一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現(xiàn)，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(nèi)(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數(shù)據(jù)不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發(fā)人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(圖1c)。INPP4B表達降低與三陰性乳腺*相關，而***增加的INPP4B表達在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數(shù)據(jù)集，我們發(fā)現(xiàn)只有1%的乳腺*表現(xiàn)出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達與PTEN或AKT1突變無關，但與pik3a突變狀態(tài)正相關(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發(fā)現(xiàn)，INPP4B高表達與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(圖1f)。 FMT可能通過***IL-1β/ NF-κB信號通路來緩解神經(jīng)炎癥。內(nèi)分泌標書推薦咨詢
UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結果。這些結果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進一步驗證這一調(diào)控關系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達腺病毒的方法建立AKI過表達UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1激動劑CL316243在AKI動物模型中誘導UCP1過表達，也觀察到了相同的結果(圖3F-H)。因此，所有證據(jù)表明，隨著UCP1表達的增加，AKI模型中的脂質(zhì)含量降低。代謝標書技術指導采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。
此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區(qū)域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結合所需的區(qū)域。結果發(fā)現(xiàn)，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區(qū)域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預測ELNAT1在610-680 nt區(qū)域的莖環(huán)結構可能被hnRNPA1識別（Figure 4 I），而當這一區(qū)域缺失時，hnRNPA1減弱對ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關重要。
TRIM25的RNA結合活性對于其對底物的泛素連接酶活性是必需的。構建了一個帶有FLAG標記RNA結合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結果表明，TRIM25通過泛素-蛋白酶體途徑促進NSCLC細胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結合活性對其在底物泛素化中的作用至關重要。
已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circNDUFB2的存在。 circNDUFB2的丟失顯示了TRIM25對IGF2BPs泛素化和降解的顯著減弱作用。進一步驗證實驗數(shù)據(jù)并檢查circNDUFB2是否充當支架來增強TRIM25與IGF2BP的結合，進行了Co-IP分析。在帶有circNDUFB2但沒有circNDUFB2-MUT過表達的A549細胞中，TRIM25和IGF2BP之間的關聯(lián)得到增強。由于circNDUFB2對RNA核酸外切酶的抗性，使用RNase A***會嚴重破壞相互作用。此外，在METTL3 / 14敲低后，IGF2BP的泛素化作用顯著降低。結果表明，circNDUFB2充當支架，以增強TRIM25和IGF2BPs之間的相互作用，隨后促進TRIM25介導的IGF2BPs泛素化和降解。 大部分circSDHC定位于細胞質(zhì).
TFAP2B也有類似的模式，它調(diào)節(jié)遠端腎單位的發(fā)育30。TFAP2B轉錄因子活性在粗升肢和遠端曲小管中增加(圖3b,motif活性)，TFAP2B染色質(zhì)可及性增加(圖3b，基因活性)，TFAP2B轉錄增加(圖3b，基因表達)。我們對遠曲小管(DCT)、連接小管(CNT)和主細胞(PC)進行了偽時間排序，這些細胞在snRNA和snATAC數(shù)據(jù)集中都形成了一組不同的轉錄相關細胞類型。在HNF4A中，觀察到近曲小管中有一個CCAN，在啟動子、基因體和遠端區(qū)域的差異開放區(qū)域(圖3c，紅框)之間有多個連接(紅色或藍色弧線)(圖3c)。circSDHC來源于第1染色體上的SDHC基因.cancer標書贈送提供技術路線
circNDUFB2敲低促進這些表型。內(nèi)分泌標書推薦咨詢
使用SmartSeq2協(xié)議對15個胎兒的單個細胞進行scRNA-seq處理（圖1 a）。
基于差異表達(DE)分析和按標準化表達***性排序的前20個標記基因。紅細胞(表達HBG1、HBA1、GYPA和ALAS2)、mk(表達FLI1、ITGA2B和GP9)、單核細胞祖細胞和單核細胞(表達CD14、MPEG1和CD33)、CD4+單核細胞、肥大細胞(表達CD63、GATA2和HDC)、漿細胞樣樹突狀細胞(pDCs;表達IL3RA,IRF8,MPEG1和JCHAIN)和另一簇高循環(huán)pDCs(表達pDC和增殖標記物;例如，MKI67)和粒細胞1、2和3(表達AZU1、MPO和PRTN3)(圖1B)單細胞分析顯示，在所有免疫表型定義的干細胞和祖細胞群體中存在***的轉錄異質(zhì)性，一些表型祖細胞群體(如造血干細胞、MPPs、cmp、gmp、MEPs和CLPs)由超過10個不同的轉錄定義群體組成（圖1c）.注釋了23個不同群體（圖1 d）. 內(nèi)分泌標書推薦咨詢
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