circ_0072083 沉默通過調節 ALKBH5 介導的 TMZ 抗性神經膠質瘤細胞中的去甲基化抑制 NANOG 水平
為了探索ALKBH5和NANOG是否需要通過circ_0072083調節TMZ抗性，在TMZ抗性組織和細胞中檢測了它們的水平。與敏感組相比，TMZ抗性組織和細胞中ALKBH5和NANOG mRNA水平顯著升高。與敏感組相比，TMZ抗性組的NANOG mRNA m6A水平明顯降低。此外，在TMZ抗性組織和細胞中，ALKBH5和NANOG蛋白水平明顯增加。并且使用sh-ALKBH5轉染通過 ALKBH5沉默顯著降低了NANOG 表達。RIP分析顯示NANOG可以在 U251/TR和U87/TR 細胞中被 ALKBH5 富集。此外，ALKBH5沉默明顯增強了NANOG mRNA的m6A水平并降低了響應放線菌素D的NANOG mRNA穩定性。此外，在 U251/TR 和 U87/TR 細胞中評估了circ_0072083對ALKBH5 和NANOG表達的影響。結果表明，circ_0072083 沉默顯著降低了ALKBH5和 NANOG 的豐度，并增加了 NANOG mRNA 的 m6A 水平。顯示多蛋白復合物（METTL3、METTL14 和 WTAP）介導 NANOG mRNA 的 m6A 修飾以誘導其降解。circ_0072083 可以上調 ALKBH5 表達，其介導 NANOG mRNA 3'UTR 的去甲基化，導致NANOG mRNA 穩定性增加。這些數據表明circ_0072083可以通過調節ALKBH5介導的去甲基化來調節NANOG的表達。 動物建模模型實驗的整體服務。熱休克蛋白
進一步檢測S100A4的功能，結果顯示敲除S100A4***降低高轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力，過表達S100A4則***增強低轉移性HCC細胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過表達的HCC細胞的外泌體，結果得到了類似的結論，S100A4過表達外泌體***增強HCC細胞的遷移和侵襲，以及體內肺部轉移的能力（圖3e-f）。這些結果證實了外泌體S100A4具有增強HCC細胞轉移潛力的功能。
4、外泌體S100A4通過STAT3磷酸化***OPN轉錄
接下來探究了S100A4的作用機制，首先選擇了21個**干性相關基因，然后下載了GEO數據進行相關性分析，結果顯示S100A4主要和11個基因正相關（圖4a）。隨后檢測了不同HCC細胞系中敲除和過表達S100A4后11個基因的表達水平的改變，結果顯示只有OPN是S100A4的下游基因，其表達受到S100A4的調控（圖4b-f）。OPN是促進HCC轉移和干性的關鍵因子，但外泌體S100A4調節OPN的機制仍不清楚。 凋亡芯片高通量測序的后續成文服務。
RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進MCC拆卸的模型。用重組RIT1補充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達加速了正常細胞生長下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對CyclinB1降解的影響在藥理學誘導的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能抑制過度活躍的SAC反應。
另外，相對于對照組，在生理條件下，單獨使用siFth不能顯著增加ROS的產生。對鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關。與上述ROS結果一致。測量了鐵死亡的幾種推定生物標志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達。如預期的那樣，與對照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉染的HT-22細胞中，刮擦損傷的xCT表達顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達顯著增加。重要的是，與未經***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉染的HT-22細胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達。另外，在生理條件下，單獨的siFth與對照組之間上述蛋白質的表達沒有顯著差異。這些結果表明，用siFth轉染的HT-22細胞易受機械性刮擦損傷誘導的脂質過氧化和鐵死亡的影響，而褪黑素在統計學上并未減輕損傷后的鐵死亡，并且siFth不會影響褪黑素受體的表達。根據自身需要檢索相關基因或者化學品。
揭示轉錄因子如何隨著時間的推移在DNA、RNA和蛋白質水平上調節其靶標，對于定義基因調控網絡(GRN)和分配正常和疾病狀態的機制至關重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調控的標準方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數據（在時間或空間上）的管道方法都沒有使用時間序列模型來分配GRN內的因果關系。此外，也需要將有序的RNA-seq數據與蛋白質-DNA結合數據相結合以區分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個基于Web的自適應時間序列多組學管道方法，它可以推斷基因調控事件之間的關系。TIMEOR通過利用時間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質-DNA結合數據和蛋白質-蛋白質相互作用網絡，解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。 完善的實驗平臺提供可視化的建模服務。凋亡芯片
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細胞分離的外泌體呈現典型的外泌體結構。熱休克蛋白
1、循環miR-208b是CRC中FOLFOX化療敏感性的一種很有前途的生物標志物
如圖1所示，作者設計了一項多期研究，以確定新的血清miRNAs作為預測和監測奧沙利鉑聯合亞葉酸和5-FU（FOLFOX）化療反應的替代標志物。
作者檢測了69個化療敏感和47個化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達，結果顯示與未響應組相比，miR-208b的表達水平在響應組***下調（圖2A-B）。同時檢測了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優于血清CEA水平。在化療響應組，在化療前miR-208b的表達高于化療后，而在未響應組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無進展生存期化療響應組***高于未響應組，miR-208b低表達組***高于高表達組（圖2D）。這些結果表明miR-208b可作為預測CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標志物。 熱休克蛋白
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗