piRNA-30473通過調控WTAP的表達介導m6A的甲基化
為了進一步探討piRNA-30473在DLBCL中轉錄組調控中的作用，我們在轉染antiagomir-30473后48h檢測m6A整體甲基化水平。結果顯示，轉染antiagomir-30473的細胞總體m6A水平降低(圖3A,3B)。METTL3,METTL14,WTAP,FTO和ALKBH5是關鍵的m6A甲基轉移酶或去甲基化酶，它們的失調可能導致DLBCL中m6A修飾譜異常。結果發現，抑制piRNA-30473降低了WTAP的表達(圖3C,3D)，而其他蛋白表達無明顯差異。同時，免疫共沉淀表明，antiagomir-30473處理降低了WTAP與METTTL3和METTTL14的相關性(圖3E)。接下來為了證明piRNA-30473在WTAPmRNA中是否存在結合位點，作者先使用miRNA特異性靶檢測算法確定假定的結合位點(圖3F)，后續實驗結果證明，piRNA-30473通過與WTAP的3’-UTR結合，降低了WTAPmRNA的衰減，進而增強了mRNA的穩定性(圖3G,3H)。 ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布。醫學科研課題動物模型構建
細胞間的相互作用在**進展和轉移中發揮關鍵作用。目前關于這些**細胞是如何與其他細胞相互交流的仍有很多是未知的。**釋放的外泌體被認為是**進行細胞間溝通的有效介質。Dong等探索了肝細胞*（HCC）外泌體在其轉移和預后價值中的功能。本文于2021年6月發表在《Signal Transduction and Targeted Therapy》期刊上，IF：13.493。
1、外泌體的分離與鑒定以及HCC細胞的釋放和吸收
使用投射電子顯微鏡觀察了外泌體的形態和形狀；納米粒子**分析發現外泌體直徑在40-200nm之間，并且在6個HCC細胞系外泌體中都檢測到了外泌體標志物CD63，CD9，和Alix的表達；然后使用DIO標記高轉移性HCC細胞的外泌體（HMH-exo）和低轉移性HCC細胞外泌體（LMH-exo），在激光掃描共焦顯微鏡下觀察到綠色標記的HMH-exo和LMH-exo都可以被低轉移性HCC細胞細胞系有效吸收（圖1）。這些結果表明已經成功分離和純化HCC來源的外泌體并且他們可以被其它HCC細胞吸收。 課題地區科學基金我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達譜。
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進行運輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發生會增強*細胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發**。
1、Meta-GWAS分析
收集三組GWAS數據用于meta分析，確定了35個基因區域中36個**的基因突變（p<5×10?8）。接下來，分析SNP200kb內與AD***相關(p<10-5)的突變，篩選獲得PRKD3/NDUFAF7,SHARPIN,CHRNE,PLCG2,APP6個基因，這6個基因都存在于AD發病***相關的突變。
2、多基因風險評分（PRS）
為了評估AD遺傳景觀的穩健性和綜合效應，基于39個遺傳變異（不包括APOE基因型）構建了一個加權PRS。
接下來測試了RPS與臨床診斷的關聯。PRS與臨床診斷的AD病例的關聯與病理證實的AD的關聯相似；在伴隨的腦部病變（除AD之外）存在的情況下PRS與AD相關；在不同性別中，RPS與AD的相關性無差異，并且在早發型、晚發型中效果一致。
3、PRS有可能及早識別有風險的受試者
使用12,386例樣本分析RPS能否識別早發型AD（AAO），結果表明，PRS與APOE基因型相結合，可能對AAO進行有效的預測。
人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達
為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs，收集3對PTC*組織和*旁組間，用于高通量測序，其結果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫，并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段，其中594個片段只存在于**組織，136個只存在于*旁組織（圖1A-B）。成分分析顯示，**中tiRNAs的數量遠超*旁組織，而tRFs則主要存在于*旁（圖1C）?；鹕綀D可以看出5個在**組織中***上調的tRN**段：5’-tiRNA-Gly-GCC，5’-tiRNA-Lys-CTT，5’-tiRNA-Glu-CTC，5’-tRF-Val-CAC，pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260，1293，1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC，tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。 提供***科研設計咨詢及輔助實驗。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標志物的數據庫，包括四種主要類型的分子生物標記（化學，蛋白質，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標記類別（診斷，預測，預后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標志物名稱和同義詞，相關條件或病理，詳細的疾病描述，詳細的生物標志物描述，生物標志物特異性，敏感性和ROC曲線，標準參考值（對于蛋白質和化學標志物），變體（對于SNP或遺傳標志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質標記），分子結構（用于蛋白質和化學標記），組織或生物流體來源（用于蛋白質和化學標記），染色**置和結構（用于遺傳和核型標記），臨床批準狀態和相關文獻參考。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。鐵死亡課題協同創作
上海英拜提供課題外包服務。醫學科研課題動物模型構建
目前，PROTAC-DB包括1662個PROTAC，202個彈頭（靶向目標蛋白質的小分子），65個E3配體（能夠募集E3連接酶的小分子）和806個接頭，以及它們的化學結構，生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外，PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力，結合親和力和細胞活性。
數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索，作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上，PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式，只需輸入單個術語，如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索，用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導入自編輯的分子后，可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中，利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度?？梢赃x擇數據集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進行搜索。
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗