C.條件推理樹(CTREE)顯示asv被非參數回歸識別為有意義的分裂節點用于aGvHD預測。沿分枝的數目表明變異的分裂值穩定了細菌豐度。終端節點顯示來自aGvHD分級為0I級和IIIV級患者的樣本比例(n=樣本數量)。D.箱形圖描述了在0級aGvHD患者和II級IV級患者移植前各時間點預測ASVs的log轉化相對豐度。在aGvHD0級I和II級IV的患者中,乳酸菌科和TannerellaceaeASVs的E軌跡通過基于樹的稀疏LDA識別，包括asv3和asv128，它們可以預測aGvHD(粗體線).高通量分子實驗的后續標書申請指導服務。巨噬細胞課題一站式
二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移
YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射YTHDF1敲除的MGC-803細胞到免疫缺陷裸鼠，研究YTHDF1的抑制是否會影響體內胃*的發生。 CRO課題協同創作IGF-1信號在Pex誘導的肝纖維化中起重要作用。
為了驗證MAO-A缺乏是否直接有助于減輕Maoa KO巨噬細胞的免疫抑制極化，進行拯救實驗。構建MIG-Maoa逆轉錄病毒載體，利用該載體轉導Maoa KO BMDMs，并在這些巨噬細胞中實現了MAO-A的過表達（圖3l-n）。MAO-A過表達***加劇了IL-4/ IL-13刺激的Maoa KO BMDMs的免疫抑制表型（圖3o-p）。綜上所述，這些結果表明，MAO-A作為一種自主因子，在***刺激下促進巨噬細胞免疫抑制極化。
4、MAO-A通過ROS上調促進巨噬細胞免疫抑制極化
接下來，研究調控MAO-A促進巨噬細胞免疫抑制極化的分子機制。據報道，細胞內活性氧(ROS；氧化應激)會引起巨噬細胞的免疫抑制特征。MAO-A催化單胺的氧化脫氨，從而產生過氧化氫(H2O2)作為副產物，可以增加細胞內ROS水平。因此，推測MAO-A可能通過上調TAM中的ROS水平，促進TME中TAM的免疫抑制極化（圖4a）。為了驗證這一假設，測量了從攜帶B16-OVA**的MaoaWT和KO小鼠中分離的TAMs中的ROS水平，并檢測到MaoaKOTAMs中ROS水平***降低（圖4b-c）。
熒光原位雜交和核胞質RNA分數實驗結果顯示，MIR210HG在Ishikawa細胞和HEC-1A細胞中均位于核和細胞質內(圖3D和3E)。我們假設MIR210HG對miRNAs起海綿作用。為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數據庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***降低，其中轉染miR-337-3p和miR-137時，熒光素酶活性降低**多。利用生物信息學數據庫TargetScan預測miR-337-3p和miR-137中與HMGA2結合的位點。雙熒光素酶基因報告基因檢測結果顯示，miR-337-3p和miR-137在其預測的結合位點上結合HMGA2(圖3H)。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。
七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。 按照實驗設計路線和實驗結果進行文章的構思與潤色。壞死性小腸課題CRO
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5.Caspase-11缺乏抑制小鼠肝細胞焦亡
我們評估了Caspase-11缺乏對MCD處理后小鼠焦亡活化的影響。我們檢測了Gsdmd和IL-1β的***，這是焦亡的兩個關鍵因素。我們在未處理的野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟中檢測到類似的Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)和pro-IL-1β(圖5A和D)蛋白水平。此外，我們在野生型和Caspase-11缺陷小鼠的肝臟中均未檢測到成熟的IL-1β蛋白(圖5A和E)。MCD處理誘導了野生型小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-β(圖5A和E)的表達，表明MCD誘導了Gsdmd和IL-1β的***。相比之下，與MCD處理的野生型相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中pro-Gsdmd(圖5A和B)、Gsdmd-N(圖5A和C)、pro-IL-1β(圖5A和D)和成熟IL-β(圖5A和E)的蛋白水平***降低。野生型小鼠和Caspase11缺陷小鼠肝臟中pro-caspase-1(圖5A和F)和cleavedcaspase-1(圖5A和G)的蛋白水平相似。
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公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗