1）circPDE4B在OA組織中表達較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數量**多的50個***調控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態(tài)學和熒光原位雜交實驗，結果顯示軟骨降解程度增加對應軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關。考慮到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達，發(fā)現IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調，因此可能參與了OA的進展。 circNDUFB2通過增強泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩(wěn)定性。推廣標書國家自然科學基金
1.下載GEO數據（./geo/）并進行預處理下載數據集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進行原始數據的合并和預處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針I(yè)D轉換為基因名。，這些數據可從CIBERSORT網站（CIBERSORT./）進行下載。使用CIBERSORT對表達文件的P值和均方根誤差進行計數，獲得免疫細胞收據，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進行結果的可視化。
3.免疫浸潤細胞分析對斑塊中浸潤的免疫細胞進行了相關分析，結果表明活化的肥大細胞和TFH細胞顯示出協同的作用。 推薦標書免費設計DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。
四、在體內和體外，NUPs的上調導致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集
為了檢測Nup上調對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(Nup62 OE)蠅線，并對內源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現細胞質聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外，核細胞質(N/C)分割進一步證實，與對照組相比，Nup62 OE動物的Tbph N/C比值***降低(圖4D和E)，表明Nup62的上調改變了Tbph在體內的亞細胞定位。
然后使用單細胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細胞的轉錄譜（Fig. 4G）。使用pseudobulk RNA-seq分析和預轉移體外培養(yǎng)的基因比較，生成了持續(xù)細胞的基因標記，其標志是記憶相關基因(Sell，Foxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達和效應相關基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(Fig. 4H-I)。對先前的體外單細胞數據（Fig. 2H-J）的進一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續(xù)性特征的細胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig. 4J-K）。這些數據表明，抑制CDK4/6促進T細胞向真實的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。
此外，流式細胞儀分析證實，第 7 天胰腺中CD11b + F4/80 + CD206 +巨噬細胞顯著減少，這與免疫熒光數據一致。在總 CD11b +單核細胞/巨噬細胞中，成熟巨噬細胞 (F4/80 + MHCII hi ) 減少，而未成熟巨噬細胞 (F4/80 mid MHCII - ) 在第 7 天增加，此時胰腺巨噬細胞在 ADM 階段（第 3 天）短暫消耗。F4/80 mid MHCII -巨噬細胞表達更高水平的 CCR2 和 TNFα，表明它們與炎癥單核細胞（CD11b + Ly6C hi CCR2 +）分化并可能導致組織損傷。上述結果表明，ADM期胰腺巨噬細胞的耗竭（以M2樣表型為主），將觸發(fā)炎性單核細胞再次流入胰腺，從而在第7天造成組織損傷。在786-O和A498細胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實了這一關系.項目標書分子生物學實驗
TRIM25是介導IGF2BPs泛素化的E3連接酶。推廣標書國家自然科學基金
在結直腸*組織和細胞中鑒定出circMYH9
為了識別潛在的差異表達的circRNA，從GEO數據庫中篩選了可能在CRC和*旁組織中差異表達的circRNA。共檢測到8個下調的circRNA和237個上調的circRNA。然后，通過微陣列分析進一步分析3對CRC和*旁組織中的circRNA表達譜，92個circRNA上調，85個circRNA下調。數據庫中的237個上調circRNA與微陣列中92個上調circRNA相交，鑒定出9個重疊的circRNA。在9個circRNA中，hsa_circ_0092283，也稱為circMYH9，起源于MYH9基因，由內含子37的頭尾剪接組成。由于circMYH9與其他8個circRNA相比顯著上調，選擇它進行進一步研究。qRT-PCR分析表明circMYH9可以通過cDNA中的不同引物進行擴增，并且在基因組DNA（gDNA）組中沒有觀察到其他產物。此外，circMYH9對RNaseR具有抗性，而MYH9mRNA可以被RNaseR降解。然后，通過Sanger測序證實了circMYH9的RT-PCR產物。 推廣標書國家自然科學基金
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗