1）LINC00926被篩選為PGK1負(fù)調(diào)控的lncRNA，與乳腺*臨床結(jié)果相關(guān)
為了探索負(fù)調(diào)控PGK1的lncRNAs，我們根據(jù)圖1A所示的篩選策略對(duì)乳腺*的三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行了分析。我們鑒定了3個(gè)lncRNA，LINC00926，LINC01089和LINC00324與PGK1呈負(fù)相關(guān)，且表現(xiàn)出良好的臨床結(jié)果(圖1B-1D)。為了研究鑒定出的lncRNAs是否下調(diào)了PGK1的表達(dá)，我們分別用這三個(gè)lncRNAs分別轉(zhuǎn)染了乳腺*細(xì)胞。我們的結(jié)果表明，在mRNA水平不變的情況下，只有LINC00926導(dǎo)致MCF-7和MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1蛋白水平***下降(圖1E)，表明LINC00926下調(diào)了乳腺*細(xì)胞中PGK1的表達(dá)。此外，與非**組相比，13/14(92.9%)例乳腺*患者的LINC00926表達(dá)降低，12/14(85.7%)例乳腺*患者的PGK1表達(dá)上調(diào)。 在786-O和A498細(xì)胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實(shí)了這一關(guān)系.甘肅標(biāo)書省自然科學(xué)基金
雄***和雄***受體(AR)是******轉(zhuǎn)錄因子(TF)，是驅(qū)動(dòng)前列腺*(PCa)發(fā)***展的關(guān)鍵因素。因此AR是晚期PCa******的主要分子靶點(diǎn)。雄***剝奪療法，特別是第二代抗雄***和雄***合成抑制劑**初是有效的。然而，由于患者仍然可以從晚期PCa進(jìn)展到致命性去勢(shì)抗性前列腺*(CRPC)，需要新的***靶點(diǎn)和生物標(biāo)志物。靶蛋白的一個(gè)來源可能是ar相關(guān)的染色質(zhì)蛋白。大多數(shù)目前已知的核受體(NR)相互作用蛋白，包括那些AR，已經(jīng)通過遺傳篩選，如雙雜交系統(tǒng)，免疫共沉淀和基于肽段的體外方法。盡管親和純化-質(zhì)譜耦合(MS)已經(jīng)啟發(fā)了NRs的輔助調(diào)節(jié)器，但它很少在**NRs自然環(huán)境的條件下進(jìn)行。然而，通過利用RIME(內(nèi)源性蛋白快速免疫沉淀MS)，Paltoglou等人和Stelloo等人已經(jīng)從PCa細(xì)胞交聯(lián)染色質(zhì)中鑒定了幾種內(nèi)源性AR相關(guān)蛋白。內(nèi)蒙古標(biāo)書細(xì)胞實(shí)驗(yàn)SCI小鼠的握力在損傷后逐漸持續(xù)恢復(fù)。
這些研究導(dǎo)致了大量的流動(dòng)敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學(xué)和***中的作用已經(jīng)被詳細(xì)描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過減少代表性亞硫酸氫鹽測(cè)序(RRBS)方法進(jìn)行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點(diǎn)。
雖然這些使用大量RNA和DNA樣本的轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組甲基組研究清楚地確定了d-流和s-流對(duì)體內(nèi)ECs的差異影響，但這些研究的解釋有一些局限性。雖然我們的大塊RNA和DNA制劑中富含來自腔內(nèi)沖洗的ec，但不可避免的是它們包含了一些存在于內(nèi)膜中的其他細(xì)胞類型，尤其是PCL手術(shù)后的lca。例如，我們觀察到早在PCL后12小時(shí)，LCA樣本中與免疫細(xì)胞和間充質(zhì)細(xì)胞相關(guān)的許多基因的表達(dá)增加;然而，我們不能確定這些改變是由于非內(nèi)皮細(xì)胞浸潤(rùn)內(nèi)膜所致，還是由于內(nèi)皮細(xì)胞的d-流所致。
四、HSCT前通過腸道微生物組成預(yù)測(cè)急性GvHD 嚴(yán)重性
基于機(jī)器學(xué)習(xí)，hsct前腸道微生物群組成預(yù)測(cè)aGvHD嚴(yán)重程度。
A.在0級(jí)aGvHD患者中，12個(gè)**豐富的家族隨著時(shí)間的推移在腸道中的相對(duì)豐度。
B.svmLinear模型識(shí)別出的前20個(gè)預(yù)測(cè)腸道ASV的重要性圖，其重要性得分表明，如果將各自的ASV排除在模型之外，預(yù)測(cè)精度會(huì)平均下降。**終的交叉驗(yàn)證svmLinear模型從腸ASVspreHSCT的豐度中預(yù)測(cè)了aGvHD(0IvsIIIV)，準(zhǔn)確率為86%(95%CI:65-97%)。通過Boruta特征選擇確認(rèn)的asv用星號(hào)表示。
C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數(shù)回歸識(shí)別為有意義的分裂節(jié)點(diǎn)用于aGvHD預(yù)測(cè)。沿分枝的數(shù)目表明變異的分裂值穩(wěn)定了細(xì)菌豐度。終端節(jié)點(diǎn)顯示來自aGvHD分級(jí)為0I級(jí)和IIIV級(jí)患者的樣本比例(n=樣本數(shù)量)。
D.箱形圖描述了在0級(jí)aGvHD患者和II級(jí)IV級(jí)患者移植前各時(shí)間點(diǎn)預(yù)測(cè)ASVs的log轉(zhuǎn)化相對(duì)豐度。在aGvHD0級(jí)I和II級(jí)IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識(shí)別，包括asv3和asv128，它們可以預(yù)測(cè)aGvHD(粗體線). circNDUFB2未***改變IGF2BPs的mRNA水平。
缺氧主要通過FOXO3A轉(zhuǎn)錄***LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)由于缺氧是**的一個(gè)關(guān)鍵現(xiàn)象，我們確定了LINC00926/PGK1軸是否在缺氧下糖酵解的調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。缺氧刺激了PGK1在mRNA和蛋白水平上的表達(dá)，并降低了LINC00926的表達(dá)(圖5A)。為了確定缺氧如何***乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)，我們研究了缺氧后對(duì)LINC00926啟動(dòng)子的***。對(duì)不同的LINC00926啟動(dòng)子缺失報(bào)告基因的分析顯示，啟動(dòng)子區(qū)域在300-200bp之間包含一個(gè)缺氧***元件(圖5B)。該區(qū)域假定的FOXO3A結(jié)合位點(diǎn)的突變會(huì)導(dǎo)致***的喪失。在常氧或缺氧條件下，F(xiàn)OXO3A影響LINC00926和PGK1的表達(dá)，說明FOXO3A是LINC00926調(diào)控的特異性轉(zhuǎn)錄因子(圖5C和5D)。ChIP分析表明，在常氧條件下，F(xiàn)OXO3A被募集到LINC00926啟動(dòng)子內(nèi)包含F(xiàn)OXO3A結(jié)合位點(diǎn)的區(qū)域，但沒有被募集到LINC00926啟動(dòng)子上游的區(qū)域，在缺氧條件下募集減少(圖5E)。FOXO3A提高了LINC00926水平，降低了PGK1水平，而且重要的是，在正常或缺氧條件下，下調(diào)LINC00926均嚴(yán)重?fù)p害了FOXO3A調(diào)節(jié)LINC00926和PGK1表達(dá)的能力(圖5F)。此外，敲除LINC00926還**削弱了缺氧對(duì)PGK1上調(diào)的影響。這些數(shù)據(jù)表明，缺氧主要通過FOXO3A轉(zhuǎn)錄***LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)。NSCLC中circNDUFB2下調(diào).西藏標(biāo)書售后服務(wù)
FMT可能通過***NF -κB信號(hào)通路來緩解腸道炎癥。甘肅標(biāo)書省自然科學(xué)基金
6）FOXO3A通過調(diào)控乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)抑制增殖、遷移和侵襲，抑制糖酵解
我們研究了FOXO3A是否通過LINC00926調(diào)節(jié)這些效應(yīng)。細(xì)胞增殖和集落形成分析顯示FOXO3A過表達(dá)抑制了乳腺*細(xì)胞的生長(zhǎng)，而LINC00926敲低則促進(jìn)了細(xì)胞的生長(zhǎng)(圖6A和6B)。重要的是，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控細(xì)胞增殖的能力，表明FOXO3A主要通過表達(dá)LINC00926來降低乳腺*細(xì)胞的增殖。接下來，我們通過LINC00926檢測(cè)FOXO3A是否抑制細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解。如預(yù)期，F(xiàn)OXO3A減少了乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲(圖6C和6D)。敲除LINC00926**削弱了FOXO3A抑制細(xì)胞遷移和侵襲的能力。FOXO3A過表達(dá)抑制葡萄糖攝取、乳酸生成和ATP生成，降低ECAR和增加OCR。然而，敲除LINC00926極大地減弱了FOXO3A調(diào)節(jié)細(xì)胞遷移、侵襲和糖酵解的能力(圖6C-6G)。綜上所述，F(xiàn)OXO3A抑制乳腺*細(xì)胞的遷移和侵襲，以及糖酵解主要依賴于LINC00926。 甘肅標(biāo)書省自然科學(xué)基金
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)