蛋白質生物標志物
MarkerDB中142個蛋白質生物標志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質生物標記物數據都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻中提取的,結構數據從蛋白質數據庫PDB收集。目前,MarkerDB中的所有蛋白質標記都有一個或多個疾病關聯,以及MarkerDB ID、序列、結構、詳細的蛋白質描述、蛋白質名稱/同義詞、蛋白質理化數據、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍,生物流體、一個或多個文獻參考和其他在線數據庫的外部超鏈接。
發現乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。醫學相關科研推薦咨詢
2)阿爾茨海默病患者皮質區受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高
由于NOX4蛋白水平在AD患者受損星形膠質細胞中升高,我們研究NOX4在AD患者受損星形膠質細胞氧化應激中的作用。我們用免疫熒光染色法檢測了AD患者或非AD供者大腦顳葉皮質組織中GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE的蛋白水平(圖2A)。免疫熒光染色顯示,AD患者(AD)皮質區分子層GFAP陽性星形膠質細胞中4-HNE陽性染色強度相對于非AD供者增加(圖2A、B)。此外,AD患者皮質區ML中受損的GFAP陽性星形膠質細胞4-HNE陽性染色強度高于非AD供者(圖2A和B)。AD患者中4-HNE與GFAP亞細胞共定位陽性的受損星形膠質細胞數量***增加(圖2C)。此外,相對于非AD供體,4-HNE在AD患者的NOX4陽性星形膠質細胞***定位(圖2D)。AD患者的NOX4和4-HNE陽性星形膠質細胞數量相對于非AD供者***增加(圖2E)。這些結果提示AD患者受損星形膠質細胞中氧化應激誘導的脂質過氧化水平升高。 寧夏科研服務價格評估了成對*組織和鄰近組織樣本中**重要的m6A調節因子(METTL3、METTL14和WTAP)的表達。
4)USP35過表達減少erastin/RSL3觸發的鐵紊亂和鐵死亡
erastin和RLS3誘導的ROS和MDA生成因USP35過表達而減少(圖4A,B)。此外,在erastin和RLS3處理的*細胞中,HETEs水平升高,但在除12-HETE外的USP35過表達的*細胞中,HETEs水平降低(圖4C,F)。然而,USP35過表達對GSH含量和GPX4活性沒有影響(圖4G,H)。如圖4I,J所示,USP35的過表達***減弱了用erastin或RSL3刺激H460和H1299細胞誘導LIP和Fe2+的作用。與表型改變一致,在基礎條件下,USP35過表達對鐵代謝和鐵死亡也沒有影響(圖4A,J)。
隨后,作者研究了YTHDC2是否通過SLC7A11抑制胱氨酸攝取。當YTHDC2在H1299細胞中過表達時,并過表達SLC7A11完全恢復了受損的胱氨酸攝取(圖4E-G)。ATF4是SLC7A11轉錄的關鍵轉錄因子,ATF4在H1299細胞中上調SLC7A11(圖4H、I)。過表達YTHDC2仍然拮抗ATF4的作用(圖4H-J)。因此,YTHDC2損害依賴于SLC7A11的胱氨酸攝取。結合臨床分析,YTHDC2表達下調,而SLC7A11表達上調(圖4K、L),并且它們在**中呈負相關(圖4M)。
5.YTHDC2以m6A依賴的方式使SLC7A11mRNA不穩定
作者為研究YTHDC2是否在轉錄被阻斷后調控SLC7A11mRNA的穩定性,通過泛轉錄抑制劑ActD處理H1299和H1975細胞,發現YTH結構域對于YTHDC2縮短H1299細胞中SLC7A11mRNA的半衰期至關重要(圖5A)。在H1975細胞中,CRISPR/Cas9技術使YTHDC2功能喪失,然后YTHDC2重構,進一步證實YTHDC2加速了SLC7A11mRNA的衰變(圖5B)。EXOSC10是一種外切酶,負責3’-5’外切酶活性。EXOSC10的缺失,減弱了YTHDC2縮短SLC7A11mRNA半衰期的作用(圖5C、D)。在藥理學水平上,用兩種泛-RNase抑制劑DEPC和RNasin***H1299細胞,也阻斷了YTHDC2的功能(圖5D)。 尿酸升高直接引起腸道屏障損傷。
在所有**中具有比較高***性頻率的基因是蛋白質編碼基因BCL9L。BCL9L在10種**類型的**組織中***上調。其表達水平與m6A信號呈正相關(r=0.35)和m6A亞型在總人口中。在泛*薈萃分析(HR)中,BCL9L的高表達與總體生存率降低***相關。這一發現在6個外部驗證數據集中得到證實,包括肺*,胃*,乳腺*,肝*和卵巢*,乳腺*。BCL9L是Wnt信號通路的重要成員,與Wnt信號通路的ssGSEA富集分數***相關。在參與Wnt信號轉導的5個m6A互作基因(MYC、LEF1、WIF1、CTNNB1和SOX2)中,BCL9L與MYC有很強的相關性(r=0.34)和CTNNB1(r=0.36)。此外,我們驗證了外部數據集中的109個蛋白質編碼基因。在PFDR的meta分析中,40個基因(37.7%)與生存率相關<0.05,表明它們在**中起重要作用。總之,這項研究表明m6A調節因子和相互作用基因可能在**預后中起重要作用。我們對m6A模式的系統評價提高了對**微環境中RNA甲基化失調的理解。預測的相互作用靶基因可能為臨床***靶點提供更多的信息。上海英拜生物提供可視化實驗過程參觀。陜西科研分子生物學實驗
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例如,雖然之前認為抗PD-1可以阻斷**末期枯竭的T細胞上的PD-1信號,但這種直接模型已經受到質疑,表明PD-1成功阻斷可能作用于分化較低的類祖細胞,高比例的**浸潤**終耗盡的T細胞預測抗pd -1的耐藥。此外,雖然代謝相關因素,如**細胞消耗氧氣和產生缺氧的能力,可以預測對PD-1阻斷劑的抗性18,但這些環境壓力源已被證明對T細胞功能有不同的影響。缺氧誘導因子1α (HIF1α)及其負調控因子此前已被證實與T細胞***有關23,而在缺氧條件下***細胞的擴張可增強**殺傷能力。然而,無論是在隔離狀態還是在體內,缺氧都具有明顯的免疫抑制作用。因此,雖然代謝壓力和T細胞衰竭有聯系,但尚不清楚T細胞衰竭是否促進了導致細胞代謝改變的程序,或者是否代謝不足和壓力直接導致了T細胞衰竭。醫學相關科研推薦咨詢
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