六、多組學方法分析表征近端小管細胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉變過程中染色質可及性的變化。VCAM1和TPM1轉錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區域染色質可及性增加相關(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉錄降低(圖6c)與染色質可及性降低相關(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉錄因子的活性，我們發現了可能調節近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質區域，該區域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調控VCAM1表達提供了實驗證據。 英拜提供生物醫學課題外包服務。上海課題歡迎咨詢
人類人臍帶來源的間充質干細胞（hUC-MSCs）移植被證實是***系統性紅斑狼瘡（SLE）的有效方法，但是詳細的潛在機制仍不明確。轉運miRNAs可能是MSCs交流其它細胞的方法。Sirt1是一種NAD依賴的去乙酰化酶，通過去乙酰化p53來防止細胞衰老。本研究旨在探討在MRL/lpr狼瘡小鼠模型中，hUC-MSCs是否通過miRNA調節Sirt1/p53來影響脾CD4+ T細胞的衰老。本文于2021年1月發表在《Theranostics》IF：8.597期刊上。
1、hUC-MSCs減輕緩解MRL/lpr小鼠的疾病進展
為了評估對MRL/lpr小鼠狼瘡綜合征的***作用，從17周齡開始用5×105hUC-MSCs或PBS***MRL/lpr小鼠，并在21周齡時處死所有小鼠(圖1A)。與PBS處理的小鼠相比，hUC-MSC處理的小鼠的腎臟病變明顯減少(圖1B)。此外，與PBS處理的MRL/lpr小鼠相比，hUC-MSCs處理后小鼠的脾臟重量和蛋白尿明顯降低(圖1C-D)。hUC-MSCs***組的血清anti-dsDNA抗體水平較低，但未達到統計學水平(圖1E)。數據表明hUC-MSCs改善MRL/lpr小鼠的狼瘡疾病。 江西課題省自然科學基金動物建模模型實驗的整體服務。
3）FTO是SsD的直接靶點
基于基因芯片數據，SsD介導的白血病發生抑制主要是由于m6A通路，我們假設SsD可能調節白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發生中起作用。為了驗證SsD與FTO的直接結合，我們首先基于已發表的FTO晶體結構進行分子對接分析。SsD的比較好結合位點表現出與底物結合位點互補的特殊形狀，占據了整個結合口袋(圖3A-B)。4個氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發揮了關鍵作用。在NB4和Kas-1AML細胞中，SsD與FTO蛋白的結合導致了明顯的熱轉移，表明對熱降解有保護作用(圖3D)。
circNDUFB2觸發NSCLC細胞的免疫防御反應
為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉錄組分析。結果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調，191個基因被下調。基因本體生物學過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導。基因集富集分析（GSEA）也表明目標基因的信號傳導途徑參與了免疫反應。確認了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結果表明，過量表達circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導致免疫基因上調。 酶聯免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細胞培養上清液中這些細胞因子的水平。這些結果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發免疫應答。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質相互作用來調節基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據表明m6A修飾與**增殖、分化、**發生、侵襲和轉移相關，并在**發展中發揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質編碼基因調控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉移等生物過程。***我們來講一篇關于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫科大學實驗團隊發表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。陜西課題地區科學基金
解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。上海課題歡迎咨詢
2、白樺素下調SREBP靶基因，降低細胞脂質水平
由于SREBP-2是其自身的直接靶標，因此白樺素將其表達下調40％（圖3A）。與SREBP-2是膽固醇生物合成的主要轉錄因子這一觀點一致，膽固醇合成途徑中的10個被測基因，例如HMGCR，HMG-CoA合酶（HMGCS）和角鯊烯環氧酶（SE），都被白樺素處理抑制了（圖3A）。類似地，與脂肪酸和甘油三酸酯合成有關的所有9個基因，例如SREBP-1c，脂肪酸合酶（FAS）和乙酰輔酶A羧化酶α（ACC），都被白樺素顯著下調（圖3B）。與早期觀察結果一致（圖1A），包括ABCG5和ABCG8在內的LXR靶基因不受白樺素的影響（圖3C）。 上海課題歡迎咨詢
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗