如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細胞流量和炎癥標志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調節(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調節(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進行比較(圖5A-5D)。這些結果表明，d-flow***了致***的內皮反應，同時通過改變轉錄和染色質可及性水平上的基因表達來抑制抗***通路。
三、體內血流依賴TF結合基序的鑒定
使用Signac和ChromVar軟件包通過我們的scATAC-seq數據集來識別流敏感的TF結合基序(圖6)。在每個內皮聚類(E1- E8)中識別出前20個TF結合基序，并繪制成熱圖(圖6A)。圖6B和6C顯示了TF結合基序和它們被發現的各自的細胞簇。 英拜提供生命科學內的一體化服務。深圳眼缺血綜合癥科研
此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達的患者的生存結局明顯較差(圖7F)。循環外泌體的隨訪數據也顯示了一致的結果。PDAC患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于健康對照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉移的患者中循環外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環外泌體***表達(圖7H)。高循環外泌體表達CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發生肝轉移 (圖7I)。然而，高表達循環外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)。總之，我們的研究結果證實了CD44v6和C1QBP在組織源性EV和循環外泌體中的表達可以預測PDAC患者的預后和肝轉移。
結論：我們揭示了原代PDAC細胞和HSCs之間通過PDAC來源的外泌體進行遠距離的細胞通信。此外，Pex通過促進肝纖維化微環境的形成來指示肝特異性轉移。更重要的是，我們發現外泌體CD44v6/C1QBP復合物傳遞到HSC的質膜上誘導IGF-1信號通路的***。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預測PDAC患者預后的有前途的生物標志物，也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。 豐度科研地區科學基金英拜的實驗室坐落在上海漕河涇園區浦江園區。
TransCirc數據庫整合了各種與翻譯相關的證據，檢索的結果能直觀的呈現翻譯產物的相關證據信息。數據共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質譜證據（MS）的circRNA有168個，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據4284個circRNA，潛在翻譯產物序列分析（SeqComp）的301100個circRNA。有IRES預測結果的314138個circRNA，有m6A修飾位點信息的39397個circRNA，有翻譯起始位點信息（TIS）的9394個circRNA，有ORF信息的305016個circRNA。
然而，SsD***降低了MerTK和BCL-2轉錄本的穩定性，這隨后導致了它們的翻譯降低(圖7F和7G)。基因特異性m6A qPCR證實MerTK、BCL-2和STAT3的RNA或蛋白水平的變化是由m6A介導的mRNA穩定性引起的。為了在體內檢測這些效應，我們將Kas-1尼洛替尼耐藥細胞移植給裸鼠。細胞接種后，為了保持耐藥表型，我們繼續每周兩次腹腔注射尼洛替尼，直到**體積接近100mm3。然后，隨機分組給予次優劑量的SsD (圖7H)。SsD本身略微減緩了耐藥**的生長(圖7I和7J)。在機制上，我們觀察到mRNA m6A甲基化的總體增加(圖7K)。
結論：我們的研究揭示了FTO/m6A修飾信號之間之前未被認識到的聯系，并闡明了SsD在AML中的功能。該研究可能為靶向FTO/m6A的表轉錄組提供一個有前途的策略，并突出柴胡皂甙***白血病的臨床潛力。 上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。
二、染色質的可及性明確了細胞的類型
我們使用R包Signac來研究不同細胞類型間染色質可及性的差異。細胞類型可以根據差異開放區域（DARs）是開放的還是封閉的來區分(Fig.2a）。約20%(平均比例=0.2030.04)的DAR與各自細胞類型中的差異表達基因密切相關(補充表4)。例如，LRP2是一個表達在近端小管的譜系特異性基因，該區域的覆蓋圖顯示其啟動子和基因體內ATAC峰的數量和幅度增加(圖2a)。事實上，大部分DAR都位于距離**近的轉錄起始位點3kb內的啟動子區域(圖2b，補充圖7)。第二個**常見的位置是內含子，DAR在不同細胞類型中的分布相對保守(圖2c)。 上海英拜生物有經驗豐富的科研團隊。XIAP科研實驗外包
評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子（METTL3、METTL14和WTAP）的表達。深圳眼缺血綜合癥科研
乳腺*細胞外泌體增加TPH-1細胞中miR-138-5p的表達但抑制KDM6B的表達，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉染miR-138-5pmimic的乳腺*細胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達miR-138-5p的乳腺*細胞外泌體增加了miR-138-5p水平，抑制了THP-1細胞中KDM6B的表達（圖3I-J）。總之，這些結果表明，*細胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細胞中，并抑制KDM6B。
4、外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達調節巨噬細胞極化
隨后，作者研究了在不同培養條件下TPH-1的表達譜。首先，和**細胞共培養抑制了M1相關基因的表達，IL-6，TNF-α，和IL-1β，但是增加了M2相關基因的表達CD163，Arg-1，IL-10,TGF-β和VEGFA。過表達KDM6B部分抑制了上述表現改變（圖4A-B）。流式檢測顯示乳腺*細胞和TPH-1的共培養增加了CD163陽性細胞數比例，但是過表達KDM6N可以抑制這種效果（圖6C）。類似的，過表達KDM6B抑制了miR-138-5p誘導的M2極化（圖4D-F）。 深圳眼缺血綜合癥科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗