一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應的基因轉(zhuǎn)錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個數(shù)據(jù)集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 代謝變化被認為是腸病**重要的特征之一。常規(guī)科研服務兩年
一、YTHDF1在胃*中的過表達
通過評估YTHDF1突變的分布，我們發(fā)現(xiàn)65%的突變是基因擴增，這通常會導致基因產(chǎn)物的過表達(圖1A).通過對TCGA數(shù)據(jù)集進行分析，發(fā)現(xiàn)YTHDF1在胃*患者中的表達確實明顯高于正常組織(圖1B)。YTHDF1的高表達與胃*進展(圖1C)和較差的總生存期(圖1D)相關。對正常胃組織和胃*標本進行免疫組化分析，證實**組織中YTHDF1蛋白表達上調(diào)(圖1F)。此外，YTHDF1在胃*患者中的異常高表達與更嚴重的臨床病理特征(如神經(jīng)周圍侵犯、侵襲性**分期(III/IV期vs.I/II期)、靜脈侵犯等***相關(圖1G）。KaplanMeier生存分析也顯示，YTHDF1高表達的胃*患者4年總生存期較差。綜上所述，YTHDF1在胃*發(fā)生中具有潛在的致瘤作用。 江西科研創(chuàng)新服務英拜生物是國內(nèi)承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發(fā)表服務的公司之一。
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標，對于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機制至關重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標準方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內(nèi)的因果關系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個基于Web的自適應時間序列多組學管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡，解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡的方法的關鍵需求。
6）Pex衍生的CD44v6和C1QBP的高表達預示著PDAC患者的肝轉(zhuǎn)移和低生存率
采用免疫組化和westernblot檢測肝轉(zhuǎn)移灶周圍肝組織和正常肝組織的纖維化ECM微環(huán)境。與體內(nèi)實驗一致，纖維連接蛋白、I型膠原和α-SMA水平***升高，而玻連蛋白和固生蛋白C水平下調(diào)(圖7A，B)。接下來，我們研究了外泌體衍生CD44v6和C1QBP在PDAC患者中的預后價值。外泌體CD44v6和C1QBP在PDAC組織中的表達明顯高于正常胰腺組織(圖7C)。此外，有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者(圖7C)。免疫電鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC組織來源的EVs***表達(圖7D)。Pex中CD44v6和C1QBP高表達的患者比其他患者更容易發(fā)生肝轉(zhuǎn)移(圖7E)。 外泌體miR-934誘導巨噬細胞M2極化促進CRC肝轉(zhuǎn)移。
RIG-I對circNDUFB2誘導的免疫反應至關重要
RIG-I樣受體（RLR）家族可識別病毒RNA 會通過產(chǎn)生IFN和促炎性細胞因子來觸發(fā)針對病毒***的先天免疫反應。已經(jīng)報道外源circRNA有效刺激由RIG-1介導的免疫信號傳導。從qRT-PCR分析獲得的數(shù)據(jù)表明，RIG-1敲低消除了circNDUFB2過表達誘導的免疫反應，RIG-1被circNDUFB2上調(diào)。為了研究circNDUFB2和RIG-I之間的關聯(lián)，進行RIP分析和RNA FISH免疫熒光實驗。 結(jié)果表明circNDUFB2與RIG-1結(jié)合，并且它們共定位在細胞質(zhì)中。 circNDUFB2過表達后， circNDUFB2顯著上調(diào)了RIG-1，IRF7，IFNβ和TNF的蛋白水平，而circNDUFB2則不影響P65和IRF3的蛋白水平。 大黃酸導致嘌呤代謝正常化和腸道尿酸水平的降低。江蘇科研贈送提供技術(shù)路線
這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以改善DSS誘導的結(jié)腸炎。常規(guī)科研服務兩年
TRIM25的RNA結(jié)合活性對于其對底物的泛素連接酶活性是必需的。構(gòu)建了一個帶有FLAG標記RNA結(jié)合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結(jié)果表明，TRIM25通過泛素-蛋白酶體途徑促進NSCLC細胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結(jié)合活性對其在底物泛素化中的作用至關重要。
已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circNDUFB2的存在。 circNDUFB2的丟失顯示了TRIM25對IGF2BPs泛素化和降解的顯著減弱作用。進一步驗證實驗數(shù)據(jù)并檢查circNDUFB2是否充當支架來增強TRIM25與IGF2BP的結(jié)合，進行了Co-IP分析。在帶有circNDUFB2但沒有circNDUFB2-MUT過表達的A549細胞中，TRIM25和IGF2BP之間的關聯(lián)得到增強。由于circNDUFB2對RNA核酸外切酶的抗性，使用RNase A***會嚴重破壞相互作用。此外，在METTL3 / 14敲低后，IGF2BP的泛素化作用顯著降低。結(jié)果表明，circNDUFB2充當支架，以增強TRIM25和IGF2BPs之間的相互作用，隨后促進TRIM25介導的IGF2BPs泛素化和降解。 常規(guī)科研服務兩年
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1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗