我們鑒定出了幾個可能與LINC00926相互作用的蛋白，包括兩個E3連接酶，STUB1和E6AP(圖4F)。免疫印跡進一步證實，只有STUB1與LINC00926相互作用，而E6AP則沒有(圖4G)。此外，RIP分析也表明，PGK1和STUB1免疫沉淀中，LINC00926***富集(圖4H)。此外，LINC00926增強了STUB1介導的PGK1泛素化(圖4I)。敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1泛素化的影響(圖4J)。這些數據表明，STUB1在LINC00926調控PGK1泛素化過程中起著關鍵作用。與LINC00926對STUB1介導的PGK1泛素化的影響一致，LINC00926增加了STUB1和PGK1之間的相互作用(圖4K)。而敲低STUB1**減弱了LINC00926對PGK1降解的影響(圖4L)。解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。記憶障礙鼠模型
6）circPde4b和RIC8A影響小鼠OA發病機制
為了證實上述發現，我們進一步評估了circPde4b對小鼠OA的影響。圖6A為四組不同AAV***后circPde4b和RIC8A的RNA表達情況。從軟骨中提取的ECM相關蛋白的RT-qPCR和westernblot分析也提示在內側半月板不穩(DMM)+vector組和DMM+circPde4b+RIC8A組中OA更嚴重(圖6B，C)。SafraninOfastgreen染色(圖6D)發現，與SHAM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組相比，DMM+載體組和DMM+circPde4b+RIC8A組的蛋白多糖明顯丟失，表明circPde4bAAV可以挽救由DMM引起的OA進展，而RIC8AAAV可以逆轉這種挽救。 鐵死亡損傷caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。
七、股骨和肝臟細胞在不同細胞類型之間的統計學差異
HSC / MPP簇中的細胞來源于肝臟，股骨和髖部，這為評估起源于胚胎肝臟或骨髓的HSC/MPP群體中潛在的定性和定量差異提供了機會。研究者首先對處于不同細胞周期狀態的肝臟和股骨細胞的數量進行了Fisher精確檢驗。結果顯示，在股骨和肝臟中，絕大多數CD-REF細胞處于G0/G1期，而肝臟中處于S-G2-M期的細胞數量幾乎是股骨的兩倍。KS和MWW檢驗顯示，與肝臟相比，股骨中HSCs/MPPS中基因表達數量也比較少，但股骨中HSCs/MPPs***上調了與核小體組裝、染色質組裝和DNA組裝有關的基因，而肝臟中HSC/MPPs***上調了與肌動蛋細胞骨架重塑、細胞粘附和遷移有關的基因。
質膜塑造并保護真核細胞免受周圍環境的影響，對細胞生命至關重要。盡管重新密封受損膜的初始修復機制已經很好地建立，但關于細胞如何在重建受損膜后恢復體內平衡知之甚少。今年7月發表于《SCIENCE ADVANCES》的一篇研究表明，細胞通過***與巨胞飲作用相關的蛋白質來響應質膜損傷，特別是在受損的膜上。在膜重新密封之后，細胞形成源自修復部位的、LC3B蛋白陽性的胞吞小體。此過程**于 ULK1、ATG13 和 WIPI2，但依賴于 ATG7、p62 和 Rubicon。內化的胞吞小體在細胞質中收縮，可能是通過滲透排出，并**終與溶酶體融合。這是一種與非經典自噬相結合的巨胞飲作用，研究者將其稱為 LC3 相關巨胞飲作用 (LAM)，其功能是從質膜上去除受損物質并在損傷時恢復膜的完整性。接下來我們來看一下具體研究方法及結果：進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。
為了研究ESCRT-III在ferroptosis中的功能作用，作者評估了抑制CHMP4B對NIH-3T3細胞死亡的影響(圖5A, B)。與對照組相比，CHMP4B敲除細胞的死亡發生率更高、更快，特別是在早期時間點(1-3 h)，這表明CHMP4B的缺失導致細胞對ferroptosis的敏感性更高。另外，作者使用蛋白質組譜儀XL細胞因子陣列試劑盒(圖5C)，確定ferroptosis是否可以直接調節不同細胞系和不同處理下的細胞因子分泌。在誘導ferroptosis時，作者檢測到細胞因子亞群水平的變化，這些變化與細胞系和***有關。此外，敲除CHMP4B改變了RSL3處理后獲得的細胞因子譜(圖5C, D)。這些結果表明，盡管具體的細胞因子改變依賴于***，但ESCRT-III通常影響ferroptotic細胞的細胞因子分泌。另外，RSL3處理的沉默CHMP4B細胞的上清能夠增加小鼠巨噬細胞的CD14表面表達(圖5E)。這些結果表明，與壞死和焦亡相似，ESCRT-III也調節ferroptotic細胞的免疫輸出。
結論：ESCRT-III在ferroptosis微環境中調節細胞因子水平，揭示了這一機制在調控ferroptosis炎癥的作用。這些發現支持了一個普遍的模型，在這個模型中，質膜孔的形成和膜修復是控制不同類型的壞死及其炎癥特征的中心和相反的調控機制。 ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。細胞譜系
公共比較毒理基因組學數據庫。記憶障礙鼠模型
與coaccessibilityscore較高的Cicero連接相比，coaccessibilityscore較低的Cicero連接在GeneHancerdoubleelite數據庫中的可能性較小(p<2.21016，卡的平方)。在近端曲小管內，大部分Cicero連接要么在啟動子區域內，要么在啟動子和另一個位置之間(圖3d)，這種分布在其他細胞類型中也類似(補充圖11)。轉錄因子活性與轉錄因子表達有適度的相關性(Pearsonr2=0.36,p值=4.21012，圖3e)。推測motif活性與轉錄因子表達呈正相關的轉錄因子可能在DAR中扮演轉錄***因子的角色，而負相關的轉錄因子則扮演轉錄抑制因子的角色。令人驚訝的是，糖皮質***受體(NR3C1)的motif活性與表達呈正相關，而礦皮質***受體(NR3C2)則呈負相關(圖3f)。記憶障礙鼠模型
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗