一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數據集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數細胞簇中，染色質可及性和相應的基因轉錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結果顯示，兩個數據集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區分。scATAC-seq和scRNA-seq數據的單個UMAP圖顯示了各自的小區集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現出許多與致***途徑相關的已知生物學過程的誘導。 TIMEOR是***個基于 Web 的自適應時間序列多組學管道方法。河北課題實驗可參觀
此外，GFP-INPP4B的表達在基礎和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強破壞一致(圖6d)。通過HrsshRNA消耗抑制晚期核內體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(圖6f,g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細胞表現出明顯的GSK3β蛋白酶保護，這與GSK3β向晚期核內體轉運的增強相一致(圖6h)。免疫熒光證實了這一點，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細胞(圖6i)。陜西課題分子生物學實驗我們接下來研究了Pex對HSCs生物學行為的影響。
但tbi暴露后，Ran***1染色分布異常，細胞核和細胞質強度高(圖2E）。與對照組相比，腦外傷后Ran***1分布異常的細胞百分比明顯增高(圖2F）。反復的創傷損傷會干擾Ran***1在大腦中的定位。TBI大鼠損傷皮質(同側半球)下海馬區域的腦細胞表現出錯誤定位和/或聚集(箭頭)或強烈的Ran***1核染色(箭頭)，而假手術對照組主要是光滑的核周染色(圖2H)。與假對照相比，創傷性腦損傷大鼠的NUP62顯示了明顯的胞質(箭頭)和核(箭頭)錯位，假對照顯示了很少的胞質(而沒有核)錯位(圖2J)。創傷性腦損傷腦組織中NUP62病理細胞的百分比明顯高于假手術對照組(圖2K).
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學功能，我們進行了細胞實驗。結果表明，轉染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉染對CRC細胞增殖沒有影響。此外，細胞遷移和傷口愈合實驗也顯示，轉染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細胞遷移和侵襲，而轉染circPLCE1-ATGmut對CRC細胞遷移沒有影響。這些數據表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細胞的增殖和遷移。 高通量測序后續的機制實驗。
三、ICICLE-seq聯合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態的能力，我們修改了我們優化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數據上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數據質量。盡管如此，ICICLE-seq結果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質可達性和高質量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數據聚集并根據細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數據的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據細胞類型特異性標記與聚類的明確關聯識別細胞類型特異性聚類。 英拜生物對實驗可行性分析。湖北課題整體服務
表達PTEN- 398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關。河北課題實驗可參觀
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標記Mab414，它可以識別包括Nup62在內的幾個Nups的FG結構域，我們發現在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個主要的同質的環狀標記。非腦外傷對照組的腹神經索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規則，顯示核形態紊亂。我們在腦外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團塊)的出現(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細胞百分比明顯高于非TBI對照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細胞質共聚集，而對照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結果顯示，與對照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽性細胞百分比***升高(圖2D)。Ran***1對Ran-GTP的水解對于核出口過程中貨物進入細胞質至關重要。Ran***1維持核/細胞質Ran梯度，其丟失會導致細胞死亡。在非tbi對照組大腦中，Ran***1在核膜內分布均勻，少數細胞表現出強烈的核信號。 河北課題實驗可參觀
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