一、上傳數(shù)據(jù)
可以上傳原始的fast文件，也可以上傳時(shí)序count表達(dá)文件。按照數(shù)據(jù)情況填寫以下6個(gè)問題，然后點(diǎn)擊“Run”開始進(jìn)行質(zhì)控
二、初級(jí)分析
數(shù)據(jù)質(zhì)控合格后，進(jìn)行初級(jí)分析，包括：差異表達(dá)量計(jì)算、基因簇分析。差異計(jì)算方法包括ImpulseDE2、NextmaSigPro、DESeq2，可以根據(jù)實(shí)際情況自由選擇。
三、次級(jí)分析
次級(jí)分析用于評(píng)估豐富度、因子結(jié)合和時(shí)間關(guān)系。我們可以選擇不同類型的分析來分析初級(jí)分析中獲得的基因簇，即Enrichment，用于識(shí)別基因簇中高表達(dá)的基因；FactorBinding，使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子；TemporalRelations，識(shí)別轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRN）。
外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物。二代測序課題
JAK-Stat6信號(hào)通路在介導(dǎo)IL-4/IL-13誘導(dǎo)TME中TAMs免疫抑制極化過程中起關(guān)鍵作用。IL-4/IL-13刺激后，JAK磷酸化，隨后Stat6磷酸化，磷酸化后的Stat6二聚并遷移至細(xì)胞核，然后與IL-4/IL-13相應(yīng)基因，包括那些參與巨噬細(xì)胞免疫響應(yīng)功能的基因的啟動(dòng)子結(jié)合。據(jù)報(bào)道ROS可以促進(jìn)JAK和Stat6磷酸化。因此，推測MAO-A可能通過上調(diào)ROS水平影響巨噬細(xì)胞極化，從而使JAK-Stat6信號(hào)通路敏感。事實(shí)上，直接分析從B16-OVA荷瘤Maoa WT和Maoa KO小鼠中分離的TAMs證實(shí)，與野生型TAMs相比，MAO - A缺陷的TAMs顯示Stat6***降低（圖4k-l）。進(jìn)一步分析IL-4/ IL-13誘導(dǎo)的JAK-Stat6信號(hào)通路，與在Maoa WT BMDMs中相比，在Maoa KO BMDMs中JAK-Stat6信號(hào)***下降，補(bǔ)充H2O2可使其JAK-Stat6信號(hào)達(dá)到與WT類似水平（圖4m）。這些數(shù)據(jù)表明MAO-A通過ROS致敏的JAK-Stat6通路***促進(jìn)巨噬細(xì)胞免疫抑制極化。
總之，這些體內(nèi)外數(shù)據(jù)支持MAO-A促進(jìn)TME中免疫抑制極化，通過上調(diào)TAM細(xì)胞內(nèi)ROS水平，從而提高IL-4/ IL -13誘導(dǎo)的JAK-Stat6信號(hào)通路。 肝損傷表達(dá)PTEN- 398A的細(xì)胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點(diǎn)的***有關(guān)。
與SMARCA4類似，SMARCC1[15](在ChIP-SICAP中發(fā)現(xiàn))顯示與C1和C2位點(diǎn)相結(jié)合(圖2g）。
重點(diǎn)分析了ARBs染色質(zhì)可及性的變化，發(fā)現(xiàn)雄***通常增加了ARBs的可及性(圖3a, ATAC, siCTRL)。盡管SBs和ARBs之間有很大的重疊，但SMARCA4刪除*減少了2149個(gè)ARBs的染色質(zhì)可及性。這些sismarca4受影響的位點(diǎn)中有一半是開放的，不管***暴露與否(pre-accessible)，其余的在***暴露后顯示其可及性增加(de novo位點(diǎn)，圖3a和c)。被AR招募的SMARCA4增加染色質(zhì)可及性，潛在地協(xié)助其他因素招募到這些位點(diǎn)(圖3d，補(bǔ)充表2)。由于雄***誘導(dǎo)了FOXA1在sismarca4影響位點(diǎn)的結(jié)合(圖3e)， AR誘導(dǎo)的SMARCA4的招募可能有助于雄***誘導(dǎo)FOXA1的結(jié)合。上述結(jié)果表明SMARCA4在CRPC細(xì)胞染色質(zhì)景觀的調(diào)節(jié)中既有AR依賴的作用，也有非ARr**的作用。
9.阻斷SUMOylation抑制EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移
用si-NC或si-UBC9#1轉(zhuǎn)染的對照或ELNAT1過表達(dá)UM-UC-3細(xì)胞分泌的EVs處理HLECs，結(jié)果顯示過表達(dá)ELNAT1***促進(jìn)了體外BCa細(xì)胞分泌的EVs誘導(dǎo)淋巴血管生成，而沉默UBC9逆轉(zhuǎn)了這一作用（Figure9A-C）。IVIS證明UM-UC-3-EVELNAT1增強(qiáng)了體內(nèi)腘窩淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移，而沉默UBC9抑制了這種作用（Figure9D,E）。UM-UC-3-EVELNAT1+siUBC9#1組的腘窩LNs體積比UM-UC-3-EVELNAT1組小（Figure9F）。與UM-UC-3-EVVector組相比，UM-UC-3-EVELNAT1增加了小鼠足底**的淋巴管數(shù)量，而下調(diào)UBC9的表達(dá)導(dǎo)致EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的淋巴管數(shù)量逐漸減少（Figure9G,H）。此外，UM-UC-3-EVELNAT1+si-UBC9#1組的LN生成時(shí)間長于UM-UC-3-EVELNAT1組（Figure9I）。綜上所述，這些結(jié)果表明UBC9誘導(dǎo)的SUMOylation抑制EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)的BCa淋巴管生成和LN轉(zhuǎn)移。 soRNA測序的 整套服務(wù)。
2）SsD響應(yīng)相關(guān)基因和通路的鑒定
為了進(jìn)一步確定可能與白血病細(xì)胞中SsD敏感性相關(guān)的潛在靶點(diǎn)，我們對SsD處理過的NB4細(xì)胞進(jìn)行了RNA測序。我們共發(fā)現(xiàn)3732個(gè)上調(diào)基因和3442個(gè)下調(diào)基因(圖2A)。為了揭示SsD的潛在機(jī)制，我們進(jìn)行了富集分析并研究了差異基因相關(guān)的通路。我們篩選了上調(diào)和下調(diào)基因富集的**個(gè)通路(圖2B)。此外，我們使用GSEA研究SsD處理影響的信號(hào)通路(圖2C)。我們的數(shù)據(jù)顯示，SsD處理導(dǎo)致MYC靶點(diǎn)、E2F靶點(diǎn)和G2M檢查點(diǎn)信號(hào)級(jí)聯(lián)受到抑制。有趣的是，這些發(fā)現(xiàn)與FTO抑制劑和內(nèi)源性FTO的下調(diào)抑制的信號(hào)通路相一致。因此，SsD的抑制作用可能有助于FTO抑制細(xì)胞周期和增殖(圖2D-E)。此外，絕大多數(shù)通過FTO敲低而上調(diào)的信號(hào)通路對SsD富集，同樣，絕大多數(shù)被SsD抑制的信號(hào)通路也被FTO敲低而抑制(圖2F)。更重要的是，SsD介導(dǎo)的m6A相關(guān)基因的變化具有***的一致性(圖2G)。綜上所述，SsD可能參與了FTO介導(dǎo)的m6ARNA甲基化途徑。 也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。焦亡活化課題實(shí)驗(yàn)外包
進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)。二代測序課題
PTEN包含一個(gè)n端磷酸酶結(jié)構(gòu)域，它可以使脂質(zhì)細(xì)胞膜的一種成分——磷脂酰肌醇3,4,5-三磷酸(PI(3,4,5)P3或PIP3)去磷酸化。PTEN通過去磷酸化PIP3的D3位，拮抗磷脂酰肌苷3-激酶(PI3K)通路。PI3K通路調(diào)節(jié)多種細(xì)胞過程，包括細(xì)胞代謝、存活、增殖、凋亡、生長和遷移。這些基本的細(xì)胞過程，當(dāng)解除控制時(shí)，可以促進(jìn)或驅(qū)動(dòng)惡性表型。PTEN功能突變的體細(xì)胞丟失在多種人類**中被發(fā)現(xiàn)，包括乳腺*、子宮內(nèi)膜*、多形性膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、皮膚*和前列腺*。PTEN缺失是乳腺*中常見的事件，與加速進(jìn)展和不良預(yù)后密切相關(guān)。特別是PTEN的表達(dá)已經(jīng)被提出在人表皮生長因子受體2(HER2)過表達(dá)乳腺*中發(fā)揮重要作用。HER2是表皮生長因子受體家族的一員，具有酪氨酸激酶活性。它的過表達(dá)，在大約15-20%的乳腺*病例中觀察到，與侵襲性臨床行為和不良預(yù)后相關(guān)。曲妥珠單抗是一種與HER2胞外結(jié)構(gòu)域具有高親和力的單克隆抗體，是一種有效的***HER2陽性乳腺*患者的方法。二代測序課題
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)