接下來，在低氧條件下，在HCCLM3和Hep3B細胞中敲低CFL1的表達（圖5A）。結果表明，CFL1敲除***逆轉了缺氧誘導的HCCLM3細胞增殖、細胞遷移和侵襲以及EMT（圖5A-D）。綜上所述，這些結果表明CFL1表達受HIF-1α的轉錄調控，介導缺氧誘導的HCC進展。
6、CFL1通過抑制泛素介導的PLD1降解來維持PLD1的表達為了進一步探索CFL1在HCC中致*作用的下游機制，利用KEGG數據庫篩選了受CFL1影響的通路。其中CFL1的高表達與細胞膜中細胞粘附分子和蛋白的定位密切相關（圖6A）。然后，基于蛋白質相互作用數據庫預測了CFL1和PLD1之間的潛在相互作用（圖6B）。CFL1敲低降低了HCCLM3細胞中PLD1的蛋白水平，而CFL1過表達增強了Hep3B細胞中PLD1蛋白表達（圖6C）。co-IP實驗表明，CFL1與PLD1相互作用，敲低CFL1可促進肝*細胞中PLD1的泛素化(圖6D-E)。用放線菌酮(CHX，2μg/mL)阻斷肝*細胞蛋白質合成。繪制蛋白降解曲線，表明CFL1敲低時PLD1蛋白降解更快（圖6F）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132(25μM)處理可阻斷CFL1敲低誘導的HCC細胞中PLD1降解（圖6F）。因此，這些結果表明CFL1抑制肝*細胞中泛素介導的PLD1蛋白水解。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。醫學科研課題贈送提供技術路線
5、血漿外泌體S100A4和OPN水平聯合可以作為HCC患者術后的強力預后因子
在168例接受肝切除術的HCC患者中，進一步研究了血漿外泌體S100A4和OPN水平的臨床意義。結果發現外泌體S100A4水平和OPN的表達***正相關，并且外泌體S100A4低表達組患者的總體生存率和無疾病生存率要***高于外泌體S100A4高表達組（圖6b-d）。隨后，基于外泌體S100A4水平和OPN水平的聯合分析，將患者分為4組，結果發現雙低水平S100A4和OPN組具有比較好的預后，而雙高組則預后**差（圖6e-f）。 cancer課題贈送提供技術路線***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。
TRIM25是介導IGF2BP泛素化的E3連接酶
為了進一步鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶，RNA pulldown質譜結果中在156種潛在的相互作用蛋白中發現了兩種E3連接酶TRIM25和HECTD3。 使用WB分析， TRIM25與circNDUFB2特異性相關。 RIP分析進一步證實了circNDUFB2與TRIM25的關聯。RNA FISH免疫熒光分析表明circNDUFB2與TRIM25在細胞質***定位。進行Co-IP結果顯示TRIM25與所有三個IGF2BP結合。免疫熒光分析表明TRIM25與所有三個IGF2BP蛋白共定位在細胞質中。IGF2BPs的mRNA水平不受TRIM25的影響，但是在TRIM25敲低時，IGF2BPs的蛋白水平顯著增加，而在TRIM25的過表達中，IGF2BPs的蛋白水平分別降低。在TRIM25過表達的A549細胞中，IGF2BP的泛素化水平顯著增加。這些結果表明，TRIM25是E3泛素連接酶，可與IGF2BP蛋白相互作用，并通過泛素-蛋白酶體途徑降解NSCLC細胞。
一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數據集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數據集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區分。scATAC-seq和scRNA-seq數據的單個UMAP圖顯示了各自的小區集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配。
METTL3降低APC表達，促進β-catenin介導的下游基因表達、有氧糖酵解、ESCC細胞增殖和**發展
APC功能的喪失使β-連環蛋白穩定，從而誘導下游基因（CCND1和MYC）的表達。CCND1促進細胞周期，c-Myc增強有氧糖酵解。正如預期的那樣，METTL3缺失增強了KYSE180細胞中APC的表達，降低了β-連環蛋白、細胞CCND1、c-Myc和PKM2的表達。此外，METTL3缺失降低了葡萄糖攝取、乳酸產生、細胞增殖和細胞集落數。值得注意的是，這種METTL3缺失引起基因表達（圖6a）、糖酵解（圖6b，c）、細胞增殖（補充圖6f）和集落形成的抑制在很大程度上被這些細胞中的APC缺失所消除。相反，METTL3過度表達引起葡萄糖消耗和乳酸產生的增加，這被YTHDF2消耗所消除。這些結果表明METTL3降低APC表達，促進β-catenin介導的下游基因表達、有氧糖酵解和ESCC細胞增殖。
為了確定METTL3誘導的APC表達下調在小鼠**生長中的作用，將KYSE180細胞皮下注射到裸鼠體內。發現通過APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復。IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達，相應地減少了**組織中β-連環蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達。這些結果表明METTL3抑制APC的表達可以促進**的發展。 促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。推薦課題免費設計
zVAD預處理也略微增加了IR后PTEN-398A細胞中未解決的DNA損傷灶的數量。醫學科研課題贈送提供技術路線
三、染色質可及性與細胞類型特異性轉錄因子活性和染色質相互作用網絡有關
HNF4A編碼驅動近端小管分化的關鍵轉錄因子。chromVAR檢測到近端小管DAR中HNF4A結合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質可及性增強(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數據集中HNF4A轉錄增強(圖3b，基因表達)所支持的。我們通過染色質免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗證了HNF4A與腎近端小管上皮細胞(RPTEC，補充圖8a)中選定的靶基因位點(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預測的HNF4A結合位點的結合。 然而，在RPTEC中可檢測到HNF4A的表達水平低于腎皮質，這表明HNF4A與該細胞類型中的這些位點具有強大的相互作用(補充圖8b)。 醫學科研課題贈送提供技術路線
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗