我們接下來試圖識別circPDE4B上游調節器。我們首先對circPDE4B側翼序列進行RNA pull-down-MS檢測，發現兩個與RNA剪接相關的RBP，包括DExH-box helicase 9和FUS(圖1G)。RT-qPCR結果顯示，FUS敲除后，HCs中circPDE4B表達下調，而pPDE4B和mPDE4B沒有明顯變化(圖1H)。此外，***兩種FUS shRNA慢病毒只降低了circPDE4B的表達(圖1I)，而過表達FUS則上調了circPDE4B的表達(圖1I)。接下來，RIP分析顯示FUS與外顯子相鄰的位點結合，而其他遠端位點則可以忽略(圖1J，K)。我們還尋找了可能的FUS響應元素，發現了兩個可能的motifs，A位于上游，B位于下游。我們進一步設計了兩個短的circPDE4B微基因，包括circPDE4B-s和circPDE4B-s-del(圖1L)。RIP顯示FUS與circPDE4B-s之間存在明顯的相互作用，但與circPDE4B-s-del之間沒有相互作用(圖1M)，表明FUS需要周圍內含子中的假定位點來結合。我們接下來在表達circPDE4B-s/del的HCs中敲除FUS，發現與circPDE4B-del相比，circPDE4B-s***減少了FUS敲除的circPDE4B轉錄本(圖1N)。值得注意的是，在HCs中FUS被TNF-α下調(圖1O)。綜上所述，在OA中circPDE4B的下調至少部分是由FUS的抑制引起的。巨噬細胞表型協調急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復再生。代謝組學科研贈送提供技術路線
snoRNAs派生的小RNAs
miRNA在一系列調控過程中起著重要作用，如細胞存活和細胞增殖的調控,由snoRNAs產生的sno-miRNAs產生的小RNA具有雙重功能,同樣的轉錄本可以作為snoRNA和miRNA的前體。ACA45是***個被報道能夠被降解成短片段snoRNAs，它是通過與Ago蛋白的相互作用被發現的，而Ago作為miRNARISC復合物的成員，這就表明ACA45的進一步的加工處理是依賴于Dicer酶的。降解產生的20-22nt的短片段RNA的作用機制類似與miRNA抑制目的基因(CDC2L6)的表達[11]。很多研究揭示了snoRNAs可能參與抑*基因P53的調控，snoRNA來源的miR-605被報道能抑制MDM2蛋白合成，從而促進抑*基因P53的表達（圖4）近期報道發現11個C/DboxsnoRNAs能夠降解形成短片段RNA從而抑制靶基因的表達[12]。在***的研究中snoRNAs進一步被加工成更小的RNAs被稱為sno派生的RNAs(sdRNAs)，通過對來自32種**類型的10262例患者樣本的~22nt大小的smRNA-seq數據集的綜合分析，研究人員繪制了泛*sdRNAome的圖譜，結合多個臨床相關特征上的特征，特別是**免疫和臨床結果。大量的sdRNAs與**免疫微環境特征***相關，如免疫抑制標志物、CD8+T細胞浸潤、細胞溶解性T細胞活性、**血管組織等[13]。 廣西科研文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(MLN)中的Th17細胞（與結腸炎癥密切相關）。
4、CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移隨后，作者在體內進一步驗證CLF1的功能。結果如圖3所以，敲除CFL1后***降低了HCC細胞的**體積和**，并減少了肺轉移結節數量。IHC表明CLF1的敲除也導致EMT相關蛋白的抑制。總之，CLF1敲除抑制小鼠HCC的生長和肺部轉移。
5、CFL1是HIF-1α在HCC細胞中的下游靶基因為了闡明低氧對HCC中CFL1表達的影響，將HCCLM3和Hep3B細胞在低氧培養箱中培養48h。結果發現低氧誘導導致CFL1的表達升高，但是當HIF-1α敲除后，低氧誘導并不能提高CFL1的表達，并且使用HIF-1α的抑制劑處理HCCLM3和Hep3B細胞，也能降低因低氧誘導導致CFL1表達升高（圖4A-F）。ChIP-PCR檢測進一步發現，HIF-1α和HIF-1β與HCC細胞CFL1啟動子中的HRE直接結合（圖4G）。在低氧條件下，轉染HRE熒光素酶質粒或CFL1啟動子-熒光素酶質粒的HEK293T細胞中熒光素酶報告基因活性升高（圖4H）。
三、ICICLE-seq聯合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質狀態之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質狀態的能力，我們修改了我們優化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協議利用定制的Tn5轉座復合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉移在ICICLE-seq數據上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數據質量。盡管如此，ICICLE-seq結果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質可達性和高質量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數據聚集并根據細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數據的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據細胞類型特異性標記與聚類的明確關聯識別細胞類型特異性聚類。 英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務的公司之一。
6、白樺素降低***的發展
用LDLR敲除小鼠探索了白樺素對***病變形成的作用。LDLR缺陷小鼠用WD飲食并分別添加了成分，對照（鹽），洛伐他汀（30mg/kg/day）或白樺素（30mg/kg/day）處理14周。不同組的小鼠顯示出相似的食物攝入量和體重（圖7A-7B）。在經白樺素處理的小鼠肝臟中，SREBP-1c和SREBP-2降低，脂質合成基因（包括HMGCS，HMGCR和FAS）下調（圖7C）。但是，洛伐他汀可上調HMGCR和FAS基因的表達（圖7C）。白樺素極顯著降低了血液中的TC，TG和LDL-c的含量，并增加了HDL-c。洛伐他汀具有類似的作用，只是它不降低TG（圖7D–7G）。與對照處理的小鼠相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的主動脈斑塊的數量和大小顯著降低（圖7H和7I）。特別是，主動脈弓（圖7J）和胸主動脈（圖7K）的病變區域明顯較小。以上數據表明，白樺素降低了WD喂養的LDLR敲除小鼠***病變的形成，并穩定了主動脈根部粥樣硬化斑塊。
總之，本文確定了SREBP的一種特定的小分子抑制劑，即betulin白樺素，可以降低脂質水平，增強胰島素敏感性并減少***斑塊的形成。 這些數據支持以下觀點：抑制SREBP途徑可能是***II型糖尿病和***的有用策略。 Betulin可以作為藥物控制代謝性疾病的主要化合物。 上海英拜生物的動物建模實驗。西藏科研中標率高
英拜提供分子生物學以及免疫病理相關實驗。代謝組學科研贈送提供技術路線
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學功能，我們進行了細胞實驗。結果表明，轉染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉染對CRC細胞增殖沒有影響。此外，細胞遷移和傷口愈合實驗也顯示，轉染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細胞遷移和侵襲，而轉染circPLCE1-ATGmut對CRC細胞遷移沒有影響。這些數據表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細胞的增殖和遷移。 代謝組學科研贈送提供技術路線
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗