與CD44v6敲低實驗的結果相似，敲低Pex中的C1QBP在很大程度上抑制了α-SMA表達(圖6H)。過表達C1QBP并沒有上調α-SMA的表達(圖6I)。同時過表達CD44v6和C1QBP***增加了α-SMA的表達(圖6I)。與我們的體外研究一致，敲除Pex中的CD44v6或C1QBP逆轉了Pex誘導的HSC***、肝臟剛度增加和肝臟ECM重塑的作用(圖6J-L)。脾內注射肝轉移模型(圖6M)顯示，與Pex組相比，注射了CD44v6-kd或C1QBP-kd的Pex組小鼠的肝轉移減少。這些結果表明，Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用。FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。西藏科研推薦咨詢
此外，為進一步驗證ELNAT1與hnRNPA1相互作用區域，使用ELNAT1不同序列缺失進行RNA-pull down分析，以評估ELNAT1和hnRNPA1結合所需的區域。結果發現，ELNAT1序列中600-750 nt位置是其與hnRNPA1交互作用區域（Figure 4 G, H）。并通過POSTAR2預測ELNAT1在610-680 nt區域的莖環結構可能被hnRNPA1識別（Figure 4 I），而當這一區域缺失時，hnRNPA1減弱對ELNAT1的富集（Figure 4 J）。因此，這表明這些特定的序列（610-680 nt）對ELNAT1 hnRNPA1的相互作用至關重要。
再生胰腺中胰腺巨噬細胞的動態轉錄組譜
為了進一步了解AP恢復過程中巨噬細胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細胞用于RNA-seq分析。顯著性差異表達基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網絡工具DAVIDGeneOntology(GO)進行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1特征簇）高度表達的基因特別富集炎癥反應和CCR2依賴性趨化性。簇25和27包含在ADM階段（第3天）高表達的基因，具有不同的表達模式和功能，表明該階段的巨噬細胞異質性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關的基因在簇27中富集，而與細胞周期相關的基因在簇25中富集。
ReducedRepresentationBisulfiteSequencing(RRBS)是-種準確、高效、經濟的DNA甲基化研究方法,通過酶切富集啟動子及CpG島區域,并進行Bisulfite測序,同時實現DNA甲基化狀態檢測的高分辨率和測序數據的高利用率。DNA甲基化研究一直是疾病研究的熱點,與基因表達、表型性狀息息相關。RRBS作為-種高性價比的甲基化研究方法,在大規模臨床樣本的研究中具有***的應用前景。技術優勢精確度高:在其覆蓋范圍內可達到單堿基分辨率;重復性好:多樣本的覆蓋區域重復性可達到85%-95%,適用于多樣本間的差異分析;檢測范圍廣:覆蓋全基因組范圍內超過5百萬個CpG位點;性價比高:測序區域更有針對性,數據利用率更高。研究結果充分證明"了RRBS技術的可靠性。RRBS可作為--種更高效經濟的研究方法,可應用于檢測全基因組啟動子和CpG島區域DNA甲基化狀態。巨噬細胞表型協調急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復再生。
接受樣品類型a)組織樣品(需提供2100mg組織。必須保存在RNAlater或類似RNA保護溶液中);b)體外培養細胞(需提供≥10^6個細胞。必須保存在RNAlater或類似RNA保護溶液中);c)全血(需提供22ml全血);d)總RNA(需提供25ugtotalRNA)。所有類型樣品必須用冰袋寄至公司。冰塊應足量,以確保樣品寄至公司時,冰塊未完全融化。服務內容與價格樣品類型服務內容價格(人民幣:元)組織樣品,體外培養細胞,全血RNA制備,基因表達定量詢價totalRNA基因表達定量詢價提交數據服務報告提交下列數據:實時熒光PCR擴增曲線;熔解曲線;基因表達定量結果分析。乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發揮關鍵作用。貴州科研國家自然科學基金
促進胰腺*的生長和轉移。西藏科研推薦咨詢
三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調控的轉錄本
對YTHDF1基因敲除MGC-803細胞和對照細胞進行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導致轉錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調的基因在血管生成、細胞遷移、粘附和細胞生長等方面富集;而定位于負調控**進展的基因表達上調(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個結合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個基因，表明它們高度參與了**相關途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結合基因與YTHDF1未結合基因在轉錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結果一致，即YTHDF1主要調控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調控的m6A修飾的轉錄本。2365個轉錄本檢測到m6A修飾，主要發生在mrna中(98%;圖3 e;補充表S7)，優先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測序結果一致，m6A峰在30UTR區域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉錄本進行富集分析，發現Wnt和Hippo信號通路受到了***影響(圖3H）。假設YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(圖3I)。 西藏科研推薦咨詢
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗