四、atm依賴性PTEN磷酸化缺失的細胞中G1/S細胞周期檢查點受損
對表達PTEN-WT或PTEN-398A的MCF10A細胞進行了cDNA微陣列分析，并用順鉑誘導基因毒性應激。差異表達基因列表采用基因**富集分析[39]進行分析。有趣的是，表達PTEN-398A的細胞中上調的基因與G1/S檢查點的***有關，如G1/S期特異性轉錄、E2F靶標、Rb1通路控制的細胞周期調控基因等推測表達PTEN-398A的細胞對基因毒性脅迫的抗性可能是由于未能阻止細胞周期以應對DNA損傷。為了測試這種可能性，測量了表達野生型或突變PTEN的同步細胞在細胞周期阻滯在G1/S檢查點的能力，以應對DNA損傷。在表達PTEN-WT或PTEN-398A的正常周期細胞中，G1、S、G2/M期細胞比例沒有明顯差異(圖4A)。
IGF-1信號在Pex誘導的肝纖維化中起重要作用。壞死性小腸課題協同創作
2、MAO-A直接調節TAM極化并影響TAM相關的T細胞抗**活性
為了確定MAO-A是否直接調節免疫細胞，進行一個骨髓（BM）轉移實驗，從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細胞被連續轉移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中，然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細胞接種（圖2a）。在本實驗中，MAO-A缺乏的比較***于免疫細胞。結果顯示免疫細胞中MAO-A缺陷導致**生長抑制（圖2b-c），改變TAM極化（圖2d-f），增強**浸潤CD8+T細胞***，表明MAO-A直接調節免疫細胞抗**活性，特別是TAM極化和T細胞抗**反應。 TRF課題實驗外包也是***PDAC肝轉移的潛在靶點。
二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎
DH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認為是決定干細胞命運的調節因子15。類似地，G蛋白偶聯受體12(GPR12)在原始亞型中上調，已知在干細胞維持和**干細胞的體細胞重編程中發揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達增加，據報道它是WNT信號通路的調節因子，只在造血干細胞祖細胞中表達。鋅指蛋白521(ZNF521)是一種轉錄因子，其在人類白血病細胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達。CD163是一種免疫調節劑，是巨噬細胞清清體受體家族的成員，已知在單核細胞系的AML細胞中表達。在committedcluster中其他基因的高表達包括免疫相關基因，如C1QA,CD14和MARCO。msl1基因，一種已知的白血病干細胞增殖抑制因子，也在committedcluster中高表達。我們通過qPCR驗證了關鍵基因的差異表達(圖2B)。使用基因**富集分析(GSEA)，在committed亞型中，免疫反應通路如干擾素-γ介導的信號通路、GPCR信號通路和toll樣受體(TLR)信號通路上調(圖2C,D,SupplementaryFigs.16,18，與FLT3-ITD和DNMT3A突變的弱相關性一致。
近日，美國圣路易斯華盛頓大學醫學院Yoshiharu Muto教授等在Nature communications發布了Single cell transcriptional and chromatin accessibility profiling redefine cellular heterogeneity in the adult human kidney的研究論文。文中，作者采用單細胞核轉錄組snRNA-seq和單細胞核染色質可及性snATAC-seq技術，對5個健康成人（50歲到62歲，男性(n = 3)和女性(n = 2)）腎臟樣本進行檢測。此文揭示腎臟內獨特的細胞狀態，并重新定義近端小管和粗升肢的細胞異質性。完善的實驗平臺提供可視化的建模服務。
8、CXCL13/CXCR5/NFκB/p65/miR-934正反饋環路在CRLM期間介導M2巨噬細胞和CRC細胞之間的相互作用
如Fig.8a所示，WB顯示，與對照組相比，SW480和RKO細胞中，CXCL13促進p65磷酸化，NFκB、MMP2和MMP9的表達上調而IκBα的表達下調。CXCR5表達下調可部分減弱CXCL13的增強作用。此外，PMA處理的THP-1細胞用miR-934mimics預處理，然后與SW480細胞或RKO細胞與anti-CXCL13抗體共培養，或與shCXCR5共培養。我們發現CRC細胞中的anti-CXCL13抗體或CXCR5敲低可以抑制miR-934過表達誘導的NFκB信號通路的活化（Fig.8b）。值得注意的是，helenalin抑制NFκB/p65信號后，SW480和RKO細胞中miR-934、MMP2和MMP9的表達***低于對照組（Fig.8c），這表明miR-934也可能通過正反饋回路被NFκB/p65信號正調控。 caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。RNA甲基化課題一站式
ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。壞死性小腸課題協同創作
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發現CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。western blot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，western blot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6- kd Pex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F)、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發揮了重要作用。壞死性小腸課題協同創作
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗