人類干細胞miRNA的PCR芯片用于研究干細胞感應、維護、分化和識別相關的84個miRNA的表達。所有的干細胞都能夠自我更新和分化成多種細胞類型。多能干細胞能夠分化成3胚層的任何類型細胞,而3胚層表達--組對多能性至關重要的miRNA,包括可以提高重編程使分化細胞回到干細胞狀態。然而,**近的研究表明,與胚胎干細胞(ESC)相比,誘導多能干細胞(IPSC)和始發態(或外胚層)干細胞(epiSC)的miRNA表達有差異。在分化過程多能性標記物的表達水平下降而其他分化關鍵miRNA的表達增加。附加的miRNA在特定階段或在特定血統變得更加普遍,導致miRNA對三種不同胚層祖細胞獨特的表達模式。這個芯片確定miRNA的相對表達對多能性和分化干細胞重要性。芯片還額外包括**胚胎干細胞(ESC),誘導多能干細胞(iPSC),外胚層干細胞(epiSC),胚狀體的身體細胞,胚層祖細胞的標記。每張芯片含-個對照組使得分析數據時可以用相對定量OOCT方法評估逆轉錄效率,基因組DNA污染和PCR效率。利用這張芯片,通過實時定量PCR。可以簡易且可靠地檢測與干細胞**相關的miRNA的表達。FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。湖南科研動物模型構建
目前,PROTAC-DB包括1662個PROTAC,202個彈頭(靶向目標蛋白質的小分子),65個E3配體(能夠募集E3連接酶的小分子)和806個接頭,以及它們的化學結構,生物學活性和理化性質。除了彈頭和E3配體的生物活性外,PROTAC-DB還提供PROTAC的降解能力,結合親和力和細胞活性。
數據庫的查詢和瀏覽為了方便對PROTAC-DB中的數據進行檢索,作者提供了檢索和瀏覽工具。在檢索工具上,PROTAC-DB可以進行基于文本的檢索和基于結構的檢索。基于文本的搜索是在整個PROTAC-DB中進行搜索的一種簡單方式,只需輸入單個術語,如目標名稱、化合物名稱或ID。對于基于結構的搜索,用戶可以在ChemDoodle編輯器中輸入SMILES字符串、上傳MO***F文件或繪制分子草圖。導入自編輯的分子后,可以從三個搜索選項(similarity、substructure或exact)中選擇一個。在相似性搜索中,利用類FCFP指紋中的位向量Morgan指紋來計算兩個分子之間的Tanimoto相似度。可以選擇數據集(PROTAC、彈頭、E3配體或Linker)進行搜索。
單細胞相關課題科研分子生物學實驗專注于生命科學內的前沿研究。
這些明確的造血干細胞在妊娠后4周(pcw)首先在胎兒肝臟定植,并在那里大量擴張。在10.5 pcw時,造血部位再次轉移到骨腔(即骨髓[BM]),成人造血在此處長久建立。人們認為,***批在骨髓中播種的造血干細胞在其增殖和分化特性發生戲劇性變化之前,會繼續快速增加數量,以適應高產量分化子代的需要。
歷史上,造血系統的分化過程被描述為一系列中間步驟,由細胞表面標記物(即分化簇[CD])定義。在這個模型中,造血干細胞通常表現為造血樹,造血干細胞產生了越來越多的譜系限制性細胞類型,**終導致成熟的血細胞。這種模式在過去的5年里發生了改變,一些研究報告了數千個單個造血細胞的轉錄組,這些細胞被細胞表面標記物隔離,在小鼠模型和成人中。這些報告表明,以前被認為是同質的祖先種群,實際上在轉錄水平上是非常異構的。
與基因表達改變一致,白樺素處理以濃度依賴性的方式***減少了膽固醇和脂肪酸的從頭合成(圖3D-E)。此外,白樺素降低了細胞膽固醇(圖3F)和中性脂質(主要是膽固醇酯和甘油三酸酯)的穩態水平(圖3G)。 兩者合計,我們的數據表明白樺素抑制SREBP加工并下調膽固醇和脂肪酸的生物合成,從而降低細胞脂質水平。 有趣的是,洛伐他汀顯著降低了膽固醇的合成(圖3D),但也適度地增加了脂肪酸的生物合成(圖3E),這可能是因為洛伐他汀是HMGCR的抑制劑,它可以阻斷膽固醇的合成,進而刺激SREBP的活化,從而增加脂肪酸合成。 總體生存率低與m6A水平增高***相關。
3、外泌體S100A4是HCC細胞轉移潛力的關鍵增強子
為了探究通過HMH-exo增強HCC轉移能力的關鍵,作者對LMH-exo和HMH-exo進行了iTRAQ質譜篩選。結果從HMH-exo中鑒定到116個***上調和43***下調的蛋白質;結果發現了4個蛋白家族的聚類:Apo、PSM、EEF/EIF和S100鈣結合蛋白家族(圖3a-b)。經過文獻分析,作者主要關注了S100鈣結合蛋白家族,并以其中*****差異表達的4個蛋白為主:依次是S100A4,S100A6,S100A10,和S100A11。作者檢測了這4個蛋白在5個HCC細胞系外泌體中的表達豐度,結果發現依然是S100A4的表達水平比較高(圖3c)。因此,初步選擇S100A4進行下一步分析。 英拜生物是國內承接各類高通量測序科研項目以及一站式的測序文章發表服務的公司之一。四川科研贈送提供技術路線
文章使用FMT(糞微生態移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結腸炎有療效。湖南科研動物模型構建
總之,SLE患者純化T細胞的轉錄組學分析根據ISG表達水平將其分為兩組,表達高I型IFN標記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關代謝途徑的表達減少,在CD8+T細胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關的線粒體功能失調。
2、ISGs高表達患者CD8+T細胞線粒體異常
在研究I型IFN信號與線粒體異常之間的潛在聯系之前,應用計算機模擬和體外相結合的方法,根據I型IFN信號的強弱程度對SLE患者進行分層:高水平的ISGs(IFN-high)、低水平的ISGs(IFN-low)和無ISGs(IFN-Neg)。隨后,探究IFN-high和IFN-Neg的SLE患者中T細胞的線粒體基因型,以類風濕性關節炎(RA)患者為疾病對照。結果發現,與健康組,IFN-Neg組和RA組相比,來源于IFN-high的SLE患者的CD8+T細胞表現出線粒體大小增加(圖2a,b)和線粒體膜超極化(圖2c)。在IFN-High的SLE患者中,也觀察到細胞ROS(cROS)陽性CD8+T細胞比例增加,但只是線粒體ROS(mROS)染色細胞比例有上升趨勢(圖2d)。在IFN-Neg的SLE患者中也檢測到更高比例cROS陽性細胞,這表明了一種疾病特異性效應(圖2d)。 湖南科研動物模型構建
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4.二代測序:轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,FISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學實驗