我們鑒定出了幾個(gè)可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個(gè)E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進(jìn)一步證實(shí)，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強(qiáng)了STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數(shù)據(jù)表明，STUB1在LINC00926調(diào)控PGK1泛素化過程中起著關(guān)鍵作用。與LINC00926對STUB1介導(dǎo)的PGK1泛素化的影響一致，LINC00926增加了STUB1和PGK1之間的相互作用(圖4K)。而敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1降解的影響(圖4L)。細(xì)菌可能是導(dǎo)致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。丁酸水平科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
線粒體功能的喪失產(chǎn)生了無法耐受的活性氧（ROS）水平，足以促進(jìn)衰竭狀態(tài)，部分原因是通過磷酸酶抑制和隨后活化T細(xì)胞核因子的活性。減少T細(xì)胞固有的ROS和降低**缺氧限制了T細(xì)胞衰竭，與免疫療法協(xié)同作用。因此，免疫信號(hào)和代謝信號(hào)之間存在內(nèi)在聯(lián)系：通過減輕代謝壓力，可以改變T細(xì)胞分化，從而促進(jìn)更多的功能性細(xì)胞命運(yùn)。背景：T細(xì)胞分化是一個(gè)復(fù)雜的過程，它整合了來自環(huán)境的大量信號(hào)，參與轉(zhuǎn)錄機(jī)制，并進(jìn)行表觀遺傳改變來支持新的功能程序。對于CD8+ T細(xì)胞，這導(dǎo)致獲得不同的命運(yùn):短命的細(xì)胞毒性效應(yīng)程序和長壽命的自我更新記憶程序。沈陽新陳代謝科研2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。
2021年5月，***一篇發(fā)表在cancer research（IF=12.7000）的文章（YTHDF1 Promotes Gastric Carcinogenesis by Controlling Translation of FZD7）。此研究分析了cBioPortal (cBio cancer Genomics Portal)630例原發(fā)性胃腺*數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)YTHDF1（m6A讀取蛋白）的突變主要是基因擴(kuò)增，導(dǎo)致其過表達(dá)。YTHDF1的高表達(dá)與更具侵襲性的**進(jìn)展和較差的總生存期相關(guān)。抑制YTHDF1在體內(nèi)外均可抑制胃*細(xì)胞增殖和**發(fā)生。在機(jī)制上，YTHDF1以m6依賴的方式促進(jìn)了Wnt關(guān)鍵受體frizzled7 (FZD7)的翻譯，突變的YTHDF1增強(qiáng)了FZD7的表達(dá)，導(dǎo)致Wnt/b-catenin通路的過度***，促進(jìn)了胃*的發(fā)生。我們的研究結(jié)果表明，YTHDF1及其m6a介導(dǎo)的Wnt/b-catenin信號(hào)通路在胃*中的致*作用，為靶向此類表觀遺傳調(diào)控因子提供了一種新的方法
3、外泌體S100A4是HCC細(xì)胞轉(zhuǎn)移潛力的關(guān)鍵增強(qiáng)子
為了探究通過HMH-exo增強(qiáng)HCC轉(zhuǎn)移能力的關(guān)鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進(jìn)行了iTRAQ質(zhì)譜篩選。結(jié)果從HMH-exo中鑒定到116個(gè)***上調(diào)和43***下調(diào)的蛋白質(zhì)；結(jié)果發(fā)現(xiàn)了4個(gè)蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結(jié)合蛋白家族（圖3a-b）。經(jīng)過文獻(xiàn)分析，作者主要關(guān)注了S100鈣結(jié)合蛋白家族，并以其中*****差異表達(dá)的4個(gè)蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個(gè)蛋白在5個(gè)HCC細(xì)胞系外泌體中的表達(dá)豐度，結(jié)果發(fā)現(xiàn)依然是S100A4的表達(dá)水平比較高（圖3c）。因此，初步選擇S100A4進(jìn)行下一步分析。 英拜提供分子生物學(xué)以及免疫病理相關(guān)實(shí)驗(yàn)。
鑒于以上結(jié)果，作者想進(jìn)一步探究tiRNA-Gly與RBM17作用的分子結(jié)果。結(jié)果顯示，tiRNA-Gly可提高總RBM17蛋白的水平，但是不影響RBM17的mRNA水平（圖3H-I）。隨后，用蛋白質(zhì)合成抑制劑環(huán)己胺(CHX)處理細(xì)胞，tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染后增加了K1細(xì)胞內(nèi)源性RBM17蛋白的半衰期，而β-actin作為對照（圖3J）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132處理后，內(nèi)源性RBM17在轉(zhuǎn)染tiRNA-Gly的K1細(xì)胞中的積累量**高于轉(zhuǎn)染siRNA-NC的K1細(xì)胞，表明tiRNA-Gly抑制了蛋白酶體依賴性的PTC細(xì)胞中RBM17的降解（圖3K）。此外，tiRNA-Gly的過表達(dá)***抑制了泛素化RBM17的水平（圖3L）。綜上所述，tiRNA-Gly可以穩(wěn)定RBM17蛋白通過泛素/蛋白酶體依賴性降解。上海英拜生物設(shè)有專業(yè)的武漢技術(shù)中心。遼寧熱休克蛋白科研
FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長和轉(zhuǎn)移。丁酸水平科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
三、通過RNA-seq、RIP-seq和MeRIP-seq鑒定ythdf1調(diào)控的轉(zhuǎn)錄本
對YTHDF1基因敲除MGC-803細(xì)胞和對照細(xì)胞進(jìn)行RNA-seq。RNA圖譜顯示YTHDF1抑制導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄異常(圖3A)。基因本體論(GO)分析表明，下調(diào)的基因在血管生成、細(xì)胞遷移、粘附和細(xì)胞生長等方面富集;而定位于負(fù)調(diào)控**進(jìn)展的基因表達(dá)上調(diào)(圖3B)。RIP-seq獲得了9082個(gè)結(jié)合YTHDF1的候選基因。我們分析了功能富集變化*****的**000個(gè)基因，表明它們高度參與了**相關(guān)途徑(圖3C)。但累積分布分析表明，YTHDF1結(jié)合基因與YTHDF1未結(jié)合基因在轉(zhuǎn)錄水平上沒有***差異(圖3D)。這與之前的研究結(jié)果一致，即YTHDF1主要調(diào)控基因翻譯。MeRIP-seq鑒定YTHDF1調(diào)控的m6A修飾的轉(zhuǎn)錄本。2365個(gè)轉(zhuǎn)錄本檢測到m6A修飾，主要發(fā)生在mrna中(98%;圖3 e;補(bǔ)充表S7)，優(yōu)先聚集在外顯子(58%;圖3 e)。與其他n6 -甲基腺苷測序結(jié)果一致，m6A峰在30UTR區(qū)域富集(圖3F)，并*被典型GGAC基元檢測(圖3G)。將RIP-seq和MeRIP-seq整合的重疊轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行富集分析，發(fā)現(xiàn)Wnt和Hippo信號(hào)通路受到了***影響(圖3H）。假設(shè)YTHDF1抑制通過Hippo或Wnt途徑抑制**生長(圖3I)。 丁酸水平科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
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