四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性
為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細胞亞群中表達(圖4c)。在snATAC-seq數據集的umap圖上進行TAL的亞聚類，劃分三個亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點圖顯示每個TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點的直徑對應于檢測到的基因活性的細胞比例，斑點的密度對應于相對于所有細胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來識別區分厚升肢細胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對這些DAR進行轉錄因子motif富集(圖4g)。 專注于生命科學內的前沿研究。河北科研國家自然科學基金
隨后，通過進行spearman分析，研究了所有三組循環代謝產物豐度與腸道微生物群之間的聯系，以測試33個屬與52個代謝產物之間的關聯，其中有11個代謝物與各屬均無***相關(圖7A)。其余甘油磷脂類只與一兩種屬相關，而多不飽和脂肪酸(8-HETE, 8,9 - DiHETrE, 20-羥基二十甲酸)與至少7個屬***相關。此外，血清水蘇糖與瘤胃球菌1或2之間的相關性表明，PCOS大鼠血清水蘇糖水平降低與瘤胃球菌1豐度降低和瘤胃球菌2豐度增加有關(圖7B-C)。當tempol干預改變瘤胃球菌_1和_2的豐度時，PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。空間轉錄組學科研歡迎咨詢英拜注重客戶的隱私。
YTHDC2抑制胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
通常在具有高致瘤特性的**中觀察到代謝活性。為了研究YTHDC2對代謝物的影響，進行了代謝組學分析，比較了具有低和高YTHDC2表達（的LUAD標本。GSH代謝是確定的前20條KEGG途徑之一。在顯著改變的代謝物中，與YTHDC2高**相比，在YTHDC2低**中觀察到胱氨酸增加了3.975倍。此外，觀察到YTHDC2與細胞內胱氨酸之間呈負相關。這些數據表明YTHDC2減少細胞內胱氨酸。為了驗證YTHDC2是否降低了胱氨酸攝取，我們培養了具有高(pHY#1-8)或低(pLY#1-8)YTHDC2表達水平的原代患者來源的LUAD細胞。L-14C-胱氨酸攝取測定結果表明，YTHDC2通過其YTH結構域抑制了H1299和H1975細胞產生的異種移植物、小鼠形成的LUAD和患者來源的LUAD細胞中的胱氨酸攝取。已顯示CHAC1mRNA水平的上調表明胱氨酸攝取受損。事實上，觀察到YTHDC2增加了CHAC1mRNA水平。
4、LncHrt改善心肌梗死后心臟代謝穩態
通過RNA-seq分析發現LncHrt在MI后調控代謝過程，因而作者思考LncHrt如何在心臟重構和應激反應中緩解心臟代謝應激，改善代謝表型。研究發現，LncHrt敲除導致線粒體的氧通路增強，脂肪酸氧化***提高，氧化磷酸化增加，呼吸作用復合體增加。這些研究表明心臟LncHrt過表達改善心肌梗死后心臟氧化磷酸化代謝能力。此外，考慮到MI后氧氣供應減少，葡萄糖利用代謝轉變，作者檢測了葡萄糖關鍵酶蛋白HK1，PGK1，和能量代謝酶CS，IDH2的表達。結果顯示，他們的表達在LncHrt過表達后***上調。此外，LncHrt過表達也***增加了ATP水平。而敲除LncHrt則導致線粒體氧代謝的指標***下降。總之，這些結果表明LncHrt能保持心肌代謝穩態，改善心肌梗死后的心功能。 英拜有一支高精尖的團隊。
在DMF誘導的HIF-2α介導的細胞死亡中，活性氧積累和鐵毒性是必不可少的
添加半胱氨酸前體n-乙酰半胱氨酸(NAC)的生長培養基挽救了含或不含FG4592DMF處理的HCT116和SW480細胞的死亡和活力。在DMF處理和維持缺氧的細胞中也觀察到類似的結果。FG4592或單獨的缺氧處理增加了ROS，這是通過細胞滲透的2,7-二氯二氫熒光素二醋酸酯(H2DCFDA)評估的，它被用作ROS的指標。與DMF的協同處理增強了ROS生成的增加，而NAC可以挽救ROS生成。為了證實對氧化細胞死亡的敏感性是由HIF-2α介導的，利用了shRNA介導的HIF-1α和HIF-2α敲低細胞。HIF-2α敲低細胞中的ROS水平***降低，表明DMF處理后HIF-2α在ROS產生中的作用。由于HIF***會導致線粒體代謝的變化和ROS的產生，作者分析了DMF或FG4592處理是否會引起線粒體代謝物池的變化。然而，線粒體代謝物水平未見***變化，表明HIF-2α通過其他機制影響細胞ROS。由DMF和FG4592介導的細胞死亡在低鐵和對照培養基中被挽救。總之，這些數據表明，鐵毒性通過HIF-2α和氧化應激脆弱性的機制。 英拜的高通量測序服務質量。空間轉錄組學科研歡迎咨詢
大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。河北科研國家自然科學基金
3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調IL-6和IL-10
據報道，DRD2可調節M1的極化。結果顯示，在DRD2表達水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤增加，M2Mφ的浸潤減少(圖3A)。為進一步研究DRD2對TAMs的調控作用，構建了BrCa與Mφ共培養體系。當Mφ與表達DRD2的BrCa細胞共培養時，qRT-PCR顯示M1表型標記增加，M2Mφ標記下調(圖3B-C)。qRT-PCR也證實了載體轉染的BrCa細胞將Mφ調節為M2型(圖3C)[12]。WB結果顯示，表達DRD2的BrCa細胞上調M1標記iNOS，下調M2標記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達DRD2的**細胞共培養后，Mφ表現為M1表型(圖3E)。上述結果表明，BrCa中的DRD2具有將Mφ重新編碼為M1表型的能力。為了探索使Mφ向M1表型分化的關鍵調控因子，我們進行了細胞因子陣列分析。結果表明，TNF-α和兩種誘導M1極化的經典細胞因子IFNγ均未增加。而與Mφ共培養后，DRD2***下調IL-6和IL-10(圖3F)。分析熒光值，進一步證實IL-6和IL-10下調(圖3F)。因此，DRD2可以將Mφ重新編碼為M1表型，并在crosstalk過程中***下調IL-6和IL-10。 河北科研國家自然科學基金
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