4.Caspase-11缺失抑制MCD誘導的肝臟炎癥
接下來，我們評估了Caspase-11缺乏對MCD誘導炎癥的影響。首先，我們比較了野生型和Caspase-11缺陷小鼠肝臟白細胞浸潤情況。在正常情況下，野生型小鼠和caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例相似(圖4A和B)。MCD***導致野生型小鼠肝臟中CD45細胞的比例增加。相比之下，MCD****輕微增加了Caspase11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例。與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中CD45細胞的比例明顯下降(圖4A和B)，表明MCD處理后Caspase-11缺陷導致肝臟中白細胞浸潤減少。相應地，我們發現了MCD***促進肝臟F4/80的表達而Caspase-11缺乏則抑制MCD誘導的F4/80上調(圖4C)。我們進一步發現MCD***誘導野生型小鼠肝臟中TNF-α(圖4D)、IL-1β(圖4E)和CCL2(圖4F)的表達。相比之下，與MCD處理的野生型小鼠相比，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠肝臟中TNF-α(圖4D)、IL-1β(圖4E)和CCL2(圖4F)蛋白水平***降低。這些結果表明Caspase-11缺陷抑制了MCD誘導的肝臟炎癥。 英拜提供生物醫學課題外包服務。chip
然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜（Fig.4G）。使用pseudobulkRNA-seq分析和預轉移體外培養的基因比較，生成了持續細胞的基因標記，其標志是記憶相關基因(Sell，Foxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(Fig.4H-I)。對先前的體外單細胞數據（Fig.2H-J）的進一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig.4J-K）。這些數據表明，抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。靶基因驗證課題分子生物學也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進胃*進展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細胞中轉染FZD7構建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達結果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達的相關性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關檢驗)。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調節b-catenin信號通路促進胃*進展的示意圖。
2、miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制
構建了miR-138-5p過表達的乳腺*細胞系，取其培養基與巨噬細胞共培養，結果巨噬細胞中miR-138-5p表達***上調，同時KDM6B的表達***下降。證實miR-138-5p介導*細胞誘導的巨噬細胞KDM6B表達抑制。
3、*細胞來源的外泌體miR-138-5p下調KDM6B的表達
隨后為了判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養和對照組間原代和前體miR-138的水平沒有差異，表明miR-138-5p是外源供應的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結構包裹（圖1B）。進一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養基中miR-138-5p的表達***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細胞。類似的，外泌體抑制劑GW4869處理導致共培養的巨噬細胞中miR-138-5p的水平***下降，而KDM6B的水平***上升（圖1D-E）。 解決了對確定因果調節機制網絡的方法的關鍵需求。
6.翻譯產物的序列組成
所有天然蛋白質的氨基酸（aa）序列*占據可能序列空間的一小部分，主要是因為只有一小部分序列可以形成穩定的蛋白質。因此，具有“非天然”序列的蛋白質傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質的序列相似性可以作為強有力的預測指標，以鑒定隨機氨基酸序列中的真實蛋白質。使用機器學習方法來預測天然蛋白給定序列的可能性，并應用該預測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進行評分。
7.質譜/蛋白質組學證據
質譜法是準確鑒定和表征蛋白質的重要方法。已經進行了數個大規模質譜實驗來研究人類蛋白質組，但是即使考慮蛋白質的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產物。作者通過設計新的分析流程，從蛋白質譜數據中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質譜圖，這些質譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性ORF 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。WNT課題第三方實驗室
促*分泌體通過外泌體傳遞和運輸是轉移前微環境形成和轉移的關鍵。chip
3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子
為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵，作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質；結果發現了4個蛋白家族的聚類：Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族（圖3a-b）。經過文獻分析，作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族，并以其中*****差異表達的4個蛋白為主：依次是S100A4，S100A6，S100A10，和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度，結果發現依然是S100A4的表達水平比較高（圖3c）。因此，初步選擇S100A4進行下一步分析。 chip
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗