Fn***的CRC細(xì)胞外泌體蛋白的鑒定和功能分類為了篩選Fn-Ex攜帶的特異性蛋白，用蛋白質(zhì)組學(xué)方法研究Fn-Ex和Ex的差異蛋白表達(dá)譜。Venn圖分析顯示兩組間有197個(gè)蛋白重疊。Fn-Ex攜帶187個(gè)特異蛋白，其中85個(gè)Fn蛋白和102個(gè)細(xì)胞蛋白(圖7A)。KEGG通路分析顯示，核糖體、趨化因子信號通路和mTOR信號通路在這些蛋白中富集(圖7B)。眾所周知，趨化因子信號通路參與**轉(zhuǎn)移。我們進(jìn)一步選擇了三種具有趨化因子信號通路的蛋白，通過免疫印跡法進(jìn)行驗(yàn)證。如圖7C，與Ex相比，IL-8、CXCL1和RhoA在Fn-Ex中富集更多。英拜的員工福利待遇很好。豐度科研省自然科學(xué)基金
FOXO1調(diào)節(jié)CCL20的表達(dá)此前的研究表明，TNF-α刺激FOXO1過表達(dá)會***放大NF-κB依賴的CCL20的產(chǎn)生。此外，CCR6是CCL20的受體，在多種髓細(xì)胞系表達(dá)，包括巨噬細(xì)胞。所以進(jìn)一步研究FOXO1是否影響CCL20的表達(dá)，結(jié)果顯示在FOXO1(+)的**細(xì)胞中CCL20上調(diào)表達(dá)，干擾FOXO1則CCL20的表達(dá)下調(diào)（圖3A-D）。4、FOXO1(+)的**細(xì)胞通過CCL20分泌促進(jìn)M2巨噬細(xì)胞募集作者發(fā)現(xiàn)當(dāng)與FOXO1(+)的**細(xì)胞孵育后M2巨噬細(xì)胞的遷移***增加了（圖3E）。隨后用CCL20的重組蛋白處理M2巨噬細(xì)胞發(fā)現(xiàn)其遷移也***增加，但是使用CCL20的抗體預(yù)處理后則M2巨噬細(xì)胞的遷移降低了。與此一致，干擾FOXO1(+)的后M2巨噬細(xì)胞的遷移也***下降（圖3E-G）。這些結(jié)果表明FOXO1是通過分泌CCL20介導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞遷移。豐度科研省自然科學(xué)基金上海英拜生物設(shè)有專業(yè)的武漢技術(shù)中心。
靶向NRF2和GPX4導(dǎo)致肺*球體中大量細(xì)胞死亡鑒于球體細(xì)胞表現(xiàn)出更高水平的脂質(zhì)過氧化，作者觀察到NRF2下調(diào)增加GPX4的表達(dá)，球體內(nèi)外細(xì)胞可能具有不同的氧化應(yīng)激能力，用ML210處理NRF2敲除的球體導(dǎo)致球體內(nèi)部和外部細(xì)胞死亡（圖A，B）。接下來研究了NRF2下調(diào)聯(lián)合GPX4活性***在3D培養(yǎng)中是否具有特異性致死性，或者這種組合在2D培養(yǎng)條件下是否也對細(xì)胞具有致死性，發(fā)現(xiàn)A549細(xì)胞即使在2D培養(yǎng)條件下無基因操作也對ML210敏感，而H1437、H520和SK-MES-1細(xì)胞不太敏感或不敏感（圖C，左圖）。在2D培養(yǎng)中，NRF2下調(diào)使A549、H1437、H520和SK-MES-1細(xì)胞對ML210輕微敏感（圖C，左圖）。在3D培養(yǎng)中，shNRF2的誘導(dǎo)使細(xì)胞對ML210更敏感（圖C，右圖）。在2D和3D培養(yǎng)條件下，與Fer-1共同處理可完全挽救對ML210的敏感性（圖D，E）
基于生物信息學(xué)分析的預(yù)測結(jié)果，我們發(fā)現(xiàn)miR-1246/92b- 3p/27a- 3p可以直接靶向GSK3βmRNA的3’-UTR，并且這種關(guān)聯(lián)在物種間高度保守。我們進(jìn)一步生成熒光素酶報(bào)告質(zhì)粒，該質(zhì)粒在GSK3β的3’-UTR內(nèi)含有野生型(WT)或突變型miR-1246/92b- 3p/27a-3p結(jié)合位點(diǎn)(圖5A-C)。如圖5D-F所示，miR-1246/92b-3p/27a-3p模擬物和Fn- Ex或抑制劑******或增加了含有GSK3βWT 3’-UTR的報(bào)告基因的熒光素酶活性，但在突變細(xì)胞株中未觀察到***作用。此外，我們發(fā)現(xiàn)GSK3β在過表達(dá)的miR-1246/92b- 3p/27a- 3p細(xì)胞中持續(xù)下調(diào)，而在miR-1246/92b-3p/27a-3p***細(xì)胞中上調(diào)，這表明GSK3β可能是miR-1246/92b- 3p/27a- 3p的靶基因。英拜生物提供生物科學(xué)內(nèi)的專業(yè)的技術(shù)咨詢，技術(shù)合作。
Fn***細(xì)胞的外泌體促進(jìn)CRC細(xì)胞的遷移為了測定Fn-***細(xì)胞釋放的外泌體對受體細(xì)胞的影響，我們分別用HCT116和SW480細(xì)胞孵育Fn-Ex、Ex和Ec-Ex。CCK8實(shí)驗(yàn)顯示，Ec-Ex處理后，HCT116和SW480細(xì)胞表現(xiàn)出***毒性，F(xiàn)n-Ex或Ex處理后，細(xì)胞表現(xiàn)出輕微但不***毒性(圖2A)。有趣的是，F(xiàn)n-Ex處理的HCT116和SW480細(xì)胞形態(tài)發(fā)生明顯變化，形成紡錘形，這與Ex處理或Ec-Ex處理的細(xì)胞不同(圖2B)。此外，Transwell遷移實(shí)驗(yàn)顯示，F(xiàn)n-Ex處理***促進(jìn)HCT116細(xì)胞遷移到Ex和Ec-Ex處理未觀察到的水平。SW480細(xì)胞為受體細(xì)胞時(shí)，也觀察到類似的趨勢(圖2C)。此外，劃痕實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步表明，F(xiàn)n-Ex處理能***加速HCT116和SW480細(xì)胞創(chuàng)面愈合(圖2D)。這些結(jié)果表明，來自Fn***細(xì)胞的外泌體改變了細(xì)胞形態(tài)，促進(jìn)了CRC細(xì)胞的遷移，提示Fn***細(xì)胞的外泌體可能對受體細(xì)胞進(jìn)行了重構(gòu)。英拜注重客戶的隱私。豐度科研省自然科學(xué)基金
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這也反映在生存分析中，如圖5C，可以觀察到在高COSMIC突變率(隊(duì)列中前50%)的患者與低COSMIC突變率的患者之間***分層（圖5C），高突變分?jǐn)?shù)的患者總體存活時(shí)間更長。這表明EV RNA-seq**驅(qū)動信息對于預(yù)測ICI***的長期療效可能比短期療效更有效。
EV表達(dá)譜揭示了ICI耐藥性和黑色素瘤進(jìn)展的驅(qū)動因素，及表現(xiàn)出差異表達(dá)的基因/途徑，并與ICI的臨床反映相關(guān)。非卷積模型估計(jì)了**和非**來源的貢獻(xiàn)，從而能夠解釋差異表達(dá)的基因/途徑。EV RNA-seq突變也區(qū)分了ICI反應(yīng)。EV可以作為非侵襲性生物標(biāo)志物去共同探測**內(nèi)源性及對ICI的免疫變化，也可作為ICI反應(yīng)性的預(yù)測標(biāo)記，并監(jiān)測**的持久性和免疫***。 豐度科研省自然科學(xué)基金
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