DNA生物標志物
DNA生物標記物是MarkerDB中比較大的一類標記物。MarkerDB中的DNA生物標記進一步分為26021個與209種疾病相關的DNA突變標記、353個與70種疾病相關的SNP標記和23個與16種傳染病相關的微生物/病毒基因。DNA突變數據（和臨床批準的突變試驗）來自GeneticTestingRegistry，序列數據從GenBank中提取，DNASNP生物標記物的主要來源是數據庫GWAS-ROCS，疾病信息從OMIM或GeneticsHomeReference中提取，關于微生物/病毒生物標記基因的剩余數據通過原始文獻或專利檢索獲得。目前，MarkerDB中的所有DNA標記都有一個或多個疾病關聯，以及MarkerDBID、序列（標記了疾病變體）、詳細的基因描述（編碼區范圍內）、基因名稱/同義詞、一個或多個文獻參考和到其他在線數據庫的外部超鏈接. IGF-1信號在Pex誘導的肝纖維化中起重要作用。推廣課題歡迎咨詢
為了進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應，我們使用抗體陣列評估了表達PTEN-wt或PTEN-398a的MCF10A細胞裂解液的應激反應和凋亡通路的活性。Pten+/+和Pten398A/398AMEF培養，表達Pten-wt的MCF10A細胞與表達Pten-398A的MCF10A細胞在正常培養條件下的生長速率均無差異(圖3A和補充圖5C)。對細胞進行不同的基因毒性脅迫處理:IR、順鉑和柔紅霉素。在所有條件下，Pten398A/398AMEFs和PTEN-398A表達的MCF10A細胞對基因毒性脅迫的抗性均高于野生型PTEN的細胞(圖3BD和SupplementaryFig.5D,E)。通過流式細胞儀AnnexinV染色判斷(圖3E)。通過使用caspase-3抗體對Pten+/+、MMTVneu和Pten398A/398A、MMTVneu**進行免疫組化染色，證實了這些觀察結果。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。確實，MMTVneu**的caspase-3陽性細胞比相應的Pten+/+少;綜上所述，這些結果表明，PTEN不能被ATM磷酸化的細胞對基因毒性應激誘導的細胞凋亡具有抗性。臨床醫學課題分子生物學實驗TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。
腸道菌群與結直腸*(CRC)之間的關聯已被***研究。然而，用于多個人群的早期診斷標記仍然難以捉摸。本研究對1056例糞便樣本進行了綜合分析，以確定與CRC相關的微生物作為早期檢測CRC的標志物。
對來自4項研究的16srRNA測序進行分析，評估隨著CRC進展（無疾病-腺瘤-結直腸*）腸道微生物的變化，并鑒定出針對腺瘤的為微生物標志物。
2.構建腺瘤微生物模型
除了使用差異ASV作為關鍵指標，模型構建中還包括α多樣性指數（Shannon指數，Simpson指數和ObservedASV）以及三個患者臨床指標（年齡，性別和體重指數（BMI））。**終構建了包括八個差異性ASV（作為生物標記物）以及年齡，性別和BMI為**的模型，可區分對照對象與腺瘤患者（準確度：0.73，敏感性：0.82，特異性：0.62，精度：0.73，F1得分：0.77）。其中，用ASV區分腺瘤和**的RF模型達到了0.89的AUC（精度：0.80，靈敏度：0.66，特異性：0.90，精度：0.83和F1得分：0.72）。
3.TYRO3通過抑制鐵死亡和**TME，誘導抗PD-1/PD-L1耐藥性。.
為探究TYRO3在TME中的功能，首先評估了TYRO3-OE4T1和4T1-P**之間免疫學特征的整體變化。免疫細胞譜分析發現在CD45-**細胞中，Tyro3過表達與PD-L1或caspase-3無關，Tyro3-OE**中M1樣巨噬細胞水平降低，M1/M2比值下降，提示**表達的Tyro3促進M1～M2巨噬細胞極化。用TYRO3-OEBT549細胞或TYRO3-OE和TYRO3–/–4T1**細胞的條件培養基孵育THP1單核細胞或骨髓源性巨噬細胞，進一步驗證TYRO3的體外***功能。RNA-Seq發現VEGF在耐藥細胞系4T1-R和Tyro3-OE中表達上調，TYRO3-OEBT549細胞的條件培養基CM***降低M1標記物的表達，增加M2標記物的表達，加入VEGFR抑制劑完全消除TYRO3對巨噬細胞極化的影響。這些結果表明TYRO3通過上調VEGF降低M1/M2比值，從而促進原瘤TME。 我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響。
2、MAO-A直接調節TAM極化并影響TAM相關的T細胞抗**活性
為了確定MAO-A是否直接調節免疫細胞，進行一個骨髓（BM）轉移實驗，從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細胞被連續轉移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中，然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細胞接種（圖2a）。在本實驗中，MAO-A缺乏的比較***于免疫細胞。結果顯示免疫細胞中MAO-A缺陷導致**生長抑制（圖2b-c），改變TAM極化（圖2d-f），增強**浸潤CD8+T細胞***，表明MAO-A直接調節免疫細胞抗**活性，特別是TAM極化和T細胞抗**反應。 提供生物醫學領域內的課題思路設計。服務課題技術指導
根客戶的研究方向查閱相關文獻。推廣課題歡迎咨詢
四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性
為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細胞亞群中表達(圖4c)。在snATAC-seq數據集的umap圖上進行TAL的亞聚類，劃分三個亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點圖顯示每個TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點的直徑對應于檢測到的基因活性的細胞比例，斑點的密度對應于相對于所有細胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來識別區分厚升肢細胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對這些DAR進行轉錄因子motif富集(圖4g)。 推廣課題歡迎咨詢
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗