2）整合單核RNA和ATAC數據集，用于預測和驗證ATAC細胞類型分配
snATAC-seq捕獲單個細胞的染色質可及性特征。相對而言，我們對細胞類型特異性染色質可及性圖譜的了解較少;因此，我們利用注釋snRNA-seq數據集使用標簽轉移來預測使用Seurat的snATAC-seq細胞類型。標簽轉移是通過從snATAC-seq數據創建一個基因活性矩陣來進行的，這是一種衡量蛋白編碼基因的基因體和啟動子內染色質可及性的方法。在參考snRNA-seq數據集和查詢基因活性矩陣之間識別轉移錨點，然后分配預測的細胞類型。snATAC-seq預測分數的分布表明，絕大多數細胞具有較高的預測分數，并被自信地劃分為單細胞類型(補充圖2)。 英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務的公司之一。醫學相關科研分子生物學實驗
非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結果嚴重的炎癥性疾病。肝細胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學中已被證實。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細介紹了2021年4月發表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達上調。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過表達Caspase-11促進脂肪性肝炎。服務科研METTL14上調促進胰腺*生長和轉移。
一、在pik3a突變的ER+乳腺*中，INPP4B的表達增加
INPP4B被確定為人類乳腺*er陽性標記物.INPP4B在三陰性乳腺*中表達缺失，然而，它作為其他**中潛在的致*基因的出現，促使我們檢測其在ER+乳腺*中的相對表達和功能。INPP4B蛋白表達缺失與三陰性乳腺*相關(圖1a, b) 增加INPP4B蛋白表達在14 40%的乳腺*相對于正常組織與ER / PR-positivity和腔內(ER +和/或PR+)乳腺*亞型(圖1 a, b和補充圖1 b, c)。在mRNA表達數據不能用于這些cohorts使用組織掃描乳腺*cDNA陣列I IV (OriGene)檢測130例原發人類乳腺*和16例正常乳腺組織的INPP4B mRNA表達(圖1c)。INPP4B表達降低與三陰性乳腺*相關，而***增加的INPP4B表達在25%的乳腺*中與ER/ propositivity和luminal亞型相關(圖1c, d和補充圖1d, e)。使用METABRIC和TCGA數據集，我們發現只有1%的乳腺*表現出INPP4B基因改變，如突變、截斷、擴增或缺失。INPP4B mRNA表達與PTEN或AKT1突變無關，但與pik3a突變狀態正相關(圖1e和補充圖1f)。在PIK3CA多突變的乳腺*中，INPP4B的表達也***升高(補充圖1g)。進一步分層研究發現，INPP4B高表達與pik3c突變ER+乳腺*亞型特異性相關(圖1f)。
四、在體內和體外，NUPs的上調導致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集
為了檢測Nup上調對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(Nup62 OE)蠅線，并對內源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現細胞質聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外，核細胞質(N/C)分割進一步證實，與對照組相比，Nup62 OE動物的Tbph N/C比值***降低(圖4D和E)，表明Nup62的上調改變了Tbph在體內的亞細胞定位。Nup62表達引起的Tbph的錯位和聚集也讓我們檢測了Nup62表達是否影響Tbph的溶解度。 **近科研技術的開發。
六、改進分選策略以分離胚胎HSCs/MPPs
研究者基于細胞表面標記設計了一種針對HSCs / MPP的新的熒光***細胞分選策略（簡稱CD-REF），使用CD-REF分選板對股骨BM細胞進行分選，結果顯示標記為HSCs / MPP和HSCs / MPPs-Cycle簇的CD-REF細胞約占88％。為了評估CD-REF細胞譜系輸出的分化潛力和穩健性，研究人員在小鼠MS5飼養層或更具生理相關性的人類胎兒間充質干細胞（fMSCs）上對三個胎兒的單個細胞進行了分選，結果顯示MS5和fMSCs上分別存在著四系、三系、雙系、單系和未分化的譜系集落。接下來，又對單個CD-REF和免疫表型HSCs進行了分類，結果顯示CD-REF在胎兒肝臟和骨髓中富集了多譜系輸出的細胞群，且CD-REF細胞具有與表型HSCs相當的多潛能性和譜系輸出能力，這與前述分化軌跡探究一致，再次驗證CD-REF**了高富集的HSC/MPPs群體。 大黃酸能緩解D。SS誘導的小鼠慢性結腸炎。內蒙古科研免費設計
英拜跟客戶形成產學研合作模式。醫學相關科研分子生物學實驗
snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調控過程中起著重要作用，如細胞存活和細胞增殖的調控,由snoRNAs產生的sno-miRNAs產生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個被報道能夠被降解成短片段snoRNAs，它是通過與Ago蛋白的相互作用被發現的，而Ago作為miRNARISC復合物的成員，這就表明ACA45的進一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產生的20-22nt的短片段RNA的作用機制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調控，snoRNA來源的miR-605被報道能抑制MDM2蛋白合成，從而促進抑*基因P53的表達（圖4）近期報道發現11個C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達[12]。在***的研究中snoRNAs進一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs)，通過對來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數據集的綜合分析，研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜，結合多個臨床相關特征上的特征，特別是**免疫和臨床結果。大量的sdRNAs與**免疫微環境特征***相關，如免疫抑制標志物、CD8+T細胞浸潤、細胞溶解性T細胞活性、**血管組織等[13]。 醫學相關科研分子生物學實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗