四、Multimodal分析突出了肥大的上行肢體的細胞異質性
為了確定我們是否能夠檢測出具有可變claudin表達模式的細胞亞群，在snRNA-seq數據集的umap圖上劃分三個亞種群(TAL1,TAL2和ATL)。ATL，上升細肢。顯示了TAL各亞群體中富集基因的基因表達模式。一組細胞(SLC12A1+UMOD+)表達粗升肢標記(CLDN16、KCNJ10和PTH1R):TAL1，另一組細胞表達另一組TAL特異性標記，如CLDN10:TAL2(圖4b)。第三組細胞根據之前發表的標記的表達被確定為髓袢升支粗段(ATL)。我們使用免疫組化方法驗證PTH1R和KCNJ10在UMOD+SLC12A1+細胞亞群中表達(圖4c)。在snATAC-seq數據集的umap圖上進行TAL的亞聚類，劃分三個亞種群(TAL1、TAL2和ATL)(圖4d)。點圖顯示每個TAL亞種群中富集的基因的活性模式(圖4e)。斑點的直徑對應于檢測到的基因活性的細胞比例，斑點的密度對應于相對于所有細胞類型的平均基因活性。Umap顯示CLDN10、CLDN16、S100A2或UMOD(左)的基因活性。TAL1和TAL2之間的chromVAR差異***轉錄因子基序(圖4f)。使用SeuratFindMarkers功能來識別區分厚升肢細胞群的DAR，并使用SeuratFindMotifs功能對這些DAR進行轉錄因子motif富集(圖4g)。 這些數據表明大黃酸***可以消除尿酸引起的腸道通透性增強。江西科研國家自然科學基金
4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細胞轉移中發揮作用
據報道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結合蛋白來轉運。通過RNApull-down分析和質譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉運的RNA結合蛋白，并發現敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結合蛋白，通過與特定基序GGAG/CCCU結合，參與miRNAs的運輸和轉錄后調控。特別是，由于miR-934序列中有兩個GGAG基序，我們推測hnRNPA2B1可能通過與GGAG序列結合，介導miR-934包裝成外泌體的過程。此外，miRNApull-down分析顯示，在細胞質和外泌體中，miR-934和hnRNPA2B1之間存在***的結合關系，然而，突變miR-934的結合序列(GGAG)可削弱這種結合（Fig.4c）。RNA免疫沉淀分析進一步證明，無論是在CRC細胞及其外泌體裂解物中，miR-934在anti-hnrnpa2b1抗體組中比在anti-IgG抗體組中更***富集（Fig.4d）。此外，敲除hnRNPA2B1可以抑制外泌體miR-934從HCT8和LoVo細胞轉移到巨噬細胞的過程（Fig.4e）。因此，這些結果證實hnRNPA2B1可以通過與miR-934的GGAG序列結合，介導miR-934包裝到CRC細胞外泌體中，并將外泌體miR-934轉移到巨噬細胞中。 泌尿科研國家自然科學基金血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風腎臟和血管疾病密切相關。
1）circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征
由于MAPK信號通路在**發生和進展中起著重要的病理作用，我們首先根據在線數據庫circBase中的circRNA測序數據分析了來自MAPK通路相關基因的circRNA。然后我們清點了MAPK通路相關的circRNAs，發現大部分細胞系可以表達數以百計的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來源于MAPK1的circRNA中，circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過三個**的測序數據集中被***檢測。我們利用qRT-PCR檢測了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達水平(圖1b)。結果顯示circ-0004872的表達變化**為***。circ-0004872在*組織/細胞中的reads明顯低于正常組織/細胞(圖1c)。此外，GSE121445和GSE100170數據庫中也證實了GC中circMAPK1的下調(圖1d)。這些數據提示circ-0004872具有潛在的抑制作用，從而促使我們進一步研究其在胃*惡性**中的作用。
帕金森病PCR基因芯片可用于研究直接或可能參與帕金森病(PD)的84個關鍵基因的表達。帕金森病是-種由多巴胺能神經元的損失導致的神經退行性疾病。雖然有關于PD的遺傳基因方面的研究。但大多數結果是零散的。基于PD動物模型的表達譜芯片篩查有助于研究PD的發生和發展的機制。例如,研究表明PARK家族的基因不但在繼承性PD失常,在偶發性PD中也同樣表達失調。此外,該研究還發現參與離子轉運的基因,如ATP2B2在PD中同樣表達失調。因此,PD研究不但集中在已知的突變基因,如a-突觸**白(SNCA)和Parkin(PARK2),還包括在那些通過芯片實驗發現的新基因。該PCR芯片包括已知的PD相關的基因和它們的調控基因,以及那些通過在PD模型動物上芯片篩選出的差異基因。這些基因在PD中介導多種細胞功能失調,如泛素化、離子運輸、細胞凋亡和多巴胺信號。使用實時定量PCR,研究者可以方便并且可信地研究帕金森病相關基因的表達。Th1/Th2細胞失衡也是結腸炎的一個重要特征。
一、異種HSCT前后監測腸道、口腔和鼻腔微生物群和宿主免疫系統。
在1年的時間里，從29名兒童的10個時間點收集糞便樣本、口腔拭子和前鼻孔拭子:在HSCT前2次，HSCT當天，HSCT后1個月每周，以及HSCT后12個月的3個隨訪時間點(圖1)。通過16SrRNA基因譜測定這些樣本中的微生物群落動態。共對709份患者樣本(212份糞便樣本、248份口腔拭子和249份鼻拭子來自10個時間點)進行了鑒定。發現移植前患者的微生物群落組成與健康對照不同；三個身體部位性在HSCT后微生物α多樣性下降；在一年中，微生物群落動態呈現出三個階段：第一階段(在檢查前和適應開始時的樣本)，第二階段(HSCT的***天到第1個月)，第三階段(月+3到月+12)(圖1C)；第一階段和第三階段的樣本在口腔和鼻腔重疊，表明微生物群落可能從較晚的時間點恢復到與造血干細胞移植前類似的狀態。 英拜注重客戶的隱私。醫學科研科研歡迎咨詢
細菌可能是導致小鼠腸道尿酸降低的主要原因。江西科研國家自然科學基金
PI3K-AKT信號通路PCR基因芯片可以同時檢測與PI3K-AKT信號通路相關的84個基因的表達。芯片中包括AKT(蛋白激酶B)和PI13K家族成員及他們的調節基因,這些基因參與許多生物學過程包括:Gsk3失活、β-catenin的沉積、肌動蛋白的組裝調控及細胞遷移、BAD磷酸化等。IGF-1.mTOR和抗凋亡二信號通路相關的基因,調控elF4e和p70S6激酶活性的基因也包含其中。利用實時定量PCR,研究者可以方便并且可信地對與PI3K-AKT信號通路相關的基因進行同時檢測。江西科研國家自然科學基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數據信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發區浦江園區，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
1.整體課題外包服務：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經典通路研究，設計的課題均具有后續實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎
2.標書申請：提供標書課題設計、撰寫，標書部分基礎實驗的開展，設計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術支持，探討科研前沿熱點研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關研究
4.二代測序：轉錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，FISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗