1.核糖體印跡與多聚核糖體分析證據
mRNA的翻譯是由核糖體進行的，它可以在主動翻譯的mRNA中形成多聚核糖體（Polysome）。因此，與核糖體/多核糖體的結合可以作為可翻譯circRNA潛力的強有力的預測證據。數據庫整合了已發表的核糖體印跡（RibosomeProfiling）分析數據和多聚核糖體分析（PolysomeProfiling）數據，挖掘分析circRNA與核糖體的關聯。
2.翻譯啟動站點（TIS）
GTI-seq已實現了接近單核苷酸分辨率的翻譯起始密碼子的全景圖，揭示了整個人類轉錄組中數千個TIS密碼子的明確**。數據庫基于GTI-seq的TISdb數據用作支持circRNAs翻譯的間接證據，這也與潛在的ORF相關。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。單細胞相關課題科研推薦咨詢
7.質譜/蛋白質組學證據
質譜法是準確鑒定和表征蛋白質的重要方法。已經進行了數個大規模質譜實驗來研究人類蛋白質組，但是即使考慮蛋白質的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產物。作者通過設計新的分析流程，從蛋白質譜數據中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質譜圖，這些質譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性ORF 江蘇科研服務價格巨噬細胞表型協調急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復再生。
在皂苷處理的MCF-7細胞中，觀察到內源性INPP4B與HARab7WT或HA-Rab7Q67L共同定位于cd63陽性的晚期核內體(圖3e)。HA-Rab7T22N是一個不定位于晚期核內體的顯性陰性突變體(補充圖3f)，它的表達也阻止了內源性INPP4B的募集(圖3e)，表明活性的gtp結合的Rab7是INPP4B亞細胞定位到晚期核內體所必需的。 GFP-INPP4B***提高了細胞內PI(3)P水平(1.8倍)(圖3f)，PI(3,4)P2也存在于早期和晚期核內體。表達INPP4B shrna的MCF-7細胞顯示出更明顯的細胞內PI(3,4)P2斑點，表明INPP4B缺失抑制PI(3,4)P2在核內體上的降解，導致其積累(圖3g)。GFP-INPP4B沒有改變PI(3) p陽性早期核內體的比例，但***增加了PI(3) p陽性晚期核內體的比例(1.7倍)(圖3h, i)。
MT2受體可能參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用
為了闡明褪黑素的保護TBI作用是否依賴于褪黑素受體，首先確定了TBI后褪黑素受體（MT1和MT2）的表達模式。從12小時到14天觀察到皮質MT1和MT2表達顯著降低。此外，褪黑素可在24小時顯著改善褪黑素***的TBI小鼠大腦中MT1和MT2的損失。為了確定褪黑素的受體是否參與褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用，當用Luzindole（褪黑素受體拮抗劑）或4P-PDOT（一種選擇性MT2受體拮抗劑）預處理小鼠時，我們發現用Luzindole和4P-PDOT進行的預處理均消除了TBI后24小時褪黑素對MT1和Cox2表達的影響。值得注意的是，用4P-PDOT預處理消除了褪黑素對MT2表達和GSH含量的修復作用，以及褪黑素對xCT和4HNE的影響。本研究的數據表明，MT2受體是主要的褪黑素受體亞型，可能參與了褪黑素對TBI引起的鐵死亡的保護作用。 這些數據表明大黃酸***可以改善DSS誘導的結腸炎。
五、NF-κB調節表達VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細胞，VCAM1的表達和染色質可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(圖5a)。我們的單細胞研究估計PT_VCAM1占總細胞數的2%，近端小管上皮細胞數的6%。我們還證實，在LTL+ PT細胞中，VCAM1+小管細胞占4.19 1.58%，而在腎皮質的UMOD+ TAL細胞中，VCAM1+細胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達，但我們*通過AQP1對腎臟切片進行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(圖5c)。這些數據表明，VCAM1+小管細胞大部分位于皮質內近端小管內。與VCAM1+ PT細胞相比，有少數dTL小管表達VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細胞亞群表達CD24或CD133(圖5d)。 降低腸上皮細胞尿酸的產生。空間轉錄組學科研省自然科學基金
大黃酸可以改變腸道菌群組成。單細胞相關課題科研推薦咨詢
CircMYH9表達在CRC組織中上調并預測預后不良
qRT-PCR和FISH檢測CRC組織中的circMYH9表達水平，顯示CRC組織中的circMYH9表達高于**周圍組織。然后，檢查了148例CRC病例中circMYH9表達與臨床病理結果的相關性。circMYH9水平與**大小、遠處轉移、淋巴結轉移、TNM分期和p53狀態顯著相關。circMYH9低表達患者的無復發生存率（RFS）高于高表達患者，風險比為0.593。此外，circMYH9高表達患者的總生存率（OS）顯著低于circMYH9低表達患者，風險比為0.547。 單細胞相關課題科研推薦咨詢
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗