5)Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉移的積極作用
此前,我們發現IGF-1可以通過誘導補體C1q結合蛋白(C1QBP)從細胞質轉位到膜上,驅動CD44v6/C1QBP復合物的形成,從而***IGF-1下游通路。因此,我們很想知道C1QBP是否通過CD44v6相互作用參與Pex誘導的HSC活化。我們的結果表明C1QBP在Pex中的表達明顯高于Npex(圖6A)。如圖6B所示,C1QBP在Pex孵育的HSCs中表達高于Npex組。同時,與Pex處理的細胞相比,C1QBP-kdPex處理HSCs后C1QBP蛋白水平***降低(圖6B)。與Pex轉移的CD44v6在HSCs中的位置一致,膜中也檢測到C1QBP,并與Pan-cadherin共定位(圖6C)。這些數據表明,C1QBP可以通過Pex傳遞到HSCs膜。免疫電鏡顯示CD44v6和C1QBP在Pex***表達(圖6D)。同時過表達CD44v6和C1QBP后,Co-IP檢測顯示CD44v6和C1QBP在Pex中相互作用(圖6E)。此外,通過近距離連接(圖6F)和免疫熒光分析(圖6G),我們發現了CD44v6和C1QBP在Pex孵化的HSCs膜上的結合。這些發現表明,CD44v6在傳遞外泌體CD44v6/C1QBP復合物中起重要作用。 FMT處理對脊髓損傷后小鼠腸道屏障通透性有影響。河南標書實驗外包
2021年3月,劍橋大學血液學系AnaCvejic教授團隊應用scRNA-seq和scATAC-seq技術對來自胚胎肝臟和骨髓的8,000多個免疫表型HSPCs進行綜合分析,探索人類發育過程中造血功能的調節機制。該項工作以“Integrativesingle-cellRNA-seqandATAC-seqanalysisofhumandevelopmentalhematopoiesis”為題發表在CellStemCell上。在胚胎發育過程中,造血干細胞(HSCs)需要快速分化為成熟的血細胞。我們目前對胎兒造血干細胞和祖細胞(HSPCs)的認識主要是通過小鼠和體外模型系統取得的。已有研究表明,胎兒造血過程包括發育過程中不同***上罕見造血干細胞的分化、遷移和分化的幾個**波。在人類中,**終的造血功能開始于懷孕27天后,造血干細胞出現在造血集群的背主動脈內。醫學基礎實驗標書異丁酸含量與BMS評分/ FITC -葡聚糖滲透性之間的相關性無統計學意義。
遷移體(migrasome)是清華大學生命科學院俞立團隊新發現的胞外分泌囊泡,該研究成果已于2015年發表在Cell Research期刊(IF=20.509)[1]。遷移體是在遷移細胞后部回縮纖維的前列或交叉處生長的大囊泡,直徑約為0.5μm到3μm,并且包含許多較小的囊泡(**多300余個,**少不足10個),掃描電子顯微鏡觀察下呈石榴狀結構。細胞遷移后,回縮纖維**終斷裂,遷移體分離。遷移體及其內容物,包括細胞溶質成分和來源不明的囊泡,被釋放到細胞外空間——這一過程稱為遷移。俞立團隊推測遷移體可能在細胞間通訊中發揮重要作用。
2017年俞立團隊進一步研究發現,整合素與 ECM 蛋白的配對結合決定了遷移體的形成[2],該研究成果也發表在Cell Research期刊。2108年俞立團隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法[3]。2019年,俞立團隊發現Tspan4和膽固醇在遷移體形成時組織成為微米級大型微結構域,這一結構即遷移體的基本結構,還證實遷移體的形成是局部富集的Tspan4使遷移體所在膜結構的剛度增加而產生的一種生物物理過程[4],該研究成果發表于Nature Cell Biology期刊中(IF=20.041)。
由于MLL1在HoxBlinc過表達介導的異常造血過程中至關重要,HSPC中HoxBlinc過表達可能通過增加MLL1募集來***其靶基因,從而提高H3K4me3占用率,以促進增強子/啟動子染色質的可及性。為了證實這一點,使用WT和HoxBlincTg LSK細胞進行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結合位點存在高度重疊(圖6e-g)。令人驚訝的是,51.2%的基因HoxBlinc結合增加顯示MLL1招募增加,其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加,包括NPM1c+-標記基因,如前HoxB、后HoxA、Meis1和Runx1,以及其他造血基因,如Stat1和Cdr2(圖6e-g)。這些數據表明,HoxBlinc過表達通過增加MLL1的募集和隨后H3K4me3占用的增強來介導靶基因的表達。
總之,本文發現HOXBLINC過表達是驅動白血病發生的關鍵事件,通過控制MLL1招募、染色質結構域和啟動子的順式和反式表達,建立異常NPM1c+標記基因表達程序。因此,本研究不僅為HSC和NPM1突變的AML的生物學提供了分子視角,而且還為NPM1c+ AML的藥物靶點識別創造了獨特的機會。 FMT處理可以改善SCI小鼠的體重增加和代謝狀況。
三、染色質可及性與細胞類型特異性轉錄因子活性和染色質相互作用網絡有關
HNF4A編碼驅動近端小管分化的關鍵轉錄因子。chromVAR檢測到近端小管DAR中HNF4A結合基序的富集(圖3b,基序活性),這是HNF4A中染色質可及性增強(圖3b,基因活性)和snRNA-seq數據集中HNF4A轉錄增強(圖3b,基因表達)所支持的。我們通過染色質免疫沉淀,然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗證了HNF4A與腎近端小管上皮細胞(RPTEC,補充圖8a)中選定的靶基因位點(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預測的HNF4A結合位點的結合。 然而,在RPTEC中可檢測到HNF4A的表達水平低于腎皮質,這表明HNF4A與該細胞類型中的這些位點具有強大的相互作用(補充圖8b)。 circSDHC在ccRCC中過表達且其過表達與低存活率相關.福建標書歡迎咨詢
體外實驗證實circNDUFB2過表達******NSCLC細胞的增殖遷移和侵襲.河南標書實驗外包
TCGA泛*中的m6A概況
為了表征m6A模式和篩選潛在靶點,在TCGA中的9804個泛*樣本中開發了一個四步計算框架。經過質量控制后,共有23個m6A調節因子、56個m6A交互蛋白編碼基因、10個lncRNAs和17個miRNAs被納入本研究。106個基因有密切的共表達關系(Pearsonr>0.3)。在共表達調控網絡中,大多數m6A調節因子和一些蛋白質編碼基因是與其他基因相互作用的樞紐基因。在不同**類型*旁組織的差異表達比較中,許多基因在**組織中的表達水平較高,而一些蛋白質編碼基因則表現出相反的關系。這些基因包括ASB2、P2RX6、AXL、ID2和SOCS2;miR-143、miR-29a、miR-125b-1和miR-145等4種miRNA在**組織中表達較低。所有lncRNAs在**組織中均有較高的表達。利用**和正常組織的前兩個主成分(PC),我們發現m6A模式具有良好的鑒別診斷價值。曲線下面積(AUC)在大多數**中超過90%。 河南標書實驗外包
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎,利用生物數據信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區,實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務:RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經典通路研究,設計的課題均具有后續實驗課題的延展性,為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請:提供標書課題設計、撰寫,標書部分基礎實驗的開展,設計的標書均符合科研前沿熱點,中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持,探討科研前沿熱點研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關研究
4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗