比，KPYWT和KPYΔYTH小鼠的**證實了YTHDC2持續(xù)上調(diào)(圖2B)，這表明AAV5表達系統(tǒng)具有持久的效率。雖然YTHDC2不能阻止**的發(fā)生，但**發(fā)生時間延遲，**負荷明顯受到抑制，KPYWT小鼠的生存時間比KPE小鼠和KPYΔYTH小鼠更長(圖2C-F)。 采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。安徽標書免費設計
第4周測定FITC標記的葡聚糖(4kd)和血液中FITC水平。山西標書服務價格
作者進一步研究YTHDC2是否是存在人類LUAD細胞中的一種**抑制因子。IB檢測證實了YTHDC2的過表達和敲除效率(圖2G和S2A)。然而在H1299細胞中過表達YTHDC2WT后，**3D球體的數(shù)量和大小以及異種移植瘤的生長下降，但在過表達YTHDC2ΔYTH時沒有觀察到這些現(xiàn)象(圖2 H-K)。相比之下，敲除H1975細胞中的YTHDC2增加了小鼠的球體形成和異種移植瘤的生長(圖S2B-E)。值得注意的是，當使用YTHDC2sg2?resistant (res)重組YTHDC2表達時，YTHDC2sg2在**發(fā)生中的陽性作用得到了恢復(圖S2B-E)。因此，YTHDC2通過其m6A閱讀域在LUAD中發(fā)揮**抑制功能。山西標書服務價格
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