7）USP35敲除增強肺*細胞的化療敏感性
鑒于USP35在肺*細胞中的高表達及其在調節鐵死亡中的作用，我們**終評估了USP35沉默是否能使肺*細胞對化療藥物敏感。如圖9A-C所示，USP35缺乏的H460和H1299細胞在體外對DDP和PTX的毒性作用更敏感，細胞活力和定殖的降低證明了這一點。相應地，接種USP35缺陷*細胞的荷瘤小鼠經DDP或PTX***后**體積和重量均減少(圖9D，E)。酪氨酸激酶抑制劑(TKI)已成為常規化療的替代藥物，并為肺*患者提供了***的生存益處。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。snoRNA課題基礎實驗外包
三、原始表型和染色質可及性
雖然基因表達反映了細胞身份的活躍狀態，但順式調節元件(cre)，包括啟動子和增強子，是決定細胞命運的潛在因素。因此，我們研究了npm1突變的AML樣本是否也會根據其順式調控景觀分層為原始和committed的集群。使用轉座酶可達染色質測序(ATAC-seq)可達染色質區域，以CREAM方法鑒定的**為重點，根據表達譜對AML樣本進行聚類，但有一個例外(圖3A)。我們的研究結果表明，啟動子區形成了**(啟動子:FDR = 11%，基因間:FDR = 2%;圖3B、C及補充圖19)。RUNX和GATA家族成員HOXC9和CTCF的dna結合位點基模只富集在原始亞型的COREs中，提示可能存在調控原始亞型基因的因素(圖3D，補充數據3).對承諾亞型中***可獲得的**進行基序富集分析，確定了CEBP、ATF家族成員、OCT2、IRF2、NFkB-p65、ESRRB和EGR2識別的共識序列，提示它們在committed亞型中可能發揮的作用(圖3D)補充數據。 課題整包課題分子生物學ATM對PTEN的磷酸化驅動細胞周期進程。
研究了磷脂酰肌醇3,4,5磷酸(PIP3)在DNA損傷后的細胞定位。將MCF10A細胞按上述方法同步輻照，免疫熒光法分析PTEN的亞細胞分布。PTEN-WT和PTEN-398A蛋白在細胞核和質膜穩定定位(圖6A, B)。經過IR處理后，PTEN-WT在質膜上積累(圖6A, B)。相比之下，在這些條件下，沒有檢測到PTEN-398A蛋白的重新定位(圖6A, B)。B).我們通過細胞分離和膜相關PTEN的免疫印跡分析進一步證實了這些結果(圖6C, D)。這些結果表明，ATM對PTEN的磷酸化導致PTEN在質膜上重新分布，這與AKT通路***減少有關
5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質細胞線粒體呼吸和ATP的產生來促進線粒體代謝的損傷，從而促進氧化應激
我們研究了AD期間NOX4升高誘導受損星形膠質細胞氧化應激的潛在分子機制。與對照組相比，NOX4過表達***抑制了OCR的基礎水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調對人類星形膠質細胞線粒體呼吸途徑調控的分子靶點。我們分析了包括NADH在內的5種線粒體ETC蛋白復合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對照組相比，NOX4過表達***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復合物的蛋白水平并***減少ATP的產生(圖5D)。免疫熒光染色顯示，與對照組相比，NOX4的升高導致線粒體碎裂，并***增加了線粒體碎裂的細胞數量(圖5G)。這些結果表明，NOX4的升高通過抑制人類星形膠質細胞線粒體呼吸和ATP的產生，從而損害線粒體代謝，從而促進氧化應激。 進一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細胞對基因毒性損傷的反應。
m6A RNA甲基化是mRNA轉錄后**常見的內部甲基化。這是一個由m6A WER系統控制的可逆過程，由書寫器(W)、擦除器(E)和閱讀器(R)組成，而m6A甲基化的**終結果取決于特異性閱讀器的識別并結合。目前研究發現抑制肺腺*(LUAD)與m6A閱讀器YTHDC2相關。該研究2021年1月發表在《Redox biology》，IF：11.799的期刊上。
1.YTHDC2表達在LUAD中被抑制，且與臨床預后差相關
為了驗證m6A閱讀器在肺*的表達，作者通過GEPIA數據庫分析了LUAD中已知的閱讀器，包括YTHDF1/2/3、YTHDC1/2、HNRNPA2B1、HNRNPC/G、eIF3A、FMR1和IGF2BP1/2。如圖1A和B顯示，與正常肺相比，LUAD中YTHDC2、IGF2BP2表達下調，而結合Oncomine數據庫和Kaplan-Meier圖譜進一步分析，發現較低的YTHDC2與LUAD患者較差的總生存率相關(圖1D)，這證實了YTHDC2與LUAD存在負相關的關系。 ***ATM對PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。HE染色課題實驗外包
有肝轉移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達明顯高于無肝轉移的PDAC患者。snoRNA課題基礎實驗外包
5）下調STK39可抑制乳腺*細胞EMT、遷移和侵襲為了進一步研究STK39在乳腺*中的作用，我們在MDA-MB-231和MDA-MB-157細胞中建立了STK39敲低的克隆。我們使用兩個**的shRNA實現了內源性STK3980-90%的敲除效率。在這兩個克隆中，STK39敲低增加了CDH1的水平，下調了N-cadherin的表達。STK39的缺失***增加了上皮標記物的mRNA表達水平。免疫熒光分析也提示CDH1上調，N-cadherin下調。STK39基因敲除極大地抑制了這些細胞的遷移和侵襲能力)。STK39敲除的克隆中SNAI1的表達在很大程度上恢復了STK39消融誘導的效應。此外，TGF-β1處理誘導MCF10A細胞EMT并***SNAI1表達。STK39缺失***抑制EMT和SNAI1的表達。綜上所述，STK39在很大程度上以SNAI1依賴的方式增強乳腺*轉移。snoRNA課題基礎實驗外包
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6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗