急性髓系白血病(AML)是一種基因和生物學(xué)上的異質(zhì)性疾病，其特征是克隆擴(kuò)增和突變的造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞分化受損。在AML**常見(jiàn)的驅(qū)動(dòng)突變中，NPM1基因第12外顯子的4堿基對(duì)插入是穩(wěn)定的，在20%-30%的病例中發(fā)生。由于其生物學(xué)意義和預(yù)后影響，NPM1突變?cè)谑澜缧l(wèi)生組織(WHO)的髓性白血病分類中**了一個(gè)獨(dú)特的白血病實(shí)體，并在預(yù)后和***決策中發(fā)揮重要作用。NPM1突變通常與誘導(dǎo)和鞏固化療后患者生存的良好影響相關(guān)。在NPM1突變的AML中，F(xiàn)LT3-ITD突變經(jīng)常與DNMT3A突變同時(shí)發(fā)生，這本身與接受標(biāo)準(zhǔn)誘導(dǎo)***的患者預(yù)后更差有關(guān)。大多數(shù)關(guān)于NPM1突變的AML的研究都集中在其他突變的同時(shí)發(fā)生，而突變型NPM1患者基因表達(dá)水平的異質(zhì)性及其生物學(xué)意義尚未得到***研究。**近科研技術(shù)的開(kāi)發(fā)。組織損傷科研國(guó)家自然科學(xué)基金
這些明確的造血干細(xì)胞在妊娠后4周(pcw)首先在胎兒肝臟定植，并在那里大量擴(kuò)張。在10.5 pcw時(shí)，造血部位再次轉(zhuǎn)移到骨腔(即骨髓[BM])，成人造血在此處長(zhǎng)久建立。人們認(rèn)為，***批在骨髓中播種的造血干細(xì)胞在其增殖和分化特性發(fā)生戲劇性變化之前，會(huì)繼續(xù)快速增加數(shù)量，以適應(yīng)高產(chǎn)量分化子代的需要。
歷史上，造血系統(tǒng)的分化過(guò)程被描述為一系列中間步驟，由細(xì)胞表面標(biāo)記物(即分化簇[CD])定義。在這個(gè)模型中，造血干細(xì)胞通常表現(xiàn)為造血樹(shù)，造血干細(xì)胞產(chǎn)生了越來(lái)越多的譜系限制性細(xì)胞類型，**終導(dǎo)致成熟的血細(xì)胞。這種模式在過(guò)去的5年里發(fā)生了改變，一些研究報(bào)告了數(shù)千個(gè)單個(gè)造血細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組，這些細(xì)胞被細(xì)胞表面標(biāo)記物隔離，在小鼠模型和成人中。這些報(bào)告表明，以前被認(rèn)為是同質(zhì)的祖先種群，實(shí)際上在轉(zhuǎn)錄水平上是非常異構(gòu)的。 丁酸科研省自然科學(xué)基金血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風(fēng)腎臟和血管疾病密切相關(guān)。
3、CDK4/6抑制劑促進(jìn)記憶形成通過(guò)RB介導(dǎo)的G1停滯
為了確定驅(qū)動(dòng)CDK4/6i誘導(dǎo)的記憶，對(duì)調(diào)節(jié)記憶標(biāo)記的基因CD62L(SELL)，進(jìn)行了全基因組CRISPR/Cas9篩選，用基因組范圍的sgRNA文庫(kù)轉(zhuǎn)導(dǎo)表達(dá)Cas9的JurkatT細(xì)胞（CDK4/6抑制后上調(diào)CD62L），然后用CDK4/6i處理，并對(duì)未能上調(diào)CD62L的細(xì)胞進(jìn)行熒光***細(xì)胞分選(Fig.3A)。對(duì)分選群體進(jìn)行測(cè)序發(fā)現(xiàn)，靶向RB轉(zhuǎn)錄共抑制因子1(RB1)的sgRNA*在處理?xiàng)l件下***富集(Fig.3B)，暗示RB是CDK4/6i誘導(dǎo)CD62L上調(diào)所必須的。隨后對(duì)急性(2h)暴露于CDK4/6i后的Jurkat細(xì)胞和活化的原代小鼠CD8+T細(xì)胞進(jìn)行了整體磷酸化蛋白質(zhì)組學(xué)分析(Fig.3C)。在Jurkat和小鼠T細(xì)胞中檢測(cè)到多個(gè)肽上特異性磷酸化位點(diǎn)的***缺失，包括典型的CDK4/6靶標(biāo)RB和RBL1/2(Fig.3D-F)。值得注意的是，RB在兩種細(xì)胞蛋白組學(xué)中重疊，并且是全基因組CRISPR/Cas9篩選*****的（Fig.3B，3G），表明CDK4/6i介導(dǎo)的記憶形成是由RB介導(dǎo)。因此，靶向敲除RB1，可以消除CD62L的表達(dá)上調(diào)(Fig.3H)。3’RNA-seq分析顯示RB缺失廢除了轉(zhuǎn)錄對(duì)CDK4/6i的響應(yīng)，包括SELL，其被CDK4/6i誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄改變被RB缺失所大幅度減弱了(Fig.3I)。與此一致，靶向敲除RB1也廢除了***的初級(jí)小鼠CD8+T細(xì)胞的Tcm形成(Fig.3J)。
miR-101-3p抑制**細(xì)胞通過(guò)靶向TBLR1
生物信息學(xué)預(yù)測(cè)分析顯示miR-101-3p在TBLR1的3’UTR區(qū)域存在3個(gè)結(jié)合位點(diǎn)（圖3A）。作者此前的研究結(jié)果表明TBLR1是一個(gè)肝*和宮頸*的原*基因，也有證據(jù)顯示其也是肺*中的原*基因。因此，探討了miR-101-3p和TBLR1的表達(dá)相關(guān)性，結(jié)果顯示在32例LC樣本中它們的表達(dá)負(fù)相關(guān)。熒光素酶實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示miR-101-3pmimics和TBLR1野生型共轉(zhuǎn)染時(shí)熒光素酶活性***下降，而和TBLR1突變型共轉(zhuǎn)染時(shí)沒(méi)有***改變，表明miR-101-3p和TBLR1之間存在結(jié)合關(guān)系。進(jìn)一步地，WB結(jié)果顯示，過(guò)表達(dá)miR-101-3p后TBLR1的表達(dá)***下降，抑制miR-101-3p的表達(dá)則促進(jìn)TBLR1的表達(dá)。這些結(jié)果表明，miR-101-3p可能通過(guò)結(jié)合TBLR1的3'UTR區(qū)域直接控制TBLR1的表達(dá)水平。 英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。
二、INPP4B增強(qiáng)pik3a突變ER+乳腺*和乳腺上皮細(xì)胞增殖
GFP-INPP4B在MCF-7和T47D ER+乳腺*細(xì)胞中表達(dá)，這兩種細(xì)胞分別有PIK3CAE545K和PIK3CAH1047R高活化突變.*細(xì)胞進(jìn)行非錨定細(xì)胞生長(zhǎng)的能力是細(xì)胞轉(zhuǎn)化的一個(gè)標(biāo)志。GFP-INPP4B***增加了軟瓊脂中MCF-7細(xì)胞集落大小(2.1倍)和T47D細(xì)胞集落大小(1.8倍)，但對(duì)集落數(shù)量沒(méi)有影響(圖2a-c)。與細(xì)胞增殖增加相一致。與載體對(duì)照相比，GFP-INPP4B在血清剝奪后增強(qiáng)了MCF-7細(xì)胞的增殖(1.7倍)(圖2d, e)，但不影響在含血清培養(yǎng)基中生長(zhǎng)的MCF-7細(xì)胞的增殖。過(guò)表達(dá)GFPINPP4B的MCF-7細(xì)胞中，egf刺激的AKTS473和AKTT308磷酸化水平略有降低(圖2f-h)。表達(dá)MCF-10A腺泡的Myc-INPP4BWT而不是Myc-INPP4BC842A (PI (3,4)P2 4-磷酸酶死亡)的腺泡(補(bǔ)充圖2k)顯示增殖細(xì)胞的百分比明顯高于病媒控制的腺泡(1.5倍)(圖2i, j)。 增加乳酸桿菌水平導(dǎo)致尿酸水平下降。武漢斷鏈脂肪酸科研
總體生存率低與m6A水平增高***相關(guān)。組織損傷科研國(guó)家自然科學(xué)基金
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測(cè)量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒(méi)有使用時(shí)間序列模型來(lái)分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過(guò)利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。 組織損傷科研國(guó)家自然科學(xué)基金
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