五、NF-κB調(diào)節(jié)表達(dá)VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細(xì)胞，VCAM1的表達(dá)和染色質(zhì)可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(dá)(圖5a)。我們的單細(xì)胞研究估計PT_VCAM1占總細(xì)胞數(shù)的2%，近端小管上皮細(xì)胞數(shù)的6%。我們還證實(shí)，在LTL+ PT細(xì)胞中，VCAM1+小管細(xì)胞占4.19 1.58%，而在腎皮質(zhì)的UMOD+ TAL細(xì)胞中，VCAM1+細(xì)胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達(dá)，但我們*通過AQP1對腎臟切片進(jìn)行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(dá)(圖5c)。這些數(shù)據(jù)表明，VCAM1+小管細(xì)胞大部分位于皮質(zhì)內(nèi)近端小管內(nèi)。與VCAM1+ PT細(xì)胞相比，有少數(shù)dTL小管表達(dá)VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細(xì)胞亞群表達(dá)CD24或CD133(圖5d)。 FMT處理促進(jìn)神經(jīng)元存活和突觸重建。肝脂肪變性標(biāo)書北京
HoxBlinc的過表達(dá)通過提高HSPC+中增強(qiáng)子/啟動子染色質(zhì)的可及性***NPM1c+標(biāo)記基因
為了進(jìn)一步確定HOXBLINC是否是NPM1c+的下游介質(zhì)，以維持HSPC中NPM1c+標(biāo)記基因的***，對8周齡小鼠的WT和HoxBlincTgLSK細(xì)胞進(jìn)行了RNA-seq，總計鑒定到1281個差異表達(dá)基因（圖4a）。其中，上調(diào)的有718個，下調(diào)的有563個。值得注意的是，在NPM1c/+vs.WTLSK細(xì)胞中，27.3%的上調(diào)基因和21%的下調(diào)基因基因重疊（圖4b）。GSEA分析HoxBlincTgvs.WTLSK細(xì)胞差異表達(dá)基因揭示了與NPM1c/+與WTLSK細(xì)胞相似的轉(zhuǎn)錄特征和富集通路，包括NPM1-mutated特征，HOXA9致*途徑，HSC增殖，細(xì)胞命運(yùn)的承諾，骨髓分化，Wnt和JAK-STAT信號通路（圖4c-d）。 VEGF標(biāo)書國家自然科學(xué)基金circNDUFB2敲低可降低細(xì)胞培養(yǎng)上清液中這些細(xì)胞因子的水平。
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗(yàn)證了CD44v6在外泌體中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比，CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強(qiáng)烈減弱了Pex誘導(dǎo)的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導(dǎo)的HSC活化(圖5E，F(xiàn))、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中的作用，我們進(jìn)一步研究了過表達(dá)CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達(dá)CD44v6并沒有像預(yù)期的那樣提高α-SMA的表達(dá)(圖5H)。這些結(jié)果表明，CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中發(fā)揮了重要作用。
環(huán)狀RNA（circRNA）是動植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當(dāng)非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學(xué)作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進(jìn)行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質(zhì)是困難的，主要是因?yàn)閏ircRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預(yù)測和分析的數(shù)據(jù)庫——TransCirc。短鏈脂肪酸在神經(jīng)退行性疾病中發(fā)揮***和神經(jīng)保護(hù)作用。
判定上述巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)上調(diào)的原因，檢測了巨噬細(xì)胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結(jié)果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應(yīng)的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結(jié)構(gòu)包裹（圖1B）。進(jìn)一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達(dá)***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細(xì)胞。類似的，外泌體抑制劑GW4869處理導(dǎo)致共培養(yǎng)的巨噬細(xì)胞中miR-138-5p的水平***下降，而KDM6B的水平***上升（圖1D-E）。乳腺*細(xì)胞外泌體增加TPH-1細(xì)胞中miR-138-5p的表達(dá)但***KDM6B的表達(dá)，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉(zhuǎn)染miR-138-5pmimic的乳腺*細(xì)胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達(dá)miR-138-5p的乳腺*細(xì)胞外泌體增加了miR-138-5p水平，***了THP-1細(xì)胞中KDM6B的表達(dá)（圖3I-J）。總之，這些結(jié)果表明，*細(xì)胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細(xì)胞中。 脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現(xiàn)出腸道菌群紊亂而腸道失調(diào)加重SCI模型中的神經(jīng)損傷。外泌體標(biāo)書江蘇
circNDUFB2作為一個支架增強(qiáng)IGF2BP蛋白與TRIM25的結(jié)合。肝脂肪變性標(biāo)書北京
為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫來預(yù)測與HMGA2結(jié)合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導(dǎo)的HMGA2構(gòu)建物共轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉(zhuǎn)染后，23個miRNA轉(zhuǎn)染細(xì)胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉(zhuǎn)染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***降低，其中轉(zhuǎn)染miR-337-3p和miR-137時，熒光素酶活性降低**多。利用生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫TargetScan預(yù)測miR-337-3p和miR-137中與HMGA2結(jié)合的位點(diǎn)。雙熒光素酶基因報告基因檢測結(jié)果顯示，miR-337-3p和miR-137在其預(yù)測的結(jié)合位點(diǎn)上結(jié)合HMGA2(圖3H)。qPCR結(jié)果顯示，miR-337-3p和miR-137負(fù)調(diào)控HMGA2的表達(dá)(圖3I)。采用Pearson’s秩相關(guān)法分析MIR210HG與HMGA2表達(dá)的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)HMGA2的表達(dá)與MIR210HG呈正相關(guān)(圖3 J和K)。這些結(jié)果表明MIR210HG可能參與了新的MIR210HG-miR-337-3p/137-HMGA2調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。肝脂肪變性標(biāo)書北京
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)