七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。 2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法。上海出生缺陷拷貝數科研
為了進一步研究MAO-A是否作為巨噬細胞自主因子直接調控TAM極化從而影響抗**免疫，進行了巨噬細胞過繼轉移**實驗。從Maoa WT和KO小鼠中獲取BM細胞，然后培養成骨髓源性巨噬細胞(bone marrow macrophages, BMDMs)。然后將這些Maoa WT或KO BMDMs與B16-OVA黑色素瘤細胞混合，皮下注射到BoyJ WT受體小鼠中建立實體**（圖2g）。在本實驗中，MAO-A缺乏的比較***于TAM細胞。在接受Maoa KO BMDMs小鼠中觀察到**生長抑制（圖2h-i），TAM免疫抑制markers下調（圖2j），免疫刺激markers上調（圖2k-l），以及增強**浸潤CD8+T細胞***（圖2m）。綜上所述，這些體內研究表明MAO-A作為一種直接調節TAM極化的自主因子，從而影響T細胞抗**反應性和影響**生長。
TRIM25是介導IGF2BP泛素化的E3連接酶
為了進一步鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶，RNA pulldown質譜結果中在156種潛在的相互作用蛋白中發現了兩種E3連接酶TRIM25和HECTD3。 使用WB分析， TRIM25與circNDUFB2特異性相關。 RIP分析進一步證實了circNDUFB2與TRIM25的關聯。RNA FISH免疫熒光分析表明circNDUFB2與TRIM25在細胞質***定位。進行Co-IP結果顯示TRIM25與所有三個IGF2BP結合。免疫熒光分析表明TRIM25與所有三個IGF2BP蛋白共定位在細胞質中。IGF2BPs的mRNA水平不受TRIM25的影響，但是在TRIM25敲低時，IGF2BPs的蛋白水平顯著增加，而在TRIM25的過表達中，IGF2BPs的蛋白水平分別降低。在TRIM25過表達的A549細胞中，IGF2BP的泛素化水平顯著增加。這些結果表明，TRIM25是E3泛素連接酶，可與IGF2BP蛋白相互作用，并通過泛素-蛋白酶體途徑降解NSCLC細胞。
采用LEfSe方法分析經DHEA和tempol處理后***改變的關鍵系統發育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+PBS組，而Muribaculaceae和Alloprevotella屬富集于DHEA+PBS和DHEA+tempol組(圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結構。通過分析細菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個類群的優勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、Patescibacteria、軟毛桿菌門(Tenericutes)和Verrucomicrobia的豐度，減少了psilonbacteraeota和變形菌門(Proteobacteria)的數量。然而，在tempol干預下，放線菌門、Patescibacteria門、變形菌門和Tenericutes門的變化減弱了(圖5D)。在屬水平上，Lachnospiraceae_NK4A136_group和Multibaculaceae為優勢屬(圖5E)。DHEA***提高了thaauera、葡萄球菌、Ideonella、棒狀桿菌和瘤胃球菌_2的豐度，降低了瘤胃球菌_1的豐度。這些變化被tempol處理抵消了(圖5F)。**近科研技術的開發。
8.過表達Caspase-11加重MCD誘導的小鼠肝脂肪變性
由于缺乏Caspase-11減弱MCD誘導的肝脂肪變性，我們檢測肝臟中Caspase-11過表達對MCD誘導的肝脂肪變性的影響。我們在Alb-Cre小鼠肝細胞中過表達Caspase-11(圖8A)。正常情況下，對照組和過表達Caspase11的小鼠肝臟組織學形態正常。MCD處理導致對照和過表達Caspase11的小鼠肝臟出現明顯的脂質積聚(空泡)。此外，過表達caspase-11的小鼠肝臟中的空泡比對照小鼠肝臟中的大且多(圖8B)。相應的，與MCD處理的對照組相比，過表達Caspase-11的小鼠脂肪變性評分(圖8C)和膨脹評分(圖8D)***升高。 英拜有一支高精尖的團隊。北京通用細胞因子科研
大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。上海出生缺陷拷貝數科研
在Jurkat和小鼠T細胞中檢測到多個肽上特異性磷酸化位點的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標RB和RBL 1/2 (Fig. 3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細胞蛋白組學中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig. 3B，3G），表明CDK4/6i介導的記憶形成是由RB介導。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達上調(Fig. 3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉錄對CDK4/6i的響應，包括SELL，其被CDK4/6i誘導的轉錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig. 3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級小鼠CD8+T細胞的Tcm形成(Fig. 3J)。上海出生缺陷拷貝數科研
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗